平乱之后，年羹尧不仅兵权得到了巩固，而且进一步参与朝中事务。雍正在给年羹尧的朱谕中让他考察各地年景、吏治民生得失、举国上下大小官员优劣等事情。这些本是朝中宰辅的职责，雍正却让年羹尧做，信任程度可见一斑。
在雍正推行新政的过程中，山西巡抚诺岷提出了“耗羡归公”的想法。雍正大加赞赏，遂交廷臣讨论，但异议甚多。雍正左右为难，犹豫不定，便征求年羹尧的意见：“此事朕不洞彻，难定是非，和你商量，你意如何？”可见，雍正甚至在朝政治理方面，也十分看重年羹尧的意见。
年羹尧所受的恩遇之隆，古来人臣罕能相匹。雍正二年（1724年）十月，年羹尧入京觐见，获赐双眼孔雀翎、四团龙补服、黄带、紫辔及金币等非常之物。年羹尧本人及其父年遐龄和一子年斌均已封爵，十一月，又以平定卓子山叛乱之功，赏加一等男世职，由年羹尧次子年富承袭。
在生活上，雍正对年羹尧及其家人也是关怀备至。年羹尧的手腕、臂膀有疾及妻子得病，雍正都再三垂询，赐送药品。对年羹尧父亲年遐龄在京情况，年羹尧之妹年贵妃以及她所生的皇子福惠的身体状况，雍正也时常以手谕告知。至于奇宝珍玩、珍馐美味的赏赐更是时时而至。一次雍正赐给年羹尧荔枝，为保证鲜美，令驿站六天内从京师送到西安，这种赏赐可与唐明皇向杨贵妃送荔枝相比了。
年羹尧自以为功高荣宠，逐渐自我陶醉，妄自尊大。
在平定西北边事后，年羹尧竟然要与前任大将军王皇十四子胤相比拟，甚至还想超越胤的地位。年羹尧身为大将军，与各省督抚往来文书应当用咨文形式，以示平等。但他视同等官位的官员为自己的下属，给将军、督抚的函件使用令谕。
年羹尧进京陛见时，都统范时捷、直隶总督李维钧都得跪着迎接。郊迎的王公以下官员跪接，年羹尧安坐而过，看都不看一眼。王公下马问候他，他也只点点头。雍正看见年羹尧随从的武将和士卒穿着沉重的甲胄，便叫他们脱下来，竟没有一个人敢脱。等到雍正皇帝告诉年羹尧，可以脱下甲胄，年羹尧下令，将士们才敢卸下铠甲。
年羹尧还任人唯亲，植党营私。擢升大将军后，他常以军功保举官员，滥用私人。吏部看是年羹尧的举荐，也格外重视，另立一类，称之为“年选”。
年羹尧保举官员时，大多营私纳贿。如被年羹尧奏参过的葛继孔，通过两次打点，送铜器、瓷器、玉器、字画等物，年羹尧因而答应对其“留心照看”。因被年羹尧密奏而罢官的赵之垣，送了价值十万两银子的珠宝之后，年羹尧转而保举其可以起用。借雍正二年进京之机，年羹尧特地将赵之垣带到北京，“再四恳求引见”，力保其人可用。
这样，年羹尧逐渐形成了以自己为中心的朋党集团。该朋党集团还有王景灏、胡期恒、金启勋、王篙、刘世奇、黄起宪等数十人，这些人不一定都是年羹尧的死党，但都与他休戚相关，荣辱与共。这个集团的形成，严重地影响了朝廷政令的实施。
随着年羹尧的权势愈来愈重，其横行不法、贪黩侵蚀的事情也随之越来越多。如平定青海后，年羹尧在军饷上大做手脚，不据实奏报，专权处置。后经统计，年羹尧贪黩侵蚀的钱粮总计达数百万两之多，使战时的国库一度吃紧。
雍正对年羹尧的所作所为逐渐失去忍耐，下决心加以惩处。年羹尧是朝中重臣，又是皇亲国戚，雍正首先要做的，是在大臣中吹吹风，释放出信号，使大臣们知道皇帝的态度。雍正要求自己的心腹大臣，与年羹尧划清界限，揭发年羹尧的劣迹，以争取保全自身，同时也让年羹尧的亲信们知道，现在到了疏远和摆脱年羹尧的时候了，不要站错了队。这就为公开处治年羹尧做好了准备。
接着，雍正把矛头直接指向年羹尧，将其调离西安老巢。
