南北方因善后大借款再次爆发严重冲突，北京城内又出现了暗杀等事件，各种暗杀团也浮出水面，这些组织到底是袁世凯策划的还是国民党派遣的就难以说清了，不过，既然双方已经到了相互威胁的地步，那么战争实际上也就开始了，因此，袁世凯无暇顾及古德诺的宪法草案。袁世凯随即下令撤销黄兴陆军上将的军衔，并悬赏缉拿。6月29日，再次下令免除李烈钧江西都督职务，任命黎元洪兼署江西都督；14日，又免去广东都督胡汉民之职；30日，再免去安徽都督柏文蔚之职，这样，三位掌握地方实权的国民党三位人物都被袁世凯免职了。朱尔典对袁世凯断然采取铁腕表示赞同，他在李烈钧被解职之后对时任英国驻华公使馆代办艾斯敦说：李烈钧在过去几个月里公然蔑视中央政府，拒绝向北京交纳税款，“该省都督扮演了以孙中山和黄兴为首的南派的支持者中最好战分子的角色”。
但是，当袁世凯登基后，全国一片反袁浪潮，袁世凯这时众叛亲离，真成了孤家寡人，而朱尔典见再支持袁世凯就显得不明智了，于是断然转变了立场，转而开始支持反袁势力。
其实，袁世凯称帝，其北洋派系中就有许多人不赞同或者另有居心，如冯国璋早就看出帝制难以进行，段祺瑞更是公开反对帝制，袁世凯的嫡系中也有不少人早已与袁世凯离心离德，因而，实际上袁世凯称帝的时候也正是北洋派系分崩离析的时候，只不过这一切尚未浮出水面。另一个让袁世凯感到意外的是朱尔典的反对，在此前，朱尔典始终是表示支持袁世凯称帝的，但就在袁世凯准备登基前朱尔典却突然联合日本、俄罗斯、法国等公使一同表示反对，要求袁世凯暂缓改制——显然，朱尔典已经发觉走向帝制会导致大动乱，而保持中国稳定始终是英国的对华政策核心，因为这对英国的在华利益有利。当英国发现袁世凯已经因为走向帝制而众叛亲离的时候急忙采取反对政策，但很可惜，为时已晚。
四面楚歌中的袁世凯终于一病不起，他患的是膀胱结石并发尿毒症，但他不相信西医，因此一直拒绝手术，直到最后一刻才让法国医生贝希叶前来诊治，贝希叶说如现在手术也许还能有一线生机，但袁世凯还是拒绝了。
1916年6月6日，袁世凯因尿毒症死去。
也许，应该说一句，袁世凯统治的几年，民国已经颇有起色，从建国之初的负债累累到他辞世时国库有二千万进账来看，如无称帝一事，他堪称伟大。
在袁世凯死后一周，1916年6月13日，英国驻华公使朱尔典在给兰利的信中这样称赞袁世凯：“我对此人颇怀好感，他虽不幸逝世，但音容仍在……他早年在朝鲜就结识了不少英国友人，直至生命的最后一息，仍是英国的一位忠诚朋友。他虽不懂英语，但却能说出他所有英国朋友的姓名，经常向我谈及他们之间的往事。几乎就在最后一次见面之际，他仍向我讲述：从早年时代开始，他就一直和英国人保持着良好的朋友关系，并懂得如何信任他们，喜欢他们。任命英国顾问，聘请英国教师教授其子弟，遣送3个儿子赴英留学，向英国捐赠作战基金，赞赏大英帝国的观点，凡此种种，足以证明。”