1.签订时间
签约时间在合同有效期范围内或者没有注明签约时间，如出现纠纷，会引起一些麻烦。
2.签约地点
若在合同中把其公司所在地注明为签约地，往往会引起双方的争议。
3.有效期
有效期过短，对特许人来讲，花费了时间和精力培养出了合格的特许加盟商，则有可能因为合同到期，特许加盟商掌握了其中的运营规律，把特许人抛开了，这对特许人而言是一个较大的损失。
4.保密和限制竞争条款
特许连锁经营合同的核心是无形资产的使用，其中对经营诀窍、技术机密等的保密问题十分重要。因此特许连锁经营合同都有保密条款。如某特许连锁经营合同规定：乙方（被特许人）及加盟店应将《手册》及为履行本合同所制定或批准的其他资料所含内容列为机密，并使其处于保密状态。未经甲方（特许人）事先书面同意，乙方及加盟店不得复制、记录或以其他方式泄露给他人。乙方及加盟店承诺在整个合同期内和合同期满后 10 年内，不将其所知悉的任何保密的知识、经营方法等向其他个人、组织、公司透露。
特许连锁经营最大的弱点就是容易制造出业务的竞争者，为了防止被特许人学到企业的经营诀窍和技术机密后独立开展特许连锁经营业务，特许人往往在特许连锁经营合同中规定限制竞争条款。如某特许连锁经营合同规定：“被特许人承诺在本合同有效期届满后10年内，被特许人不得从事与甲方（特许人）业务有竞争性的经营活动。”
5.授权范围
要在合同中清晰注明，在什么地方、什么时间、按照什么形式、使用什么内容、超越授权范围使用的罚则等等。
6.加盟费
即特许人在将特许连锁经营权授予被特许人时所收取的一定的费用。在连锁店的开设和营运过程中，受许方使用特许人所有的统一的商标、商号、拿到特许人成熟的流程运作以及得到特许人提供的大量其他服务，如公关、人员培训、宣传策划、促销等，需要为此交纳一定的费用。
7.保证金及其他费用
为确保特许加盟商履行特许加盟合同，特许人可要求特许加盟商交付一定的合同执行保证金，保证金可以促使特许加盟商忠实履行合同。合同期满，若特许加盟商没有违约行为，特许人应在一定期间内将保证金全额退还给特许加盟商。收取保证金的另一个目的在于，如特许人拖延交纳使用费，特许人可以用保证金冲抵。
其他费用即特许人根据特许连锁经营合同为特许加盟商提供相关服务并收取的相应费用。如特许人派出专业技术管理人员的费用、广告费的分摊、店面设计费、专项指导服务费、委托代理费等等。这部分费用通常在特许连锁经营合同之外单独约定。
实践中，特许人可收取上述费用的一种或几种，具体金额可根据实际情况进行约定。
8.特许连锁经营中加盟店的转让问题
加盟店的好坏不仅关系到加盟者的切身利益，而且关系到加盟体系的成败。因此特许人对申请加盟者需要进行遴选，只有经过考核合格的申请者才能获准进入特许连锁经营体系。所以，特许人不允许特许加盟商擅自转让加盟店。对此，特许人应在合同中明确合同转让的条件，申请加盟者要有充分的思想准备，在确定是否加入特许连锁经营体系时要充分考虑不易退出特许体系这一点。
9.条件许可的话，应在中国连锁经营协会备案
10.准备好各种营运管理手册，如建店手册、店铺管理手册、培训手册等以备特许加盟商查询