一、管理部门层面分析
自然保护区管理机构是政府专门设立实施自然保护管理工作的机构。自然保护区的管理机构为国家级自然保护区管理局，省级自然保护区的管理机构为自然保护区管理处；县级自然保护区的管理机构为自然保护区管理处（所）。自然保护区根据本区保护的目标、任务及管辖范围和行政区域界限，在管理机构内设立职能管理部门。近年来，资源保护观念逐步深入人心，森林资源管理机构的建设有了一定的发展和改善，但仍然存在不少问题。
第一，管理机构设置不健全。我国自然保护区发展比较迅速，社区共管项目已逐渐开展，但管理机构建设却相对滞后。由于经费紧张等原因，在一些共管项目保护区没有设置社区工作的职能科室，项目结束就没有任何一个科室负责共管工作了，使得共管活动难以持续。从保护区到各村的社区共管管理机构都不是常设机构，没有长远的、系统的社区发展与共管规划。森林资源监测与巡护通常由各保护站工作人员临时召集有关人员完成，没有明确的标准，也没有对项目完成情况进行评估。不同级别的森林资源保护区管理机构的设置存在着明显的差异，级别高的自然保护区，管理机构的设置相对较好。一般情况下。国家级自然保护区的机构设置优于省级自然保护区，更优于市级县级自然保护区。
自然保护区管理机构设置的不健全造成没有专门的社区共管项目负责部门，没有社区共管专家或专业技术人员设计、指导共管项目实施。由于在社区共管实施过程中没有科学设计如何引导社区群众自觉参与森林资源保护中的环节，导致社区群众只是盼望项目多些，分给自己的钱更多些，较少甚至不关心也不知道如何参与保护。
第二，管理部门的工作人员对社区共管认识不到位。“社区共管”这一概念无论对于当地社区村民还是保护区管理部门工作人员，都是一个新生事物，在短期内对社区共管有深入认识有一定的难度，因此保护区管理人员还没有真正认识到社区共管的精髓，为当地社区提供发展机会时，缺乏为当地社区解决对森林资源需求的意识。大多数自然保护管理人员依然把保护区看成自然资源的“保险盒”，认为当地村民是造成“保险盒”被破坏的主要责任人，是保护自然资源的“敌人”，应被排除在保护区管理之外。这种错误认识是管理者没有意识到建立自然保护区不仅是为了保护生物多样性，同时也是为了使当地村民的生活水平得到改善。在各种关于社区共管的研讨会上，大家好像达成了一种默契，没有人谈及怎样使社区对自然保护区和国有林地森林资源的利用更加科学合理，而是非常热衷争取外援资金来开展项目，既可以搞到预算资金外的钱，使自己的日子好过一些，也可以搞好同当地社区的关系，让社区承担一些保护义务。所以，提不出合适的社区共管目标，有的工作人员甚至连共管的对象都搞不清楚。
“保护区与森林周边社区的关系是一种纯粹的管理与被管理的关系”这一认识误区在一些管理者心中已根深蒂固，短期内难以改变。保护区管理人员应认识自然保护是惠及子孙后代的事业，是贡献于全人类的，其投资具有全球性和长远性。森林周边贫困社区行为所具有的功利性和短暂性，原因在于：一是管理局工作人员认识不到位，工作力度不够，没有从自然保护的大局出发，忽视了村民正当的生产生活需求。二是保护管理部门争取和知晓社区共管项目的主导思想有缺陷，没有把项目与保护目标紧密地结合起来，只是想用项目来安抚村民，换回保护与发展矛盾的暂时平息。结果适得其反，村民没有保护意识，即便参与共管也是为了获取眼前的经济利益以解决生存问题，不可能真正地参与到自然保护工作中。三是管理人员轻视社区的力量，认为社区村民没有能力管理好自己赖以生存的自然资源，保护部门才是自然资源真正的“看守者”，一切均要依靠保护部门，甚至认为自然保护的成功与否取决于管护工作力度而不是社区村民的参与。
第三，管理体制不适应社区共管的发展。我国自然保护管理体制普遍是业务由上级主管部门管理、行政由县级以上地方政府管理，实行业务与行政分离的管理体制。这种管理体制是管理权与经营权相分离的体制，已不能适应自然保护区快速发展的需要，存在一些急需解决的问题。在这种管理权与经营权分离的体制下开展社区共管，将会出现管理权限、利益分配等方面的矛盾，容易造成地方利益与生态保护发生冲突，难以实现自然资源保护与当地社区经济和谐持续发展。如自然保护区村社边界的土地使用权，按照《中华人民共和国自然保护区条例》规定，自然保护区范围内的土地归保护区统一管理，而当地社区村民依照习惯权属认为社区内的土地应归社区集体所有，自然保护区未按《自然保护区土地管理办法》征用集体所有的土地，自然保护管理部门无权干涉他们，至少是在集体林和自留林问题上不应该无视他们的需求，这样的结果造成了土地所有权与使用权的分离，在土地使用权属问题上产生了理解上的分歧和使用上的冲突及管理上的无效，也给社区共管顺利实施埋下了难以逾越的障碍。
