1880年，严复被李鸿章调到天津担任北洋水师学堂的总教习（教务长）管理教学工作。在这样的环境里工作，对于从英国学海军专业归来的严复来说，可以一展平生所学了，但他有着比建立一支海军更为远大的志向和抱负。他清醒地看到，世界局势的动荡威胁着中国的存亡。单凭建立一支海军，是不可能拯救国家的。因此，他名义上是教务长，时刻想着的却是如何拯救国家。李鸿章耳闻他逢人便议论日本侵略琉球的事，生怕他招惹是非，便躲避他，疏远他，以致在工作上给他制造困难。
于是，严复处于一种痛苦的迷惘和彷徨中，苦于才能无处施展。他明白，要想有所作为，必须当官，掌握实权。他便写信向堂弟倾吐积压在心底的郁闷情绪。有时他也曾想过拂袖归乡，过几天清闲日子。他堂弟很理解他的心情，建议他多和李鸿章接近，或许事情会有转机。
万般无奈之下，严复试着按他堂弟的意见主动接近李鸿章。后来事情果然出现转机，李鸿章呈清朝政府奖励了他。1889年，他被提升为副校长。第二年又任校长。严复不懂阿谀逢迎，也讨厌这种做法，现在连续受奖励，受提升，见堂弟的意见起了作用，反而觉得着实奇怪。
道不同不相与谋，严复和李鸿章关系也就到此为止。严复满怀报国之志，却报国无门，终于上了鸦片烟瘾，来自我麻醉、自我摧残。
既然在李鸿章权势的控制下无法施展才能，实现振兴中华的心愿，严复只有另找出路。他曾与王绶云合作投资兴办河南兴武县的煤矿，振兴工商，从兴办实业着手，实行实业救国。然而，杯水车薪，终难扭转大局。他又听说张之洞对他印象很好，就想投奔张之洞，但终因与张之洞无深交而不敢贸然前往。
在内心苦闷难以排解时，他又悔恨自己当年错进了洋学堂，耽误了前程。严酷的现实告诉他：如果不通过科举取得功名，就不能当官，不当官就无实权，就无法实现自己的抱负。为了报国有门，为了做官，他决定走科举的道路。1885年、1888年、1889年和1894年，他先后参加了福建的两次乡试，北京的两次顺开乡试，结果都名落孙山。因为他学的是新式学问，对经史诗赋这套旧学问用力不多，自然不是那么擅长，所以，用旧标准来衡量他，他自然处于劣势。
严复的心里难过极了。难道学到的那些“西学”真的毫无用处吗？他又陷入了沉思和痛苦之中。