母子公司体系下的多级法人治理结构不仅导致了管理层次的重复设置以及由此形成的高管理成本，而且由于子公司层面对资源的过度占用而形成了子公司管理层的“内部人利益”强化效应，其直接后果就是子公司管理层对集团公司有限的资源同时具有控制权和使用权，这种对资源绝对的支配权力促成了管理层在公司生产经营上的随意性以及不透明性。而集团与子公司的利益取向可能在一定程度上产生背离，子公司追求利益最大化的行为可能影响集团公司的整体利益。子公司经理人对总部决策执行的偏离，导致集团公司整体发展方向与具体经营运作上出现了不一致的可能，增大了公司发展中不可控制的风险。此外，在多级法人治理结构下，伴随内部人利益强化而产生的代理高成本以及道德风险又可能产生集团财务控制的缺陷甚至引发财务危机，更难以达到子公司作为利润中心和成本中心的既定目标，最终使股东的价值得不到体现。
一、由内部人利益强化而导致的经营成本递增
在现实管理中，多级法人治理结构下的集团公司往往存在着这样的问题，集团下属子公司各自为政，追求各自的财务目标，不仅可能导致决策的次优化，而且集团的经营管理活动由于缺乏一个行政权威的指挥和管理系统，导致独立的产权经营单位之间相互冲突，相互要挟，从而大大提高了交易成本。
1.由片面追求规模效应而形成的资源过分占用
在先“做大”后“做强”思想的指导下，集团公司往往建立以资产规模为主要指标的针对子公司管理层的绩效考评体系，加之各级子公司的“内部人利益强化”效应，而形成这样的恶性循环，子公司管理层看重薪金、权力和地位，偏好公司的发展速度和较大规模。因为这些会提供给他们更稳固的就业保证、更高的地位和更高的报酬。子公司管理层通常为了达到绩效考评的要求而“不择手段”，利用手中控制的资源盲目投资新的项目，片面追求规模效应。
以对资源的支配效应为主要特征的内部人利益强化导致了资源在集团下属子公司之间的调动困难，资源不能根据投资项目的优劣而进行配置，掌握优势资源的子公司管理层基于绩效考评的要求而盲目地进行规模扩张，重资产规模不考虑股权融资成本，管理层甚至对净现值为负值的投资项目也盲目投资，导致资本的高投入低产出。而那些本身资源优势较差的子公司，尽管有着非常乐观的前景及潜在盈利能力较高的投资项目，也可能因为资源的短缺，同时也不能获得总部的有效支持而面临生存的危机。在这种资源的配置方式下，集团内部资源的使用必然存在重复浪费，不仅难以充分地发挥规模经济效益和管理协同优势，更容易形成集团综合调控上的混乱和投资项目的亏损。
不仅如此，为了追求规模效应，内部人利益强化下的子公司管理层往往通过高负债的杠杆并购来实现快速扩张的目标，这样就会引起高负债率的资本结构和高投入低效率经营的财务危机。一般情况下，这种杠杆并购还需要第三方的担保，而子公司通常要求母公司提供担保，母公司在对担保进行审查时，由于子公司层面“内部人利益强化”，母公司往往不了解子公司的实际经营情况，加之用于审查的信息很可能是虚假的或者是不全的，因此母公司的担保审查通常流于形式。母公司提供担保后，一旦子公司发生财务危机无力偿还负债，而最终的偿款义务将转嫁给作为担保方的母公司。从跨国公司的经验来看，公司要想“做大”，必须首先“做强”。盲目地追求规模效应，一旦规模增长的收益不能弥补资金费用的毁损价值，将导致对母子公司体系整体价值的吞噬。
2.由过分注重短期利益而导致的经营行为偏离目标
在现实管理中，母子公司体系下由于存在子公司层面的内部人利益强化，母公司对子公司管理层的行为缺乏必要的监督和控制，而子公司的局部利益往往与子公司的经理人、员工的个人利益密切相关，使得子公司的经理人过分关注眼前利益和局部利益，而忽视公司的长远利益和全局利益。子公司之间、子公司与母公司之间会出现沟通和协作上的困难，从而造成全公司资源使用的低效率。这种不考虑母公司的整体利益，各自为政、追求各自财务目标的行为将直接导致集团体系的决策次优化，即其追求自身利益最大化的行为可能影响到母公司的整体利益。
母公司在设立子公司时可能出于多种考虑，如集团整体盈利性或者市场战略上的开拓性等，而子公司层面内部人利益强化的效应往往使母公司难以对子公司的行为做出硬约束，难以建立起对子公司管理层合理的激励与约束机制，这就有可能导致子公司管理层经营行为的短期化，过分注重短期利益，而忽视了有利于整个集团的长期利益，导致决策的次优化。