我国自然保护区管理体制至今还存在着权责不清的现象，如林业部门主管的保护区内河流中的鱼类，按照《野生动物保护法》规定，应由农业部门主管；保护区内的矿产资源管辖权属于地方国土资源部门，各部门之间几乎不沟通，便形成了一个保护区有多个执法部门在执法的现象。各个管理部门之间业务分隔、管理职责重叠的现象导致了管理责、权、利不清。此外，由于保护区管理部门管理体制不健全，管理力量分散，打击非法利用保护区资源牟利行为时与其他部门缺乏有效协调，导致乱砍滥猎行为屡禁不止，自然资源保护与开发利用二者之间的关系很难协调。
第四，保护区管理部门职能急需转变。目前，有些保护区管理部门的职能还是单纯地从事巡山护林、防火、监督执法，不过问当地社区经济社会的发展，对社区群众的生产生活关心不够，没有切实解决群众面临的困难。社区群众习惯了“靠山吃山”的生活方式，而保护区管理部门禁止他们在保护区内从事生产活动，激化了资源要保护与社区群众要生存要发展之间的矛盾。这与保护区管理机构中没有设置社区发展与技术推广部门，没有体现出对保护区管理的社区服务职能有关。
另外，保护区管理系统内部的职能和分工不太合理，市、县级保护区管理所不仅负责执法监督、调解纠纷、部门协调等工作，还直接承担本应由乡村管理站及社区护林员所承担的巡山护山、防火等工作。从迄今为止自然保护的实践来看，要使得自然资源得到有效持续保护，仅仅依靠自然保护区管理部门的力量是不够的，需要使资源保护与当地经济发展相协调，让森林周边社区群众自觉地参与管理。要做到这一点，首先要根据社区共管可持续发展的需要，将周边一定范围内的社区纳入保护区管理职责范围，重新确定保护区管理部门的职能和管理人员的职责。其次，保护区管理部门应及时转变管理观念，在管理机构内增加社区发展和技术推广机构，加强社区服务职能，关心群众的生产生活，及时解决社区群众生计困难。第三，应重新调整保护区管理体系内部的职能及分工，完善保护管理手段和规章制度。
第五，共管人员配备缺乏，业务素质偏低。共管人员的作用在整个共管过程中至关重要，但在大多数自然保护区内，管理人员配置都存在一定的缺口，尤其专业技术人员的缺乏是阻碍自然保护区可持续发展的一个重要因素。人员短缺，工作任务不具体，职责不明确，一名工作人员常常要承担多人的工作量。与此同时，由于自然保护区大多分布在偏僻的贫困山区，没有区位优势，福利待遇没有外部竞争力，内部也没有很好的激励机制，很难吸引优秀青年管理人员和科技人才。加之经费严重不足，在岗人员没机会接受关于森林资源管理的培训，更不会有专门针对社区共管知识和技能的培训，致使大部分共管人员缺乏社区工作的教育背景和业务经验，能力与现实需要不相适应，对自己的工作任务和目标认识不明确，只是被动地执行项目计划和服从领导安排。这种状况会使社区共管成为千篇一律的固定模式，从而失去它的灵活性和适应性，导致共管失败。
二、政策、法规层面分析
自然保护区政策法规是在我国计划经济体制及后来由计划经济向市场经济转轨的时期产生的，经历了边制定、边修改、边完善的过程。那时自然保护区法规制定不是从自然资源系统出发，只是从针对自然保护区建立和管理中的某些问题出发的，因此没有明确的政策目标和协调统一的政策措施。
首先，在政策层面上，自然保护政策制定表现为政策目标与体系不完善，政策在横向和纵向上有冲突，且政策执行监管不力。比如《自然保护区条例》第一章的八条说，“国家对自然保护区实行综合管理”与其他职能部门“协调监督管理”相结合，但并未对职权明确区分问题作出回答。一些处在同一层次或不同层次的法律、法规之间存在相互冲突的情况，这主要体现在国家自然保护区政策与地方相关政策之间的冲突。比如，地方政府运用中央专项扶贫资金对当地社区进行扶贫，自然保护区通过实施社区共管也把资金投入到周边社区的发展中，这种投入也起到了扶贫的效果。但当地政府的扶贫工作与自然保护区开展的社区共管工作常常各自为政，不能相互协调配合，在一些方面存在着冲突，这种情况既影响当地经济的发展，也影响自然保护目标的实现。