到了雍正三年（1725年）正月，雍正对年羹尧的不满开始公开化。年羹尧指使陕西巡抚胡期恒参奏陕西驿道金南瑛一事，雍正说这是年羹尧任用私人、乱结朋党的做法，不予准奏。
年羹尧曾经参劾四川巡抚蔡珽威逼所属知府蒋兴仁致死，蔡珽因此被罢官，经审讯后定为斩监候；而年羹尧的私人王景灏得以出任四川巡抚。这时雍正已经暗下决心要打击年羹尧，蔡珽被押到北京后，雍正不同意刑部把他监禁起来，反而特地召见他。蔡珽陈述了自己在任时因对抗年羹尧而遭诬陷的情况，又上奏了年羹尧“贪暴”的种种情形。雍正于是传谕说：“蔡珽是年羹尧参奏的，若把他绳之以法，人们一定会认为是朕听了年羹尧的话才杀他的。这样就让年羹尧操持了朝廷威福之柄。”因此，雍正不仅没有给蔡珽治罪，而且升任他做了左都御史，成为对付年羹尧的得力工具。
雍正三年三月，出现了“日月合璧，五星联珠”的所谓“祥瑞”，群臣称贺，年羹尧也上贺表称颂雍正夙兴夜寐，励精图治。但表中字迹潦草，又一时疏忽把“朝乾夕惕”误写为“夕惕朝乾”。雍正抓住这个把柄借题发挥，说年羹尧本来不是一个办事粗心的人，这次是故意不把“朝乾夕惕”四个字“归之于朕耳”。并认为这是他“自恃己功，显露不敬之意”，所以对他在青海立的战功，“亦在朕许与不许之间”。接着雍正更换了四川和陕西的官员，先将年羹尧的亲信甘肃巡抚胡期恒革职，署理四川提督纳泰调回京，使其不能在任所作乱。四月，解除年羹尧川陕总督职，命他交出抚远大将军印，调任杭州将军。
最后一步是勒令年羹尧自裁。年羹尧调职后，内外官员更加看清形势，纷纷揭发其罪状。雍正以俯从群臣所请为名，尽削年羹尧官职，并于当年九月下令捕拿年羹尧押送北京会审。十二月，朝廷议政大臣向雍正提交审判结果，给年羹尧开列92款大罪，请求立正典刑。其罪状分别是：大逆罪5条，欺罔罪9条，僭越罪16条，狂悖罪13条，专擅罪6条，忌刻罪6条，残忍罪4条，贪婪罪18条，侵蚀罪15条。
雍正说，这92款中应服极刑及立斩的就有30多条，但念及年羹尧功勋卓著、名噪一时，“年大将军”的威名举国皆知，如果对其加以刑诛，恐怕天下人心不服，自己也难免要背上杀戮功臣的恶名，于是表示开恩，赐其狱中自裁。
年羹尧接到雍正的自裁令，都不敢相信自己的眼睛，迟迟不肯动手。他还以为雍正会下旨赦免他，可一直都没有消息。在老对手、时任左都御史兼监刑官蔡珽的严加催促下，年羹尧最终绝望地自缢。
就当时的情形来看，雍正对年羹尧的家人还是从宽处理的，没有诛灭九族。其父年遐龄、其兄年希尧被革职。除其子年富斩立决外，其余15岁以上之子发遣广西、云南、贵州极边烟瘴之地充军，嫡亲子孙将来长至15岁者，皆次第照例发遣，永不赦回，也不许为官。年妻因系宗室之女，发还母家。年羹尧父兄族中现任、候补文武官员者，俱被革职。年羹尧及其子所有家产都被抄没入官。案内朋党分别据其罪情，皆处以不同的刑罚。
关于雍正为何要杀年羹尧，史学界向来有争论。
有人说是因为年羹尧想造反。但客观地讲，年羹尧仗着职高权重，摆摆谱还可以，他哪来的实力谋反呢？再说古代最注重君臣名分，年羹尧一向恪守臣道，对雍正忠心耿耿，谋反一说难以成立。
有人说是年羹尧参与了雍正夺嫡，雍正想杀人灭口。据说康熙帝原已指定皇十四子胤继位，后来雍正帝矫诏夺位，年羹尧也曾参与其中。但雍正继位一事，疑点很多，是否夺嫡，难以定论。再说也没有年羹尧当年参与夺嫡、雍正后来杀人灭口的证据。
总之，雍正诛年羹尧，主要还是因为年羹尧自恃功高，不知谦逊自保，触犯了龙颜。这在封建王朝是屡见不鲜的故事。