在朱尔典的帮助下，袁世凯成功进京组阁，此后，清廷实际上已经退居其次，中国的形势完全掌握在袁世凯的北洋系和南方革命党之间的较量。
谈判是需要战火作后盾的，在与革命党的谈判中袁世凯频频施加军事压力，当与革命党谈判遇阻的时候，袁世凯即令北洋军进攻汉口。冯国璋是北洋悍将，他接到命令后立即对武昌连续几天进行炮轰，但就在他准备一举拿下武昌城的时候，袁世凯却接连发来几道电报，下令停止进攻，并且调其回京，改派段祺瑞担任前线总指挥。袁世凯的目的冯国璋并不太清楚，他只是求功心切，而袁世凯此时真正的目标却是清廷内的满清皇族，他已经以“亲贵不得预政”为由将皇族从军咨府一个个赶了出去，就连摄政王载沣都被迫交出了印信。同时，在武汉取得绝对优势之后，下令停止进攻也是为了与革命党重开谈判。
袁世凯请英国公使朱尔典从中斡旋，朱尔典通过葛福向武汉军政府转达了袁世凯关于四项条款，迫于北洋军的强大攻势，武汉军政府不得不接受袁世凯的停战要求，葛福作为双方签署停战协议的见证人，他随后向朱尔典汇报说：“通过我的调解，双方已同意无条件地停战三天。目前的情况几乎同袁世凯所要求的完全一致。”
随后，双方在上海展开谈判，北方代表是唐绍仪，南方代表是伍廷芳。当唐绍仪等人刚刚抵达上海后，朱尔典已经联合驻华各国公使，由英、美、德、法、日、俄六国公使联合照会唐绍仪、伍廷芳，照会说：“顷奉各该国政府命令，拟不用正式公文，敬陈议和大臣之前：现在所办之事，系拟议各款，以复回中国和平。中国现在仍然争战，各该国视为中国地位危险，有碍治安，即于各国实在利益亦属有碍，并致极危险之地位，各国以向确守中立，现虽不用正式公文，仍应请两方议和大臣注意，须早日解决和局，以息现争，谅两方亦具同此意”。这则看似公允的照会实际上却包含着偏袒之心，是在向革命党人施压，要其向袁世凯妥协。
12月18日，南北双方代表在上海公共租界议事厅内开始谈判，英、法、德、日、美、俄驻上海领事作为见证人也出席了谈判会议。
谈判中，南北双方争论的焦点是是否要保留清皇室，南方代表认为，保留清皇室就意味着保留帝制，而革命党人的底线是必须执行彻底的共和。北方代表认为，不妨保留清皇室，实行君主立宪制，因为有皇室的存在符合中国的现实国情。袁世凯最初的想法是保留清皇室，实行像英国英国那样的君主立宪制，这样既能让清皇室有一个体面的空间，他自己也能掌握实权，而南方革命党人政治、经济主张也能实行。但革命党人坚决要求清帝退位，他们认为中国必须实行共和，再不能实行专制制度。当时英国的《大陆报》特派员埃德温·丁格尔报道说：“这次北京政府和南方派全权代表的和平会谈被认为对中国有非常之重要性。可以毫不夸张地说，此为中国命运之转机。”
这的确是一个转折时期，这次谈判正是关于中国该采用哪种政体的争论，1911年12月22日，唐绍仪从上海向北京发电报，汇报了谈判情况，袁世凯与朱尔典进行了多次商谈，朱尔典说：“在同我的会面中，袁世凯用很强的语气说，他将与共和政体不共戴天，因为他深信共和只会导致国家的分裂和毁灭……他认为一个有限君主制是唯一能够确保国家完整的政体。”
