辛亥革命爆发，民国成立后，严复担任了京师大学堂校长兼文科学长的职务。
袁世凯篡夺革命果实，指使手下人为他当皇帝摇旗呐喊，制造舆论，组织人力。1915年，袁政府的教育总长杨度，接受袁的旨意，组织一个宣传机构，写文章，来宣扬民主共和不适合中国国情，只有帝制才是适合国情的最理想的政治体制。杨度到处游说，拉拢当时的名流学者，组成团体，即所谓的“筹安会”。它的发起人是杨度、孙毓筠、刘师培、李燮和、胡瑛、严复等六人。杨度第一次登门拉拢严复，严复没有答应，只同意愿做一般会员，不做发起人。发起人与会员当然有差别，但在拥护封建帝制这一点上却没有什么不同。后来杨度故意把发起人和会员混为一谈，竟把严复列为发起人。
严复既同意组织筹安会，又愿意当会员，就是不肯做发起人，且托病不赴宴，这是有他的想法的。他在晚年，背弃了热情向往过的“西学”观念，认为“一线生机，存于复辟”。他认为中国应该恢复帝制，但袁世凯当皇帝则不妥，他对袁世凯的人品、学识、能力、气度等，非常了解，觉得袁缺乏“运用之才”，不配当皇帝。
可是，杨度等五人在严复缺席的情况下商讨起草了《筹安会宣言》，并签上名字，连夜送往报馆，准备8月14日见报。8月13日深夜，杨度派人告之严复，说请他作筹安会发起人是袁世凯的意思，并已代他签了名。《宣言》第二天就见报，严复急得不知如何是好，赶快让人去请他的学生侯疑始。
严复对他说：“杨度不经我的同意就代为签名，真是岂有此理。”侯疑始见他发怒，也觉得杨度欺人太甚，便建议他在报上登报声明，说明事情的真相，家里也劝他连夜离家外出避一下风头。但严复知道既然自己作筹安会的发起人是袁世凯的主意，如果登报声明或外出躲避，一旦被袁氏知道，将会后患无穷。
《筹安会宣言》见报的第二天凌晨，严复家门口就出现了两个全副武装的士兵，他被监禁起来了。严复受到如此不公正的待遇，急得像热锅上的蚂蚁，不知怎么办。等到心情稍微平静后，他便拿定主意。筹安会几次请他开展活动，他都以哮喘病复发为由婉言谢绝了邀请。
后来，蔡锷讨伐袁世凯。梁启超成了蔡锷的笔杆子，从理论上反驳帝制适合中国的国情说。为了消除梁启超的影响，袁世凯又想让严复来执笔反驳。因此他命夏寿田拿四万元银标引诱严复从命。严复拒收贿赂，并以自己哮喘病发作、力不从心为由婉言谢绝了。
严复在思想上虽然反对民主共和，支持君主专制，但在袁世凯搞复辟专制政体的过程中，除了受杨度的拉拢蒙骗，被迫在《筹安会宣言》上挂名外，再无其他的不正行为。
严复不主张激进的革命，对传统抱有敬意，在打倒孔家店的呼声中，他主张尊孔。1913年，严复、梁启超等人发起成立孔教会，他们的目的在于宣传复古思想，所以对新文化运动必然持反对态度。新文化运动代表革新的力量，而林纾等一批具有复古思想的人，却竭力反对。严复虽然没有像林纾那样赤膊上阵，公开和新文化运动对抗，可他却表示出对新文化运动的不满。他在给熊纯如的信中说：“由文言改为白话，大概就像戏曲中的皮簧脚本，没有什么了不起，也成功不了。”他又说：“在变革的时代，优胜劣汰。陈独秀、钱玄同、胡适是无法扭转这个进化规律的。”他的意思很清楚，那就是：文言一定胜利，白话一定淘汰。但历史没有按照严复的思想发展，白话文运动搞得如火如荼，终于取得了胜利。
严复反对白话文，对五四运动也不赞成，说什么“自古学生干预国政……皆无良好结果”。
严复固然较为保守，但他也有他的道理。那些主张共和、反抗君宪的人未必就是进步的，很多人不过是打着共和的幌子争权夺利罢了。而新文化运动有些地方也实在过火，比如钱玄同主张废除汉字，实行拼音化，在现在看来是过于激进了，我们的传统就那么可憎，必须除之而后快吗？
严复不够激进，是因为他看到剧烈的变革动荡带来的并不都是积极后果，而是扰乱了社会发展演变的中国传统文化秩序，超越了社会的实际承受力，“不知其种祸无穷”，遂引发了此后一连串本不该发生的那些重大政治变故。“名为义首，实祸天下。嗟乎！”
1920年严复回家乡养病，过着“坐卧小楼，看云听雨”，心如“槁木死灰”的生话。1921年10月22日逝世于福州，时年68岁。