一般而言，当就两个报酬相同而风险不同的方案进行选择时，子公司的经理层往往考虑到自身地位、荣誉的稳定问题，因此大多数经理人都会选择短期风险较低的方案，从而就会使集团失去长期发展的机会；或者经营层只追求短期的高利润而盲目投资，隐藏长期的财务风险。因此，子公司财务目标的设定应该以不损害母公司总体目标为前提，而在多级法人治理结构的集团公司体系下，由于没有建立起集团内部的统一的财务控制体系，子公司层面作为控制资源层和使用资源层的统一体，母公司难以合理调控公司各种资源，同时也就不可能保证子公司的行为完全有利于实现母公司的总体目标。
二、由内部人利益强化而导致的资本所有权掠夺
在多级法人治理结构下，由于内部人利益的强化效应，各级子公司各行其政，权利与责任不对等，财务等信息不透明，从而有可能形成扭曲的利益主体，形成对母公司资本所有权的掠夺。
子公司层面的内部人利益强化容易产生两种后果：一是子公司与母公司之间信息不对称。内部人利益强化导致各级子公司都形成了独立的利益主体，为了维护自身的利益，掌握优势信息的子公司往往根据自己的意愿篡改财务、经营以及其他信息，向母公司提供虚假的或是不完全的信息，而母公司由于缺乏对子公司的控制，往往难以辨别子公司提供的信息的真实程度，从而导致子公司与母公司之间信息不对称。二是子公司管理层权利与责任不对等。若要实施对子公司合理的监控，必须保证给予子公司的权利及其应当承担的责任相对等；但是，在多级法人治理结构下，子公司层面的内部人利益强化效应强化了子公司管理层的权利，弱化了子公司管理层的责任；子公司管理层对于各项决策有着充分的决定权，由于其不是资本的所有者，因此即使资本遭到侵蚀，直接受损的也不是子公司管理层，而是母公司。
1.内部人利益强化条件下的资本所有权直接掠夺
伴随内部人利益强化而产生的母子公司之间信息不对称，子公司管理层权利与责任不对等将导致子公司管理层做出非理性经营管理行为，所谓非理性经营管理行为主要是指与公司正常经营管理关系不大并且对公司发展不利的行为。非理性经营管理行为主要有三种：一是虚报利润。子公司管理层往往通过直接经营管理子公司的有利地位和信息不对称，用会计手段操纵年度利润，欺骗投资者以在集团内部获取更稳固的地位、更高的报酬。二是寻租行为。权利与责任不对等必然导致子公司管理层滥用手中的权力，在为他人谋取利益的同时，收受钱财，以权谋私，致使公司利益遭受重大损失。三是职务消费。母子公司体系下的内部激励机制不健全，即使子公司管理层经营有方，所得利润仍需全部归属母公司，子公司管理层的收益不能随着公司利润增加而增加，在这种情况下，其有可能选择职务消费，即把非经营需要的个人消费摊入成本，从侧面来争取自己的权益。
子公司管理层为了自身的利益而做出的非经营管理行为不仅不能使整个集团的成本有所下降，利润有所上升，反而增加了集团体系的成本，降低了利润，极大地损害了集团的整体利益，从某种意义上看，这同时也构成了对集团资本所有权的直接掠夺。
2.内部人利益强化条件下的资本所有权间接掠夺
由多级法人治理结构而形成的内部人利益强化使总部对下属各级子公司的控制作用趋于边缘化，而且随着级次的增加，总部对于处于最末端、次末端的子公司控制力度越弱，与之相对应的是子公司可利用的资源随着集团公司规模的逐步扩张而呈现不断放大的趋势。如品牌资源、担保资源、客户资源等，在众多资源的诱惑下，子公司管理层往往选择借助于集团资源来谋取个人利益。在实际操作中，常见的做法是子公司管理层成立一家新公司，而利用集团的优势资源比如客户资源、渠道资源等积极拓展新公司的业务，借助于新公司的盈利来获取个人利益。这不仅极大地损害了集团公司的利益，而且有可能形成各种资源管理上的混乱，给集团公司的正常经营带来风险。尽管相关法律限制由管理人员利益为诱因的关联交易，但是在实践中，这种现象还普遍存在，实际上集团公司若要杜绝这种现象的发生，仅仅从相关法律的角度来限制是远远不够的，而是必须要建立起科学合理的内部控制体系，使子公司的各项生产经营活动都纳入到集团的控制体系中来，以便彻底防范或及时发现经理层可能出现的上述行为。