就在谈判期间，革命党人在11月份攻占了南京，就在南京临时政府筹备过程中，群龙无首的革命党人急需要一位领袖，而当时能够充当领袖也就是黎元洪，但黎元洪可以说是孤家寡人，他既缺少军队的支持也没有外国势力的支持，因此他非常希望能获得英国等西方国家的承认，然而当黎元洪与朱尔典接触后，朱尔典明确地回答他“这当然是办不到的”。朱尔典当然不会抛弃实力雄厚的袁世凯而把宝押在一个光杆司令的身上。但南北双方在上海的谈判进行的并不顺利，尽管南方革命党人在军事上处于弱势，但在革命精神上却占据着上风，因此在谈判中不肯退让太多，朱尔典向英国外相格雷汇报说袁世凯“为实现和平解决竭尽一切努力，但都失败了。唐绍仪已经辞职；上海革命派在整个谈判中是绝不妥协的”。
英国认为，要促成南北和谈成功，那就必须要孤立和压制南方革命党人，因此不承认南京临时政府的合法性。根据朱尔典的建议，英国政府下令给英国控制的长江流域以及华南地区各省海关，令各海关将收入全部控制起来。朱尔典要卡住南方革命党的财源，让英国政府采取措施，严防个通商口岸在脱离清政府后落入革命党人手中，防止关税收入进入革命党腰包。果然，不久革命党人要求把海关收入存入政府的银行中，双方都不得动用，英国方面则坚持“关税一定要存入总税务司或领事帐内，最好存入汇丰银行”，“等列强承认新政府后再作处理”。当袁世凯的北洋军收复汉阳后，英国海关关员安格联甚至表示，如果北洋军能收复上海及长江流域，那么可以让袁世凯“毫无困难地弄到一笔借款，然后不慌不忙地克服其他各省”，他本人“一直在想一个怎样能帮助北京政府渡过难关的办法。”打算在“谈判成功取得借款以前，北方的税款就可以用来接济北京渡过难关”。同时，在“卡住南方脖子”上，他也在尽力而为，在1912年1月5日致朱尔典的函中，主张“有必要给税务司以支持，以便他们能够坚持反对地方当局的指示”，并且建议不承认各地方革命政府所发行的钞票，要各地“一律用现款付税”。他也利用控制海关的权力，阻止革命党人从各港口进口军火等物资，当革命党人悄悄用船把军火从青岛借道日本转运至上海时，安格联还因为能及时发现和阻止而感到懊恼，他说：“如果我能知道军火是什么船载来的，也许可以想办法加以控制。”。
袁世凯在孙中山就职的第二天立即命令北洋各军事将领以及各政要发表通电，声明赞成君主立宪，同时也发出了威胁：如果采取共和体制，那么北洋军必将摧毁它！朱尔典联合西方列强也表示，南方革命党人非常缺乏管理国家的经验，因此西方列强的态度是只有袁世凯统一中国南北才会得到西方的承认中华民国。
不过，英国也意识到一个危险，那就是如果逼迫太甚，那么由可能促使南方革命党与北方中止谈判，在南方独立建国，使中国分裂。格雷就说：“支持赞成君主制的北方，可能促使南方以共和国的形式分裂出去，如果可能的话，避免这样一种分裂是可取的”；朱尔典也说，虽然“维持满洲朝廷，实行君主立宪乃是最良方案”，但是，“现在既以无法强制革命军接受这一方案，就只好从谈判决裂和成立共和政府这两害之中选择其一”；莫里循也如此认为，他说，现时全国的舆论既然极力主张共和，最好的解决办法是：“使满洲皇室退至热河，建立共和政体，推举袁世凯为大总统”。为此，朱尔典也遵照格雷的指示向袁世凯做了重要的建议，那就是接受南方革命党的民主与共和条件，进行谈判，防止南方分裂出去。
袁世凯不仅实力强大，而且有西方各国的支持，1912年1月11日，朱尔典在和袁世凯的密友的私人谈话中指出：“袁世凯博得了各国的信任。”，因而南北谈判总体上还是南方让步较多，最终达成了协议。朱尔典由此向袁世凯表示祝贺。朱尔典还告诉袁世凯，如果他成功建立了临时政府，那么四国银行团将会向他提供一笔贷款，“伦敦金融界预料中国局势将因皇朝地位的解决而很快定下来。他们还预见将出现一个在袁世凯之下的半共和式的独裁政权。伦敦金融界已准备一笔大借款以协助这个混乱国家的改组”。
