口腔黏膜病比龋齿、牙周病的发病率要低，但病种和类型却很多。很多口腔黏膜病的原因尚不清楚，情况较为复杂，有的单发于口腔如唇炎，有的可与皮肤同时发病如扁平苔藓，有的可累及多个部位如贝赫切特综合征（又称白塞综合征），有的则是全身性疾病在口腔的表现，如缺铁性贫血所引起的舌炎。在众多的口腔黏膜病中，许多黏膜病的临床表现有相似之处，有的病在不同的阶段所表现的病损还有更迭，这给临床诊断带来了一定的困难。
口腔黏膜病的分类目前尚未取得一致意见。为了便于诊治工作的顺利进行，兼顾病因及病理系特征，我们可以采用下列分类。
（1）感染性疾病，如单纯性疱疹、带状疱疹、疱疹性口炎、口腔结核、口腔念珠菌病等。
（2）免疫性疾病，如药物过敏性口炎，接触性口炎，血管神经性水肿，红斑狼疮，舍格伦综合征。
（3）发疱性疾病，如多形性红斑，天疱疮，类天疱疮，家族性良性类天疱疮，剥脱性龈炎，口腔黏膜血疱。
（4）斑纹类疾病，如口腔黏膜白色角化病，口腔黏膜白斑病，口腔黏膜扁平苔藓，盘状红斑狼疮。
（5）唇部疾病，如慢性唇炎，唇痈，口角炎，腺性唇炎，肉芽肿性唇炎，光化性唇炎。
（6）舌部疾病，如地图舌，沟纹舌，舌裂，毛舌，舌乳头炎，光滑萎缩舌，舌下静脉曲张，舌痛症。
（7）性传播疾病的口腔病变表现，如梅毒，淋病，尖锐湿疣，艾滋病。
（8）溃疡类疾病，如复发性口疮（溃疡），白塞综合征，创伤性溃疡。
（9）全身系统病症的口腔表征，如造血系统疾病，维生素缺乏症，重金属及非金属中毒。
（10）内分泌紊乱代谢异常的口腔黏膜表征。
（11）口腔黏膜色素异常。