魏忠贤作为一个乡间无赖，一步登天而执掌国家权柄，是一种典型的小人得势。然而这种小人之恶的能量，却是不容小觑的。在那种极不正常的政治制度和环境之下，国家许多重要职能部门的负责人都纷纷投靠依附，造成国家机器为之所控。作为一个大恶之人，魏忠贤一旦开动这个国家机器，碾压的对象必然是忠臣良士。因此，在魏忠贤的黑手之下，整个明王朝的政坛上出现一片血腥恐怖局面，政治精英们几乎全遭毒手；士民百姓无不为之心惊畏惧。魏忠贤把“恶人以恶手段专权”发展到了极致，让明朝再一次元气大伤，使它原本就危机四伏的躯壳，由此彻底丧失了活力。
明代大奸魏忠贤的为非作歹是在当了掌印太监、掌握了宫中大权之后。由于掌印太监有批奏（即批复内阁等的章奏）、拟旨等工作，魏忠贤识字有限，只好让王体乾担任。但由于王、客之间有协议，所以大权还是握在魏忠贤之手。他与客氏勾结，到处安插私人，很快便势倾内外，炙手可热了。
有个大学士，见客、魏得势，遂卖身投靠。他令门客晏日华秘密潜入大内，劝魏忠贤开内操。魏忠贤就挑唆熹宗挑选粗壮的宦官宫女数行人，制造使用火药的武器，在宫内操练，钲鼓炮铳之声，震动后宫，竟把出生未满月的皇长子惊死。魏忠贤不但不加收敛，反更加肆无忌惮，将内操人数增至万人，装甲出入，恣意耀武扬威。内监王进有一次在熹宗面前试火铳，铳炸伤手，余火乱爆，险些伤及熹宗。但熹宗只觉得好玩儿，竟不以为意。
皇后张氏对客、魏的专权十分厌恶，屡次向熹宗痛陈二人罪恶，有一次还把客氏叫去训斥了一顿。一天，熹宗到坤宁宫，见桌上摊开一本书，就问是何书。张皇后答道：“是史记中赵高传。”熹宗听了默不作声。魏忠贤探知后心中大恨，屡下毒手要置皇后于死地。他们用自己的亲信替换了皇后身边的宫女，谋害皇后。当时张后正怀有身孕，一日偶觉腰痛，这些宫女替她捶腰，暗施手脚，过了几天竟致流产。从此熹宗绝嗣。张后本是河南生员张国纪之女，客、魏竟捏造谣言说她是系狱海盗孙二的生女，劝熹宗废后。但熹宗不愿允从，又加上客氏归家省母时被母亲以危言劝止，这才作罢。
对于熹宗的其他嫔妃，客、魏更是为所欲为。凡与客氏有嫌隙的，无一不遭到迫害。光宗的选侍赵氏因与客氏不和，加之光宗在世时未得到封号，客、魏便公然矫旨赐其自尽，熹宗的张妃，性情直烈，不附客、魏，二人便在裕妃怀孕时将她囚于冷宫，不给饮食，逼得张裕妃只好在下雨时喝屋檐水解渴充饥，中毒而死。冯贵人就因为劝熹宗停止内操，遭客、魏忌，不待奏明熹宗，就诬她诽谤圣躬，迫令自尽。李成妃因为将冯贵人的事告诉了熹宗，还替失宠的慧妃范氏求情，便也得罪了客、魏，二人重施故伎，将她幽囚冷宫断绝饮食。幸亏成妃鉴于裕妃之覆，在檐瓦间预藏食物，所以虽一禁半月，尚得不死。及至熹宗想起多日未见成妃，问了客氏，才知已被囚半月。经熹宗求情，才得放出，可仍被废为宫人。此外还有多少嫔妃遭害，不可胜数。宫中人人自危，谈虎色变。
客、魏不仅横行宫廷，对于外臣的打击，也丝毫不逊色。
明朝不设宰相，内阁是主要办事机构。当时内阁辅臣共有八人：首辅叶向高、次辅刘一燎，以下依次是韩扩、史继偕、沈淮、朱国柞、何宗彦、孙如游。这些人中除沈淮与魏忠贤暗中勾结外，其余的都很正派。天启元年时，叶向高尚未到任，由刘一燎当国，替代首辅。他力遏客、魏，凡因弹劾客、魏被罪的，他都全力营救。于是沈淮及魏阉的其他党羽合力攻击刘一燎，迫使刘一燎辞职。挤走了刘一燎，魏党又开始挤叶向高。当时阉党气焰十分嚣张，动不动就用廷杖来对付反对他们的大臣。工部郎中万燎上疏劾忠贤，魏忠贤大怒之下，决定杀一儆百。遂让王体乾传“旨”，将万燎革职，廷杖于午门外。
锦衣卫和几十个小太监，奉“旨”直扑万燎寓所，砸开门一拥而入。太监们揪着他的头发，抓住他的衣领，上去就是一阵拳打脚踢，把万燎打得鼻青眼肿，衣衫零乱。然后铐住万的双手，拉出门外。锦衣卫和太监们前后呵护，一路上连骂带打，万燎满脸是血，几次被打得倒在地上，站也站不起来。最后，被连拉带拖，到了午门外。
