尽管路德与教皇的关系剑拔弩张，一触即发，然而仍然有不少人为达成双方的和解而不懈努力着。教宗特使米尔蒂茨就是其一，他多次进行斡旋，力图调和路德与教廷的关系，避免教会的分裂。甚至在1520年6月15日教皇的《逐路德出教》的谕令已经发布而路德已经在10月10日收到教谕之后，他仍然没有放弃调和的努力，劝路德上书教皇，澄清自己一直都无意批判教皇本人。路德尊重他的努力，接受了建议，于是上书教皇，并附上了《论基督徒的自由》这本小书，以他少有的柔和优美的语言和协商的温和语气娓娓陈述自己的信仰和基督徒的生活理想。在这本书中，路德将教皇与作为其宗座的罗马教廷区分开来，批判后者的腐朽堕落，他们蒙蔽和欺骗教皇，教皇成了“狮穴中的但以理”和“住在蝎子中间的以西结”。不但如此，路德还将写作的时间改为9月6日，而不是在收到教谕之后，以此表明写作并非因为那份教谕，并且他在呈交给教皇的书信中陈述了米尔蒂茨和自己为和解所做的诸般努力，自己无意与教皇为敌，只是他的对手挑起事端，无礼攻击他，他为维护真道而不得不反击。但是正如人们可以预料到的，和解的努力最终失败。不过，这本陈述路德的基本信仰的书却获得了极大的成功，恰如他自己所说的，“它以其简明的形式囊括了基督徒的整个生活内容”，成为新教的最重要的灵修书和生活指南，学者们称赞它是路德的最高尚、最优美和最成熟的著作。
一开篇，路德就指出信心的重要性，说它是一直涌到永生的活水泉源，只有处于试炼的压迫之下体验到信心及其给予的勇气的人才知道它的大能，他自己就遭受过对信心的各种试探，因而有资格谈论信心。路德说他愿意向一般信众谈谈信心，帮助他们理解。他首先提出一对有关心灵自由和捆绑的命题：“基督徒是全然自由的众人之主，不受任何人辖管；基督徒是全然忠顺的众人之仆，受任何人辖管。”路德承认这两个命题像《圣经》中说人既是属灵的，也是属肉体的论述一样都出自保罗的话，似乎是矛盾的。《哥林多前书》九章19节说：“我虽是自由的，无人辖管；然而我甘心作了众人的仆人。”《罗马书》十三章8节说：“凡事都不可亏欠人，惟有彼此相爱。”爱就是甘愿服事并顺从所爱之人。但是路德通过对律法与福音、信心与称义、信心与行为以及信心与爱的辩证关系的论述证明这两个命题不是矛盾的，而是协调一致的，并由此提出了公义、自由的真基督徒的生活准则。
路德指出，上帝的圣道是生命、真理、光明、平安、公义、救恩、喜乐、自由、智慧、能力、恩典、荣耀和福分之道，是关于他的儿子道成肉身、受难、死而复活并凭着使人成圣的圣灵而得荣耀的福音，它是基督徒的生命、公义与自由所不可缺少的。上帝的圣道分为诫命（律法）和应许（福音）。虽然诫命教导人的都是善事，但是人并不将它行出来，因为诫命只指示人们应当如何行，却没有将遵行的能力给予他们。诫命的作用实质上是使人自知，承认没有行善和成全律法的能力，对自己绝望。路德举例说，“你不可贪心”（《出埃及记》20：17）就是一条判定所有人都是罪人的诫命，因为无论人如何抵制贪心，他都不能不起贪心。因此，当人必须遵守这一诫命时，他就必然会对自己绝望，只能在别处，在他者身上寻求自身无法获得的帮助。人无法遵守这条诫命，对于其他诫命也是如此。但是律法是必须成全的，否则人就会被定罪。既然如此，那么人的结局岂不是会很悲惨？
