比较制度分析方法认为，经济整体实际上是多种制度相互结合的一个体系，在这个体系内部，各制度之间存在多样性的联系，可能是互补的，也可能是战略替代关系。对于企业所有权的选择来说，不同的制度约束所起的作用是不一样的。家族所有权与非正式的家族文化之间是互补的，与差的投资者保护的法律以及不完善的资本市场和经理人市场之间是单向替代的，选择家族所有权是对这些制度约束的一种制度适应，其背后有降低交易成本的经济意义。
一、制度互补：家族所有权与深厚的儒家文化传统
制度互补的概念来自青木昌彦提出的比较制度分析方法。青木昌彦认为，在现实经济中存在的多种制度之间，经常可以看到通过一个制度的存在、运作而导致另一个制度存在或者更加巩固的关系，这样，双方就形成了制度上的互补关系。青木昌彦认为，一个社会的经济体制是由众多互补的制度相互作用形成的体系。
东亚国家企业中由家族掌握企业所有权与东亚儒家家族文化传统是同质的制度安排，两者间是一种制度互补关系：一方面，深厚的家族主义的文化传统是东亚家族所有权存在的文化制度基础，同时也决定了家族企业所具有的经营管理特点；另一方面，在家族掌握所有权的企业里，必然要强调家族主义的文化价值观，宣传并利用这种家族主义文化，这就在客观上起到了在社会中弘扬、巩固这种家族主义文化的作用。
首先，家族主义是家族所有权（或家族企业）存在的制度基础。在东亚，家族主义成为人们共同拥有的信念，它渗透到个人、组织及国家的行为当中。家族主义对个人及企业组织的渗透，影响企业的性质、所有权安排和企业的运作方式。当一个人想做生意时，他会先想到和家里人一起干，家族血亲关系成为企业的一大资源，可以帮助企业筹集资金，提供人力资本和社会关系，他会把这个企业控制在自己和家人手中；当他管理企业时，会不自觉地运用家庭中的伦理规则，认为自己是企业中的家长，奉行家长制和等级制，当他的企业小有成就时，他会更加努力，希望能借此光宗耀祖，当他年老时，会想着把企业传给自己的孩子或亲戚，千万不能落入他人手中。他的家人和他有同样的想法，因为他们共享同一种信念。在这种信念下建立的企业毫无疑问带有家族企业的色彩，企业的所有权和控制权显然都掌握在家族手中。可以说，家族企业是儒家文化的家族主义在组织形式上的外在反映，儒家文化中的家族主义是家族企业产生的深厚的文化基础。
其次，家族企业对家族主义文化的强调和利用反过来巩固了家族主义文化。家族企业所奉行的家族主义不仅是一种文化价值的体现，同时还包含着强烈的实用主义和功利主义的价值原则。家族主义表现为一个具有工具意义的价值观，因为其基本原则具有良好的经济价值，如抵御风险、降低交易成本、利用机会、相互支持等。要更好地实现这些经济价值，需要在企业中强化、巩固这种家族主义，并与可能存在的个人主义等非主流的文化相抗争。于是，我们看到，在许多家族企业中，老板刻意营造家的氛围，强化家族成员间的亲情，用婚姻、结拜兄弟等方式扩展家族成员，对家族成员和非家族成员实行不同的待遇以强化家族关系并吸引外部人进入家族等等。这种对家族主义的强调和重视自然会巩固现有的家族文化。当然，从整个东亚地区来看，近30年来东亚家族企业的快速发展也使儒家文化受到世界的广泛关注，在全世界范围内掀起了研究儒家文化的热潮。欧美的学者和企业家都在思索为什么东亚的家族企业有如此强大的竞争力，儒家文化是否可以借鉴到欧美企业的经营管理中，如何实现西方文化与东方文化的融和等问题，这些研究在客观上也巩固并发展了儒家的家族主义文化。
二、制度替代：家族所有权与不完善的法律制度和市场体系