文武百官分列两旁，魏忠贤和王体乾在中间坐着。两边是锦衣卫官员，下列立有旗校一百多人，个个身强力壮，手执木棍，杀气腾腾。
魏忠贤见万燎已押到，便大声命令宣读圣旨。王体乾读罢，魏立时命令手下人将万杖毙。锦衣卫、行刑校尉上前将万燎按下，脱去衣裤，棍子重重打下，开始还见他拼命挣扎，不住惨叫，十几棍后，声音越来越低，棍棍带血带肉，渐渐没了声息。
万燎被活活杖毙在百官眼前，那些大臣们低着头，不忍观看，心里又恨又气又怕，这一下举朝震惊，天下喊冤，忠臣丧气，义士寒心。
廷杖对魏忠贤来说，是逞威报复出胸中恶气的好机会。他很快就寻觅到第二个目标，那就是巡城御史林汝翥。林是首辅叶向高的同乡，魏忠贤曾想借他以联络同叶向高的关系。有一次正好林汝翥巡城，有两个太监挟人劫财，被抓获。林汝翥要上报，两太监苦苦哀求，愿受杖刑，只求不上报。林汝翥于是杖责了这两个太监。
万燎死后没几日，魏又矫旨逮汝翥廷杖，林汝翥得到音讯，赶紧躲了起来。他料到躲在城内，恐怕还来不及廷杖，就得被太监们抓住当场活活打死，所以乔装打扮，混出了京城。
魏忠贤手下的鹰犬四处捉拿林汝翥，不见踪影，上报魏忠贤。魏忠贤实际上已达到了威吓百官的目的，但他仍不甘心，又找来亲信，进一步商讨下一步的害人计划，最后决定，捉不住林汝翥，拿叶向高开刀，趁机干掉这位首辅。
锦衣卫受魏阉之命，率领提骑、太监一百多人来到首辅宅前。守门的家人赶紧拦住，问道：“这是首辅宅院，你们要干什么？！”
一个领头的太监傲慢地走上前，说：“有人告犯官林汝翥窝藏在这儿，我们奉圣上之命，前来搜查。”
一帮人手执刀枪，推开家人，一下冲入院内。二话不说，到处乱翻乱砸乱扔，只一会儿工夫，首辅院宅便被弄得满地碎片、乌烟瘴气。
没几日，林汝翥被遵化巡抚送回京城，执行廷杖，差点被打死。而叶向高经过这一番折腾，反复权衡思量之下，终于明白了一切，自知如果再在宫廷中当首辅必凶多吉少，不如激流勇退，保全性命。于是便向皇帝递交了辞书，不久便得到恩准，叶向高告老还乡。
万燎一击不中，反遭杖毙；林汝翥伤及宦官，被魏忠贤挟私报复，现在还半死不活地躺在床上；首辅被逼，气得火冒三丈却无处发泄，只好告老归乡。魏忠贤一伙奸佞之徒无不发自内心地高兴，他们沆瀣一气，勾搭得更紧了。魏广微根据自己的好恶，列了一张缙绅名册，把他们视为邪人，分了几个等级。这些人有叶向高、韩扩、何如宠、钱谦益、缪昌期、赵南星、高攀龙、杨涟、左光斗、魏大中、黄尊素等六七十人，然后交给魏忠贤，作为今后打击摈斥的对象。这些人是魏忠贤的眼中钉，也是弹劾他的主要成员，大多是朝中忠臣良吏。魏广微又写了一个准备起用人员的名册，这伙人中有黄克缵、王绍徽、徐大化、霍维华、阮大铖等五十六人，把他们划为正人，准备逐步寻机提拔。叶向高归家后，顾秉谦当了首辅，官宦合流，朝中一片乌烟瘴气。
但自有一班刚直大臣仍不低头，他们也在寻机打击邪恶势力。吏部谢升被起用，到达北京后，看到朝政一日不如一日，便写信规劝魏广微，魏广微看后很不高兴。史记事和黄汝亨两位大臣各以大义奏禀皇上告魏广微，但也都被皇上拒绝，不予采纳。
八月，署国子监祭酒、礼部右侍郎蔡毅中、监丞金维基、博士邓光舒、王裕心，助教张翰南、姚士儒、孙世裕，学正王永舆、蒋绍烽，学录聂云翔、林士基等人，又上疏弹劾魏忠贤。皇上未予理睬。蔡毅中遭到冷遇，四次上疏请求辞退，但不理奏折的皇帝竟不批准他的请求。
明熹宗即位时，有一些支持东林党的大臣掌了权，其中最有名望的是杨涟和左光斗。杨涟在左光斗的支持下，向皇帝上书，揭发魏忠贤的二十四条罪状。左光斗也疏劾魏忠贤，说他们有可斩之罪三十二条，因此魏忠贤非常心恨这两个人，一心要置他们于死地，于是魏忠贤一伙便制造了一个“六君子”案。