并非如此。当人通过诫命知道了自己的软弱无能，无法成全律法，找不出称义与得救之道时，他就会畏惧，彻底虚己，于是就来到了上帝的应许面前。律法既然由上帝定，也只有他能成全，他的应许满足了他的诫命的要求，成全律法所要求的。那么，他的应许是什么呢？“你若愿意成全律法，又照诫命所说，不起贪心，你就来信基督，在他里面恩典、公义、平安、自由与万事都应许给你了；你若相信，就有一切，若不相信，就缺一切。”坚定地信基督的人会与这些应许产生联系，分有了它们的能力，就能成全人靠自己的行为而不得成全的律法，因而不会被上帝定罪，相反被他视作义人。由上不难看出上帝的诫命与应许的关系：诫命使人感到威胁和畏惧，认清自己，产生悔改之心，甘愿虚己降卑，而应许则使人获得信心和恩典，因而感到安慰，得以提升。但是关键是信基督。为何是信，而不是人的善行呢？为何是信基督，而不是信其他呢？
惟有信才能成全上帝的一切诫命和律法，譬如，第一条诫命“你只要敬拜一位上帝”。最高的敬拜莫过于信任敬拜的对象，认为他是真实、可靠、公义的，因而对上帝的敬拜就是信靠他，将他看作是真实公义的。如果有人施行的全部是善行，但是他没有将上帝的真实与全善所应得的荣耀归给他，那么，他仍然没有真正敬拜上帝，没有遵行这条诫命，因而仍然是不义的；相反，如果人坚信上帝的应许，那么他就将他看作是真实公义的，尊他的名为圣，全然听从他的旨意和安排，不疑惑那位信实、公义、智慧的上帝必然将万事安排好。这样一个因为信而在凡事上顺从上帝的人还有什么诫命不能成全呢？他会因为不能遵守诫命而被定罪吗？当上帝看见人完全信靠他，将他看作是真实公义的，按照他所当得的尊敬他时，他就会因为人的信靠而将人看作是真实公义的，因为上帝本来就是真实公义的，而人这样看他自然也是真实公义的。
信不但使人成全律法，而且是结婚戒指，将基督与信他的人联为一体，成为夫妻，既为夫妻，则共有对方的一切，无论好坏。基督与人存在着根本差异：基督是有位格的神与人，他没有并且也不会犯罪，因而没有并且也不会被定罪，他满有的公义、生命和救恩是无所不能、不可战胜的；人总是并且只能犯罪，因而被定了死罪，满有罪恶、死亡、咒诅和地狱的痛苦，若只凭借自身，其悲惨命运不难想象。但是因为信使富足虔诚的新郎基督与像“贫穷、卑微、罪恶的娼妓”一样的罪人结为一体，基督就将他的新娘所有的一切归给自己，同时也将自己所有的一切赐给新娘，于是，信基督之人的罪恶、死亡与地狱的痛苦就被基督担当，然而罪、死亡与地狱不能吞灭基督，相反，他吞灭它们，因为他的义大于一切人的罪，他的生命强于死亡，他的救恩是地狱无法战胜的。既然信基督之人的罪已经放在基督身上并被他吞灭，拥有了他的义，可以自夸说这义是自己的，那么，这人就凭借信在基督里脱离了一切罪，不再惧怕死亡和地狱，并且领受了基督永恒的公义、生命与救恩。
基督是君王和祭司，既然凡属丈夫的也为妻子所有，那么，因信而与基督结为一体的人就在属灵的层次上是君王和祭司。首先，作为最自由的君王，每个基督徒因为信而高升于万有之上，凭着属灵的能力做了万有之主，管辖万有，所以，没有什么东西能伤害他，只要凭借信，包括十字架与死亡在内的一切都为他服务，为他的得救效力。其次，信基督之人都是祭司，配在上帝面前执行圣职，为他人代祷，并互相教导属灵之事。总之，信基督之人凭借他为王的权柄管辖包括死亡、生命和罪恶在内的一切事情，又凭借他为祭司的尊荣在上帝面前有非常的权柄，因而基督徒不受万事管辖，相反管辖万事。信已经包含了他所需要的一切，他就不需要凭借自己的事工和善行使自己成义和得救。既然不需要善行，也就不需要律法，因而也就不受律法捆绑。