几经谈判，最终南北两方达成了协议。现在，该袁世凯行动了，1912年1月16日，他同庆亲王奕劻一起进宫，向隆裕太后陈述道：“海军尽叛，天险已无，仅靠北洋6镇已经无法防卫京津；人心涣散、如江河决”，最后摊牌道：“变更国体，实行共和，换取优待条件”。袁世凯还命人印刷了一份假报纸，报纸上说，美国赠送给孙文三艘军舰，海外华侨也筹集资金建造了十几艘军舰，军舰上的水手和士兵都来自华侨家庭，由美国训练，追随孙文，现这些军舰集结于威海卫，如清帝不退位就将进攻天津，随后进军北京等等。最后，袁世凯拿出了与南方革命党人谈成的关于清帝退位的优待条款，优待条件共有三项内容：
第一项《关于大清皇帝辞位之后优待之条件》，共8款：（1）清帝尊号仍存不废，中华民国待以各外国君主之礼；（2）清帝岁用400万两由民国政府拨发；（3）清帝暂居宫禁，日后移居颐和园，侍卫人等照常留用；（4）清帝宗庙陵寝永远奉祀，民国政府酌设立卫兵保护；（5）光绪陵寝如制妥修，民国政府支付实用经费；（6）宫内各执事人员可照常留用，惟不得再招阉人；（7）清帝私产由民国政府特别保护；（8）原禁卫军归民国陆军部编制，额数、俸饷仍如其旧。
第二项《关于清皇族待遇之条件》，共4条：（1）王公世爵概仍其旧；（2）皇族具有与国民同等的权利；（3）皇族私产一体保护；（4）皇族免服兵役之义务。
第三项《关于满蒙回藏各族待遇之条件》。共7条：（1）与汉人平等；（2）保护其私有财产；（3）王公世爵概仍其旧；（4）民国政府为生活过艰的王公代筹生计；（5）先筹八旗生计，在未筹定前，其俸饷仍旧支放；（6）从前营业、居住等限制一律蠲除，各州县听其自由入籍；（7）听其自由信仰原有宗教。
孤独无助的隆裕太后除了接受之外还能有什么选择呢？
袁世凯用假报纸恐吓隆裕太后的手法当然也是和朱尔典事先商议过的，朱尔典后来在给英国驻南京领事伟晋颂的信函中赞叹地说，袁世凯为了避免进一步发生流血事件，“施展了巧妙的手段”，“以令人满意的方式安排了退位问题”。
1912年1月16日这天还发生了一件事，那就是南方革命党人行刺袁世凯失败，朱尔典得知后立即前来探望袁世看，祝贺他躲过灾难。同时，袁世凯与他商讨，他想向清皇室提出两条要求，一，要求清帝发一道谕旨，授权他可以在南京代表及来自各省代表选举共和国总统前按照共和原则处理临时政府工作；二，再发一道谕旨，授权他在选举大会前可以处理临时的共和政体问题。朱尔典表示赞同，他认为这是过渡时期所必需的，有利于稳定局势。袁世凯也向朱尔典保证，他会按照国民意愿行事，不会引起大动乱。
就在清帝准备宣布退位的时候，孙中山等人也设计了一个圈套，希望能以四两拨千斤的手法一举扭转局势。当时，孙中山坚持要在袁世凯被推举为总统前列强必须承认民国政府，林关外，他也宣布不承认北京方面任何组织临时政府的做法。孙中山的这则声明看似只是在重申以往的要求，其实这其中存在这样的一个陷井，朱尔典在1912年1月22日给格雷的电报中说：“时局已发生相当大的变化。南方首领们的要求，显然将使得在清退位与民国获得承认之间这段期间此地不可能有任何政府，似乎在成立南北联合政府方面将造成很大的困难”。也就是说，这段时间内如果西方列强不承认南京的临时政府，那么会导致中国陷入无政府状态，那很可怕，因此，西方列强不会再与英国保持一致，而是会立即与南京政府建立外交关系，那就一举打破了袁世凯和朱尔典的阵脚，南方临时政府将获得巨大的外交胜利。