另外，自然资源保护政策与地方经济发展政策之间也存在严重的冲突。森林周边社区经济不发达，有许多县乡还是国家扶贫的重点地区。当地政府有发展经济的强烈愿望，想在较短的时期赢得明显的政绩，他们针对基础设施较为落后的实际情况，在基础设施建设上投入大量资金以改善经济发展的基础条件，如修电站、公路等，而在自然保护区内及周边进行基础设施建设对自然资源和珍稀野生动植物的生存却造成了一定的威胁与压力。
其次，有关自然资源保护的法律法规建设滞后于自然保护区的发展，特别是滞后于保护区所在地国民经济和社区发展的要求，造成保护区的管理效力偏低。纵观我国自然保护区的各种法律规章，如《中华人民共和国野生动物保护法》、《森林和野生动物类型自然保护区管理办法》、《自然保护区条例》等，基本上是从有利于自然保护的角度出发，仅考虑了社区居民的生活对自然保护的影响，而没有考虑到自然保护区建立对社区居民生产生活的影响。如《中华人民共和国自然保护区管理条例》第26条规定：“禁止在自然保护区内进行砍伐、放牧、狩猎、捕捞、采药、开垦、烧荒、开矿、采石、捞沙等活动。”该规定在一定程度上堵塞了社区村民利用自然保护区资源的传统渠道，仅有对社区村民的约束，却没有明确提出如何解决他们生产出路和生计来源的措施，因而造成保护区资源管理与利用上的很多冲突与矛盾，反而不利于野生动植物在保护区的生存和保护。虽然自然保护区机构对社区居民的收入有所考虑，但远远不够。随着森林覆盖率的提高，野生动物活动范围不断扩大，经常出没在社区周边，人、粮受害严重。2003年，甘肃白水江国家级自然保护区调查发现，有95.45%被调查农户的庄稼遭受过野生动物的破坏，有12.24%农户的牲畜被野生动物咬死过。仅店坝、刘家坪两乡，每年被野生动物践踏面积为170hm2，损失粮食16万公斤。调查结果还显示，有85%的被调查者认为政府应对野生动物造成的损失给予赔偿。关于自然保护区内野生动物破坏赔偿问题，《中华人民共和国野生动物保护法》第十四条规定：“因保护国家和地方重点保护野生动物，造成农作物或者其他损失，由当地人民政府给予补偿。”这种法律上的补偿规定由于太宏观而不具操作性，导致无法执行。地方政府由于财政困难而无力给受害者相应的补偿，一般的自然保护区都没有专款，最终结果是赔偿规定一直不能兑现，使社区村民蒙受了较大的经济损失。
再次，实施社区共管过程中存在着对社区赋权不充分的问题。要使森林资源得到有效保护与合理利用，没有居住在森林内或森林附近的社区参与是不可能实现的，当地社区应当成为森林资源管理的主体，并让其参与森林资源的管理、保护、开发与利用等一系列活动。当前开展的社区共管活动，社区在形式上是森林资源管理的主体，但他们并没有完全拥有森林资源管理的决策权、处置权和利益分配权，由于没有赋予社区森林管理决策权，所做的决策不能满足森林资源的管理需求。另外，受森林限额采伐和市场需求等因素影响，森林资源的所有者不能随意行使森林资源处置权，这在很大程度上影响了社区参与森林资源共管的积极性。
造成社区参与森林资源管理赋权问题的原因主要是缺乏系统政策的支持。国家虽出台了一些林业政策，如“稳定山权林权、划定自留山和确定林业生产责任制”为主要内容的林业“三定政策”，这些政策曾经对社区参与森林资源管理起到了一定的积极作用。但对于实现森林资源社区共管，这些政策是远远不够的。目前，森林资源社区共管的实施尚缺乏系统的政策支持，即便是已有的政策支持也不够具体深入。
另外，社区参与森林资源共管的赋权程度不高、范围不广，主要表现在赋予当地社区的参与权不完整，村民不能全程参与到森林资源管理活动中，贫困农户和妇女更是如此；赋予社区的管理决策权太少，特别是没有赋予社区森林资源管理评估监测权；赋予社区的林业产权不明确、不完整，收益分配不合理。社区共管在我国开展的时间短，关于对社区赋权问题的研究甚少。虽有学者对林业产权问题作了一定研究，但对于怎样赋权、赋什么权、谁来赋权、如何把握赋权的度等问题仍缺乏深入研究，开展社区赋权，还缺乏可借鉴的经验。
最后，现行的一些法规、政策在社区共管的内容上有所体现，但效力层次低，一般规定都是抽象原则，往往没有相应的可执行的详细步骤，在实践中难以操作。在法律层面上，一些自然资源法律已过时，不具有操作性，且缺乏利用经济价值规律和经济手段保护自然资源的功能。比如，现行政策法规规定所有的自然资源归国家和集体所有，但由于缺乏具体的资源产权主体代表，造成不考虑自然资源持续利用，各种开发者都争抢开发，加之资源更新补偿机制还不完善，一些自然资源处于无偿开采状态。事实证明，我国缺乏综合性自然资源保护法律，各单项法律之间缺乏整体配合，部门利益之间存在严重冲突，而且各单项资源保护法律一般由相应的资源管理行政部门负责起草，他们都较多关注本部门利益，而不考虑大局。