在经济体制中，各种制度都有其特定的功能，尤其是政府当局制定的法律制度。当一种制度A不能完成其功能时，其他制度B对此制度做出补偿，能实现其原有的功能，这两种制度间就形成了制度替代关系，即B制度（替代制度）是对A制度（被替代制度）的替代。制度替代是一种单向补偿的关系，是B制度替代A制度，而不能相互替代，即A制度不能替代B制度。替代制度往往是在被替代制度不能实现其功能时而产生的一种适应，它在某种程度上是一种被迫的选择，是自下而上自发产生的制度安排。替代制度是对约束制度的适应，是在制度约束下本着追求收益最大化而做出的选择。但要注意的是，尽管制度B能在一定程度上实现制度A的功能，但两者的成本是不同的。
根据前述研究，对投资者法律保护状况影响企业的所有权结构，对投资者法律保护较弱的国家，所有权结构趋于集中。东亚国家和地区对投资者保护的法律法规相对于发达国家来说并不完善，而且执行较差，因此，东亚企业的所有权比较集中。克来森等认为，“政府对财产权利的薄弱的执行权是亚洲集中的所有权的最可能的原因，因为这些公司经常面对薄弱的法律系统、糟糕的执法和腐败。”可以说，东亚集中的所有权是对正式的投资者保护法律制度缺失或无效的替代，是在正式的法律制度不能实现其功能时，自发产生的一种适应性的制度安排。同样，“亚洲薄弱的财产权利制度可以解释为什么家族经营的公司集团是占统治地位的组织形式。家族所有权和集团是便利交易的制度安排：家族成员与紧密附属公司的交易成本面临较低水平的信息不对称和较少的要挟（hold-up）问题，而这些在非附属的公司的交易中是很盛行的。” 世界银行专家的研究证实了东亚国家（或地区）投资者法律保护状况与所有权结构的关系。如果审判系统越无效、越无法制化、政府越腐败，家族控股就越多。这说明，在投资者法律保护状况与集中的所有权之间的确存在一定的负相关关系，家族控股的制度安排是个人在政府无法行使对私人财产保护时所做出的反应，是对较差的法律和司法系统的制度适应，也可以说是对无效的法律制度的一种替代。这表明，公司控制权的集中是法律系统进化的一个重要因素，即整个公司的所有权结构与制度发展的水平间存在关系。
从上述分析可知，无论是与儒家文化间的互补，还是对不完善的法律制度的替代，家族所有权都是投资者对既存的经济制度环境做出的适应性反应，是一种制度适应。这种制度适应，表面上看似乎是一种无奈的选择，其实却也是基于理性的算计而做出的选择，是理性的经济行为。家族所有权是投资者在不确定的环境下，利用家族主义规避风险、降低成本而实现家族利益最大化的一种制度选择，是对各种企业制度安排的成本进行比较以及对现有制度环境的适应和利用的结果，反映了制度进化过程中适者生存的规律。东亚家族企业的广泛存在说明家族所有权带来的收益一定大于其成本，否则，这种制度安排是缺少经济理性的；同时，也说眀在既存的制度环境中，与其他形式的企业组织相比，家族企业是更有效率的组织形式。当然，没有哪一种制度安排在任何约束条件下都是最优的，制度安排的决定及效率是状态依赖的，随着外部约束条件的变化而变化。
家族企业的内部体制是东亚家族企业制度结构中主要的组成部分之一，包括所有权、经营管理权、信息决策权、对员工的雇佣与激励制度等。其中，所有权安排是最重要的制度安排。由于深受儒家家族主义文化的影响，东亚家族企业的内部体制呈现如下特点：第一，所有权集中在家族手中；第二，实行家长制管理，包括对员工管理的泛家族主义和家长的权威型决策体制；第三，A型的信息传递体制；第四，以亲缘关系为基础的对员工的双重雇佣与激励制度。