乾隆五十二年（1787年），台湾爆发了林爽文领导的农民起义，福康安奉命任大将军，偕同海兰察前往搜剿。
台湾是个物产丰富、土地肥沃的地方，内地的官僚地主们争相赴台做官，拼命地进行搜刮，因而引起当地人民的反抗，林爽文就是打着“剿除贪污，拯救万民”的旗帜起义的，所以起义受到广大贫苦人民的响应，起义烈火燃遍了台湾岛。起义军先后攻占了彰化、诸罗等重镇、围困台湾府城等处，严重威胁了清政府对台湾的统治。
同年十一月，福康安率大军由鹿仔港登岸，由新埠进兵嘉义县，路经伦仔顶时，起义军突然从竹林中冲出，袭击清军，福康安命士兵勿慌勿动，自己亲帅巴图鲁侍卫冲在最前面，与起义军厮杀，打败了伏兵，然后接连攻克埠长等十多个城庄。时天已黑，又下起了大雨，福康安领兵一鼓作气又攻克北社尾等处。继而，福康安率部乘胜进军，天未明进赶至嘉义县，击溃了围城的起义军，解了嘉义之围。然后追逃逸的起义军至大排竹，“决溪水渡兵，悉焚贼寮，余匪皆歼焉”。
乾隆闻讯赞福康安“调度有方，振作士气，克敌至果，迅奏捷音”，封其一等嘉勇公，赏红宝石帽顶，四团龙补服，以示优奖。
同年十二月，清军分路搜剿嘉义城周围的起义军。城西攻下大仑庄，城东焚烧了兴化店、员林庄，在城北分三路并进，同时攻大埔林、中林、大埔尾三庄，起义军大败。又破庵古坑，收复斗六门。林爽文率义军退守大里代，福康安集主力围攻大里代，结果义军大败，林爽文逃入番社，获义军头目数十人、义军士兵200余人，并擒林爽文家属。
乾隆五十三年（1788年）正月，福康安统兵继续搜剿。他派一队兵士由内山向打铁寮、虾骨、合欢、炭窑一带搜寻，一队分往海口、要隘把守，以防义军逃逸，另派一队由巴图鲁侍卫及屯练兵组成的特殊的队伍，伪装成起义军，混入其内部，在老衢崎生擒了林爽文，解往京师。上闻龙颜大悦，亲解佩囊赐予福康安。
林爽文起义军失败后，福康安率清军全部压向南路——搜剿另一支由庄大田领导的起义军。他命福州将军常青堵住海口，自己由陆路进逼庄大田驻地凤山城。庄大田寡不敌众，退至台湾最南端的郎峤。清军水陆两路将郎峤团团围住。起义军“冲突不能出，阵杀者数千，溺海者数千，擒而戮者数千”，庄大田被俘遇害，起义被彻底镇压下去。
由于福康安措置周密，调度有方，勇敢奋战，剿灭了如此大规模的农民起义，为清廷除了一大患，乾隆对其深为嘉许，赏予黄腰带、紫缰、金黄鞭、珊瑚朝珠，以示奖励，又命于台湾府城及嘉义县建生祠塑像，作为永久的纪念。