（1）外伤
外伤性溃疡占所有口腔溃疡的最大比例。常见的原因是被牙齿咬伤，特别是排列不整齐的牙齿最容易发生这种现象。另外，制作不良的假牙或断裂牙齿的尖锐面，也常会剌伤附近的口腔黏膜。
这类溃疡，只要去除引起外伤的原因，伤口一般在一个星期内就会愈合。在治疗上，患者可涂止痛药膏或以药水涂抹患处，防止感染。
（2）鹅口疮
一般人常认为是“火气大”实际上是一种感染性疾病，多由白色念珠茵引起，其发生与免疫力下降有关，它的发生率仅次于外伤性溃疡。临床常表现为反复性、多发性，就是重复出现，及同时几处溃疡，而且非常疼痛。
鹅口疮的溃疡表面平坦，周围有一圈红晕。
研究认为，鹅口疮常与患者的免疫能力改变，或过度劳累及精神压力过大有关，病毒感染也是另一因素。一个星期左右，鹅口疮会自行愈合。出现时，涂抹一些含有类固醇成分的口内膏，对患处有疗效。
（3）口腔癌
口腔癌除了以肿块形式出现外，也可能出现口腔溃疡。可是这类溃疡，周围常会出现边缘硬化，而且溃疡中心的组织，会呈现疣状或菜花状的表面。
癌症导致的口腔溃疡，不会自行愈合，而且范围会日益扩大。随意在它表面上涂抹药物，有时反而会剌激它加速生长。
（4）放射线或化学治疗
头部或颈部因癌症而接受放射性治疗，或者化疗期间，正常的口腔黏膜细胞因放射线或药物的伤害，白细胞减少，而产生全口广泛性的溃疡。严重时，患者会出现吞咽疼痛和吞咽困难，甚至需要靠鼻胃管进食。
这类口腔溃疡，重点在于注意口腔卫生，防止溃疡伤口感染而引发败血症。医生一般会给予抗生素及止痛漱口药水。一般情况下，在放射性治疗或化疗结束后的2～4周，溃疡会逐渐改善。
（5）其他原因
包括糜烂型口腔扁平苔藓、天疱疮等自身免疫性疾病，或病毒、真菌感染，以及药物毒性反应引起的Steven-Johnson综合征等，不过后者是较为少见的情况。