三、政府部门层面分析
社区共管强调当地社区共同参与，但这并不意味着否认政府部门在社区共管中的重要作用，因为社区共管工作的顺利开展必须得到当地政府的鼓励和支持。
然而，目前在自然保护中存在着各级政府部门为了经济发展和施政业绩不能很好的合作的现象。当地政府为了地方经济的发展，在制定发展规划时更注重短期的、局部的利益，而保护区管理部门对自然资源进行严格保护，追求长远利益，二者在自然资源开发与保护之间的利益主体不一致，导致利益实现形式截然不同，于是保护工作难以得到当地政府的支持和帮助。
社区共管一方面允许社区村民对自然资源的持续利用，同时强调对自然资源有保护的责任。居住在保护区内及周边的村民，日常生产生活中与保护的关系比较密切。当社区与保护区发生冲突时，当地政府的地方保护主义比较严重，协调解决冲突不是很有效。
个别地方政府部门由于缺乏对自然保护工作重要性的认识，把保护与发展对立起来，对保护区管理存在消极抵触情绪，主要表现在制定并实施不符合保护目的的经济发展规划，加重对保护的压力；片面强调开发利用自然资源，在保护区外围盲目开发，对保护区资源和生态造成了严重破坏；在保护区内进行破坏性开发和建设活动，甚至擅自改变保护区性质、范围、界限和功能区划，使保护区失去应有的意义。比如在贵州草海自然保护区，当地政府曾提出“草海是威宁脱贫致富、振兴经济的优势”，“将草海的资源优势转化为威宁的经济优势”，“草海的优势是养鱼、养鹅、养鸭、水生植物利用和旅游”，“建议由草海自然保护区管理处牵头，有关部门参加，成立草海资源开发公司”等口号，这些提法显然与草海自然保护区的性质相违背。
在我国法制还不健全的情况下，地方政府的政策和行为直接关系到社区共管实施的成败。比如利用社区共管开展生态旅游，充足、及时的资金投入是共管成功的必要条件，而地方政府是否在资金上给予大力支持则关系着共管的命运。社区自身和外部项目资金很难满足需要，应积极探讨将社区共管同国家和地方扶贫项目结合的政策可行性，解决长期共管资金的来源问题，并借此扩大共管的社区影响。
我国建立自然保护区是采取的抢救式的保护形式，即典型的封闭式资源管理模式。政府认为在封闭式的管理模式下，再加上一系列的法律法规约束，生物多样性和林地危害的风险将减少至允许范围内。基于此种认识，政府在制定相关政策时缺乏对当地村民关于森林资源识别和利用乡土知识的正确认识，认为贫困村民是导致森林资源不可持续利用的直接因素。但事实证明，在许多偏远的贫困山区，政策和法律法规所起的作用并不很大，社区村民对相关政策、法律法规知之甚少，实际结果与预期效果相差颇远。此外，目前我国还缺乏与社区共管相关的政府法规。社区共管只有在适宜的政策环境中才能顺利开展，但我国自然保护区的立法还相当不完善，缺乏系统性、层次性和协调性，这样会对共管实施产生消极的影响。在社区共管中，为了合理持续利用自然资源必须对土地进行规划，如果对村属土地进行规划，村民心理上难以接受，又违背家庭联产承包责任制的要求，并且对保护区内土地进行规划又缺乏法律上的依据，属违法行为，因此即使有了规划也是形同虚设。
自然保护事业是关乎子孙后代的一项艰巨事业，在自然保护区实施社区共管需要调动并依靠社会力量共同参与。实践表明，地方政府对保护区管理的作用越来越大，但其职责应从现在的领导、指导和直接管理，转变为服务或协助。如果各级政府不把自然保护当作必须认真解决的任务，不按照持续发展的要求开发利用自然资源，自然保护事业就难以长远发展。
国家对贫困地区有扶贫项目，而保护区更多的是为当地政府准确提供周边社区发展监测情况，因此保护区实施社区共管应加强与政府扶贫项目的协调。保护区应积极配合政府制定社区长期发展规划，既要避免以资源消耗为代价的发展模式，又要防止采取超出保护区自身工作承受能力的方式，致使资源保护管理工作陷入另一种困境。社区共管的成功实施需要有长期的、稳定的资金来源，仅依靠社区本身力量是远远不够的，要积极争取政府的资助，有目的地开展一些示范推广项目，引导周边社区走资源保护和社区经济和谐发展的道路。