尽管人因信称义，不需要善行和律法就能得救，但这并不意味着要废弃善工，得救之后不与人为善，相反，基督徒因为信心极其富足，并蒙满有怜悯和恩典的上帝的应许之道而得救，所以他只求讨上帝喜悦，自然就做出爱他人的行为。路德强调他并不反对善行本身，而只是谴责人们在做善事时所怀有的亵渎上帝和因善行称义的邪念和谬见。善行并不创造义人，但义人却行善。人在称义之前所做的事工并非善行，人若以为这样就可以取悦上帝，赢得救恩，却不相信和领受上帝白白施予的恩典和应许，那么，人的行为就是有罪的和邪恶的，必然被定罪。人在称义之后不但不会弃绝善行，相反会爱慕和宣扬它们，必然能行善，做万人之仆，这就牵涉到路德所说的第二个命题。
正如前述，人不但是内在的、属灵的人，而且还是外在的、属肉体的人。虽然内在的人因信心而得救，是完全富足的，不需要律法和善行，但是因为人还生活在肉体之中，过着世俗的生活，所以还需要不断增强信心，这样，他就必然遵行律法，施行善事。善行表现在两个方面。首先，基督徒所做的普通善行或为自己做的善行，这表现在通过禁食、守夜、劳作以及其他合理的戒律来约束和磨练肉体，消除其邪情私欲，攻克己身，使它屈服于圣灵，顺服和适应内在的人。表面上看，路德又恢复了他过去一再反对的诸种苦修之法，但其实不然，虽然行为相同，但是行为的出发点和动机却完全不同。路德并不反对行为本身，而只是反对行为者在行动时所持的观点，如果试图凭借自己的行为赢得救恩，那么，这种行为是邪恶的；反之，从信心出发，心甘情愿地做上述行为，以坚固自己的信心，那么，这种行为就是真正的善工，值得提倡。怀有前一种想法的人与后一种想法的人差异极大，前者并不关心克服自己的情欲，只在乎行为，尽管不是心甘情愿，但是仍然尽量多做善事，以便被上帝称为义人，因而他们甚至可以灭绝自己的本能，相反，后一种人因信而享有救恩，极其富足，然而他心甘情愿地、自由地做善事，以便讨上帝喜悦，他只是约束身体使其顺服灵性的要求，而不用灭绝身体和本能。只要清除了肉体的邪情私欲，人为维持自己和种族的生存而进行的诸如吃喝拉撒之类的行为都是被允许的，人应该爱惜自己的身体，不必因为干这些事情而感到罪恶。人爱惜自己的身体不但可以使自己身体健康强壮，活得更好，而且还能凭借此为他人服务，照顾他人。这就涉及到善行的另一方面，即与人为善。
人生活在社会中，必须与他人说话和交往，这就存在着采取何种态度对待别人：是自私自利，还是与人为善。基督是享有尊荣的神，并不在律法之下，根本一无所需，却为了世间的罪人甘愿接受律法的辖制；他是万有之主，然而却取了奴仆的形象服事人，并将他所成就的一切都归给他们。因此，虽然基督徒因信心而与基督一样取得了上帝的形象，脱离了一切律法和善行，但是他们仍要甘愿虚己，取奴仆的形象，帮助邻人。像上帝藉着基督白白地救助他们，使他们富足和满有恩典一样，他们也要不计较个人的毁誉得失，无偿地为邻居提供帮助，向上帝展示自己的信心与公义，使它们为邻居的罪孽遮掩和代求，替他们承担罪孽，并为此而劳苦，好像自己造了孽活该如此似地。
与他人为善有诸多表现，例如尽本分干好自己的工作，尊重他人，顺服和服事他人以及掌权者。路德再次强调与人为善不是指望借此涤除罪孽，获得救恩，相反，是因信称义之后甘愿这样做。前一种做法是很功利的，是人迫不得已而作的，绝对要求回报，而后一种做法是因信称义之后的自由的行为，因对上帝的相信而产生爱和喜乐，由爱而生出慷慨，心甘情愿地服事邻人，以此为乐，不计较回报和个人的得失。