孙中山的声明的确让袁世凯和朱尔典有些措手不及，而且，朱尔典也从格雷致美国大使布莱斯的信函中得知，英国政府不准备军事干涉中国南北争端，为此，朱尔典也建议袁世凯，最好辞去总理大臣的职务，在清帝退位后立即接受南方政权赋予的权力，这样才能保证权力的连续性和合法性，他说“看来很明显，内阁总理大臣最后担任总统职位，是使中国能够恢复和平和秩序的唯一可能的办法”，但这样做也就等于要袁世凯放弃现在的君主制立场。袁世凯在权衡利弊之后也明白，现在也只能按照朱尔典所说的去做了。
1912年2月12日，清帝溥仪发布退位诏书：
朕钦奉隆裕皇太后懿旨，前因民军起事，各省响应，九夏沸腾，生灵涂炭，特命袁世凯遴员与民军讨论大局，议开国会，公决政体。两月以来，尚无确当办法，南北暌隔，彼此相持，高辍于途，士露于野。以国体一日不决，故民生一日不安，今全国人民心理多倾向共和，南中各省既倡议于前，北方诸将亦主张于后，人心所向，天命可知。予亦何恶因一姓之尊荣，拂万民之好恶，是用外观大势，内审舆情，特率皇帝将统治权公诸全国，定为共和立宪国体，近慰海内厌乱望治之心，远协古圣天下为公之义。
袁世凯前经咨政院选举为总理大臣，当兹新旧代谢之际，宜有南北统一之方，即由袁世凯以全权组织临时共和政府与民军协商统一办法，总期人民安堵海内欠安，仍合满、汉、蒙、回、藏五族完全领土为一大中华民国，予与皇帝得以退处宽闲优游岁月，长受国民之优礼，亲见郅治之告成，岂不懿欤。
在清帝退位的当天，袁世凯就致电南京，声明赞同共和：“南京孙大总统、黎副总统、各部总长、参议院同鉴：共和为最良国体，世界所公认，今由帝政一跃而跻及之，实诸公累年心血，亦民国无穷之幸福。大清皇帝既明诏辞位，业经世凯署名，则宣布之日，为亲政之终局，即民国之始基。从此努力进行，务令达到圆满地位，永不使君主政体再行于中国。现在统一组织，至重且繁，世凯亟愿南行，畅聆大教，共谋进行之法；只因北方秩序不易维持，军旅如林，须加部署；而东北人心，未尽一致，稍有动摇，牵涉全国，诸君皆洞鉴时局，必能谅此苦衷。至共和建设重要问题，诸君研究有素，成竹在胸，应如何协商统一组织之法，尚希迅即见教。袁世凯真。”
当晚，袁世凯也剪掉了辫子，说了一句：“姑且咸与维新吧！”
2月15日，参议院选举袁世凯为临时大总统。朱尔典当日发电表示祝贺。他在给格雷的电报中说：“袁世凯所关心的主要事情，是尽快缩短清帝退位与建立南北联合政府之间的间隔时间。为了这个目的，他打算把许多引人注目的事情挤在一天内进行。可以有把握地说，中国以前从来没有任何一天发生过这么多的事情。颁布清帝退位的谕旨，孙逸仙辞去临时总统的职务，南京的国民参议院选举他本人为总统，以及南北混合内阁就职等事，都将在一天的时间内进行。新政府将从这位多才多艺的政治家的头脑中立即产生，他为了完成乱中求治的伟大任务做了充分准备。”其实，这些当然不是在一天内完成的，朱尔典不过是想赞誉袁世凯的高效。
在准备就职仪式期间，袁世凯让外务部的胡惟德去拜访朱尔典，希望朱尔典能召集一次各国使节会议，出席他的就职仪式。朱尔典答复说，如果发正式邀请可能会引起某些使人为难的事情，因此，最好只发典礼通知即可。9日，朱尔典召集了外交使团会议，通知各国使节，袁世凯虽然没有发出正式邀请，但新政府已经为那些希望出席典礼的外国使节安排了席位。