正当佩内明德基地忙碌地进行各种研制工作的时候，他们没有想到，一场灾难突然从天而降。
1943年7月，英国情报机构就获得了确实的情报，表明佩内明德设有一个大型火箭基地，这里不仅威胁伦敦，甚至有可能威胁到英美的反攻计划，于是英国决定组织轰炸。但德国对佩内明德采取了严密的防护措施，为此已英国空军元帅阿瑟·哈里斯爵士决定在8月中旬利用月夜轰炸佩内明德。在此之前，英国空军也采取了欺骗战术，即飞往什切青、柏林的轰炸机群会通过佩内明德上空，但却有意不对佩内明德采取任何轰炸，为此，德国人误以为英美情报机构尚未发现佩内明德基地。但实际上，英国人早已开始对佩内明德基地进行空中侦察，侦察机已经拍摄了大量照片，情报分析人员也对这些侦查照片进行分析，确定将要轰炸的具体目标。这些具体目标就是科研人员的居住区和实验室、工厂车间等，另外也把行政区的一些建筑设定在内。
轰炸的时间设定在8月17日夜，因为这是一个月光明亮的夜晚。在下达轰炸命令的时候，也只是说佩内明德有一个德军的雷达实验站，但要求轰炸机群尽可能一次完成任务，如果一次轰炸的效果不理想，那么就必须再次进行轰炸。
8月17日夜，英国皇家空军571架夜航轰炸机从机场起飞，在空中汇合后向海峡对岸飞去，但并不是直接飞向佩内明德，而是进行了迂回，然后再突然掉头飞向佩内明德。果然，德国人以为这庞大的机群又是飞往什切青和柏林的，因此并未太注意。在接近目标后，轰炸机群中领队的飞机突然降低了高度，在佩内明德上空低飞，然后突然向三个明显的目标投下大量高爆炸弹和燃烧弹，随后的500多架轰炸机也依次进行投弹。炸弹如同倾盆大雨般地从天而降，顷刻间基地到处都是爆炸声，地面陷入一片火海中。战果侦查表明，基地科研人员居住的宿舍区45栋楼中有一半被炸毁，另外一半也不同程度受损，基地的装配车间和实验室也被炸毁，共有735人在这次轰炸中死去，其中178名科学家和技术人员，项目负责人、最重要的科学家之一瓦尔特·苔尔博士和总工程师埃列克·华尔脱均被炸死。这场轰炸整整持续了40分钟，当最后一批轰炸机调头向英国返航的时候，从柏林起飞的德国战斗机才匆匆赶来。英国轰炸机只损失了41架。
18日，清晨，英国派出一架逆火式侦察机，对佩内明德进行了战果侦查，随后，英国发表了一份公告，内容很简单，措辞也相当含糊，只不过是说德国设在佩内明德一个研究基地已经被轰炸。当时，尽管伦敦遭到大量导弹的轰炸，但没有多少人知道佩内明德与此有什么关联。
这次大轰炸之后，英国人就把佩内明德基地列为日常轰炸的目标之一，经常对其进行轰炸，这一直持续到战争结束前的一刻。英美共计把10万吨炸弹投到了佩内明德，占二战中对德控制区轰炸投弹量的9%。
持续不断的轰炸给佩内明德造成了严重的损害，大大延缓了导弹的研制和生产，党卫军的华尔脱·施根巴将军受命恢复佩内明德的导弹试制工作，但直到1944年6月13日才第一次向伦敦发射了4枚V-1导弹。
1944年5月16日，第三帝国的战争已经出现败相，德国最高统帅部急于寻找一种能有效挽回战场局面的武器，他们已经等不及火箭研制者们按部就班的研制进度，下达了将V-1火箭投入战争的命令，不久又下令将最先进的V-2火箭也投入战争。1944年9月6日晚，德军向英国发射两枚火箭，但没有成功，9月8日，德军再次向伦敦发射火箭，这次，火箭在伦敦市区爆炸，这是人类第一次用现代火箭作战。
但对第三帝国来说，1945年的新年钟声不那么悦耳。德军在东西两线上都已经面临崩溃：在东线，苏军发起了维斯拉河-奥德河战役；在西线，盟军已经在2-3月份强渡莱茵河。
维斯拉河-奥德河战役导致德军损失了60个师，波兰已经进了苏联的口袋，战火已经越过边界燃烧到德国境内，而广袤的波兰平原毫无遮挡，苏联军队可以长驱直入，锋芒直指柏林。同样，英美盟军在突破莱茵河后，第三帝国在西线也失去了最后一道天然屏障，第三帝国的领土实际上只剩下了莱茵河和奥德河之间不足600公里宽的弹丸之地。
“你认为谁先进入柏林，是俄国人还是英美联军？”在一次记者招待会上，一个记者这样问道。
“单从里数看，你就知道是谁了。”艾森豪威尔回答道。
“这是否意味着放弃了盟军1944年9月挺进柏林的计划？”
“单从里数上看，你就知道‘是不是’了。”
艾森豪威尔在这简短的对答中两次强调“单从里数上看”，显然，艾森豪威尔实在不想直接回答：“是俄国人先进入柏林”，艾森豪威尔因此命令英美联军改变作战方向，去夺取东南部的慕尼黑和莱比锡，他为此向斯大林写了信，但没想到丘吉尔和蒙哥马利为此大为恼火，邱吉尔在给艾森豪威尔的信中强调：“——我不明白不超过易北河有什么好处。——故意把柏林让给他们（指苏军——作者注），这将产生极为严重的政治后果——另外，我并不认为柏林现在已失去它的军事意义，更不认为它已经失去政治意义。柏林的陷落将对整个德国的抵抗在心理上产生深刻的震动，一旦柏林陷落，大多数德国人就会理所当然地认为应该放弃抵抗——依我看，只要柏林一天飘扬着德国旗帜，这个城市九仍然是德国最关键的地方。”
从政治和军事意义来看，柏林的确如丘吉尔所言，邱吉尔这个老谋深算的家伙也显然把攻克柏林当作完成二战的最好的惊叹号。但美国人坚持艾森豪威尔的计划，狡猾的丘吉尔尽管感到无奈，但也不得不同意这些美国佬，他圆滑地化解了英美之间这次争吵，他在给罗斯福总统的信中说：“情人的争吵乃是爱情的一部分。”
此时，德军正在做困兽之斗，开始大规模向伦敦发射火箭，从1944年9月6日开始到1945年3月27日德国投降前夕，德军发射了3745枚V-2火箭，但由于这种火箭是匆忙投入战争的，火箭的状态并不稳定，在所发射的火箭中，只有1115枚火箭成功击中伦敦，还有一些用来打击安特卫普、烈日、布鲁塞尔等地，还有580余枚是用来训练、试验等；从命中精度上看也不尽如人意，约74%的火箭落在既定目标区30千米范围内，其中只有44%落在目标区10千米范围内，可见打击精度并不高；从造成的损害来看，英国共有2724人被炸死，6476人受伤，破坏了一些建筑物，总体上看并没有达到预定目的。