路德指出，基督徒不是为自己而活，而是为基督和邻人而活；他凭借信心活在基督里，凭借爱活在邻人里；凭借信心被提升于万有之上，而因为爱而甘愿降到万有之下，做众人之仆，可见基督徒的这种属灵的自由能屈能伸，真正是自由自在。但是这种自由并非任意放纵情欲，为所欲为，而出于信和爱自愿约束自己的身体，使之服从灵性的要求。因为信心导致爱，所以，信心在人与上帝的关系和人与邻居的关系中都起着基础性的作用。信心能成就一切，但是人们往往忽视信心的作用，过分依赖和相信善行和仪式，以为循规蹈矩就能得救。路德承认仪式和律法可以约束人，避免作恶，然而却不能凭借它称义得救，只有靠信才能称义。他打比方说，仪式在基督徒的生活中的作用就如同模型和蓝图在建筑过程中的作用，模型和蓝图只是为建筑服务，当建筑完成之后，它们就被搁置一边。如果人们过分看重仪式，就如同建筑师和工匠专注于设计出完美的蓝图和模型，却总是不开工，将其变为现实。对于那种制定和顽固地坚持仪式和律法并希图以此得救之人，路德主张基督徒使用自己的自由，坚决抵制他们，偏不遵行仪式和律法，做他们视为罪大恶极之事。不过，对于那些信心软弱之人，就不要使用自由，而应与他们一起遵行律法，免得触犯他们，让他们逐渐认清自己的自由，摆脱律法的辖制。由上可见基督徒的属灵自由是何等地自在、无拘束，然而却也能因为爱他人而甘愿受拘束。
因此，路德前面提出的两个命题并不矛盾，做万人之主与做万人之仆都是人因信而获得的自由状态，它们将信上帝与爱邻居、荣耀神与帮助他人有机地结合在一起。对上帝的爱并不是自私之爱，而是在无私地爱他人之中体现出来，以此荣耀上帝。人们并不需要远离生活去苦修禁欲，超越世俗道德，相反要完成现世社会赋予他们的职责与义务。这是上帝的呼召，爱他就表现在愿意和勇敢地承担自己的天职和责任，在婚姻中忠实于伴侣，为他（她）服务，接受社会给予自己的职业，尽职尽责，为他人服务和谋福祉。
综上所述，路德在1520年已经由他的最初的神学发现和突破最终发展出一套成熟的神学体系，在思想上已经完全与罗马教会所持的教义划清了界限，对于宗教的权威、得救的根据、教会观、圣礼观以及基督徒的生活理想和规范提出了与之针锋相对的说法：宗教信仰的权威是记载上帝所默示的话语的《圣经》，而不是在历史中发展起来的传统、律例和权威，譬如教皇或宗教会议；唯有道成肉身来到世间，并被钉死在十字架上然后从死里复活的基督承担了世人的罪和死亡，并将他的义和永生归给人，得救的根据只在于上帝的恩典，罪人藉着恩典的管道即信仰与基督结为一体，领受救恩，而不是靠人尽其所能，符合上帝的要求而赢得救恩；教会是建立在“因信称义”和“信徒皆祭司”之基础之上的信徒团契，是民主、民族、自治、廉洁、淳朴的属灵团体，而不是由教皇担任首领的等级森严的、充斥着权力和金钱的庞大组织，惟有基督是教会的首领，神职人员是信徒选举出来的专职事奉的人，他并不比平信徒有更多的权力，信徒之间彼此平等；圣礼是藉着信心领受上帝的应许的标志，只有洗礼和圣餐这两项圣礼，神职人员只是主持圣礼而已，并无特殊的能力和权柄；人在称义之前不能做善工，在称义之后才能并且必然做善工，而只有藉着信仰才能领受救恩，被上帝视为义，然后必然能行善，信仰上帝必然导致爱邻居，以此荣耀他。
路德完成了奠定未来的新教之理论基础的著作，他是揣着真道装糊涂，与教廷妥协，保全性命，还是为捍卫真道与教廷决裂，甚至不惜牺牲生命？该做出最后抉择了。其实在获知谕令之前，路德就预见了他被革出教门、其著作被焚烧的命运，他已经下定决心，如果教会人士咒骂他的著作，焚烧它们，他就把全部教会法烧掉。埃克在德意志四处宣布谕令，而美因茨和科隆做出响应，焚烧了路德的著作。为回击这种恶行，在恩赦期截止的12月10日，维滕堡大学的师生在城门口集会，将教皇法令、教会法规和经院哲学著作付之一炬，路德本人亲手将那个通谕投入熊熊大火中，斩钉截铁地说：“因为你已经败坏了上帝的真理，愿上帝将你毁灭在这火中！”路德后来说：“他们先烧了我的著作，我也烧他们的著作。”他毫不后悔，认为这件事“是他一生中做的最好的事情”。