天启五年（公元1625年），早在几年前因辽东经略熊廷弼案被解职的汪文言又被押解进京。魏忠贤想通过与东林党关系密切的汪文言之口，来陷害杨涟、左光斗。但汪文言为人正直，坚决不肯诬告，结果主持审问的魏党许显纯暗地定下假口供，将汪文言活活打死。汪文言既死，死无对证，魏党仍旧按许显纯早已捏造的罪名，一齐行动，上疏杨、左受贿两万，立即逮捕。同时被捕审问的还有东林党人周朝瑞、魏大中、顾大章、袁化中等人，称为六君子。
杨涟等六人自逮入北镇抚司，每天跪于阶前，五毒备具，受尽酷刑。不出几日，人人皆是皮开肉绽，浓血如染。除顾大章不堪受辱，自尽牢中外，其余五人先后毙命于非刑之下。杨涟死时，士囊压身，铁钉贯耳，血衣裹尸，尸身爬满了蛆虫。其家人在京城日夜奔走，企图筹措银两赎人，但满城都是魏党的天下，谁敢借银两于他们呢？当杨涟含冤死去之后，家人载棺回家，家产已全部变卖了，无葬身之地，只好厝置河边。其母亲妻小只能栖息于城楼之上，成了乞丐。尽管如此，魏忠贤依然严令地方追讨银两。魏大中为官清廉，入狱之后，更是家徒四壁，异常贫寒，其死后数日不准移尸回乡，结果尸体腐烂。左光斗死后，两腿已被打断，仅存一筋相连，肌肉烂腐，只剩白骨，蛆虫满身，面目不辨。
魏忠贤自兴起这次大狱后，索性放开手接二连三地干了起来。在杨、左死后第二年即天启六年，又兴起第二次大狱，这就是周起元、周顺昌、高攀龙、缪昌期、李应升、周宗建、黄尊等七人之狱，时人称为“后七君子”。这次不光是捏造一些冠冕堂皇的理由（如受贿），还毫不掩饰地以“反魏”定罪了。
为了除掉这七人，魏忠贤利用李实与周起元之间的嫌隙，嘱手下人李永贞伪造了一份李实的奏疏，诬劾周起元为巡抚时吞没帑金十余万，并把其他人全都扯入。凭此借口，矫旨七人并逮，再兴大狱。其时七人俱已罢职家居，除高攀龙在缇骑到家时便投水自尽外，其余六人全部逮入诏狱，在许显纯手下受尽酷刑而死。高攀龙虽然已死，崔呈秀还觉不解气，又把他儿子逮入狱中，问成徒罪。周顺昌裸体受刑，每次都大骂魏忠贤。许显纯椎落其齿，问他还能骂否，他一口血水唾在许显纯脸上，骂得更厉害，后被重物压首而死，死后鼻已压平。缪昌期十个手指都被打掉了。周宗建被打得分外狠，至不能出声，许显纯还要骂：“这时看你还能说魏公公不识一丁否？”他被铁钉钉身，不死，又用沸汤浇之，顷刻皮肤卷烂，赤肉满身，婉转两日而死。其他几人死后骨肉俱烂，不可辨认，竟不知其死何状。
这两次大狱还株连家属，被害者家都被抄，倾家荡产，凄凉万状。
除了这两次大冤狱，还有不少朝臣因反对过魏忠贤而被杀害。中书吴怀贤谈杨涟劾魏忠贤二十四大罪的奏疏时，击节称赏，被家中奴仆告发，逮狱拷掠死。武官蒋应阳为熊廷弼鸣冤，立被处斩。吴裕中上疏弹劾陷死熊廷弼的丁诏轼，触怒魏忠贤，便说他是熊廷弼亲戚，代其报仇，杖死之。
其他如苏继欧、丁乾学、张纹、夏之令等，或被缢死、杖死，或被迫自杀。与此同时，魏忠贤还令顾秉谦为总裁，修了一部《三朝要典》，把万历、泰昌、天启之朝关于三案的所有争论用熹宗的名义判定是非，把从争储以来所有与三案有关的人都载入了，以便依次把他们全都清除掉，不使一人漏网，把三案彻底翻过来。
于是他手下的党羽便纷纷进献名单，如崔呈秀进《同志录》、《天鉴录》两书，《同志录》中均东林党，《天鉴录》均非东林党。魏广微、顾秉谦等进《缙绅便览》一册，其中叶向高、韩扩、赵南星、高攀龙等，统称邪党，魏氏党徒统算正人。其他还有魏应嘉的《伙坏封疆录》、阮大铖的《百官图》等等。其中最著名的，要算王绍徽的《东林点将录》。
这些史单制出以后，李永贞等都抄成小册，放在袖中，“遇有处分，则争出册告曰：‘此某录中人也。’故无得免者。”
天启五年十二月，魏忠贤矫旨颁布宣示天下“东林党人榜”，凡不依附他的，一律被指为“东林党”而列名其中，共三百零九人，这些人“生者削籍，死者追夺，已经削夺者禁锢”。在魏忠贤擅政的七年中，他排斥尽了一切异己，真正做到了朝署一空。