1995年7月，25岁的周鸿祎从西安交通大学管理学院系统工程系毕业，正式加入北大方正。当时北大方正给他这位研究生的工资只有区区800元，而那些前往深圳发展的同学薪酬待遇比他高数倍。周鸿祎没有后悔自己的选择，他清楚自己到北大方正的目的，他后来说：“我就是要到中国最大的软件公司干上两年，看看软件到底是什么工作。我不在乎他们给我什么头衔和多少年薪，我的目的就是想要学习。不是因为我清高，我认为它对我未来的发展有很大的促进，这远比我去其他公司多挣两三千元好得多。”
当年和他一起进方正的同事，总是抱怨待遇差，下班最大的事情就是骂公司在剥削自己。周鸿祎认为这些毫无意义，关键要端正心态。如果把自己定位于一个为方正打工的角色，自然就会把眼光聚焦在可怜的工资上；而周鸿祎始终不把自己当做一个单纯的打工者。他认为自己在为公司创造价值、为老板挣钱的同时，更是为自己的未来打工，给公司干的每一件事情，最大的受益者是自己。朝着自己内心想要做的事情去做，这就是他在方正工作时树立的价值观。
刚进方正的时候，周鸿祎特意隐瞒了自己经历过两次创业的事实。因此，方正把他当做一般的毕业生对待，安排他从普通程序员做起。周鸿祎就靠着800元的工资，和所有的北漂一样住进了地下室。
生活可以凑合，但是搞编程周鸿祎却很舍得投资。当时，方正普通程序员的电脑配置2M内存，部门经理的电脑配置也不过4M。周鸿祎觉得根本不够用，就自费6000攒了一台电脑，放到办公桌。对于他的这种行为，有人在背后批判他“烧包”。对此，他不以为意。
付出总有回报，周鸿祎既投钱又付出汗水，带来的收获就是，短时间内奠定了其在方正不可撼动的地位。他曾经这么骄傲地对人讲：“如果说方正只有一个高级程序员，那就是我。”从1995年7月进入方正到1998年底离开，在短短三年半的时间里，周鸿祎从一个普通程序员，做到了项目主管，再到部门经理、事业部总经理，最后做到方正研发中心副主任，没有过硬的真本事，自然不会晋升如此神速。
在方正，周鸿祎最骄傲的事情是：在他的组织下，成功开发出中国第一款拥有自主版权的互联网软件——“方正飞扬”电子邮件系统。
飞扬电子邮件是第一套专为中国人设计开发的电子邮件，完全不同于其他类似产品，它模拟办公室的工作环境，充分利用人性化的游戏界面，创造了一个适合中国人使用习惯的优秀软件。使用飞扬电子邮件，可实现办公自动化，无论写信还是回信，几乎片刻就能完成；利用地址簿中的邮寄清单，一次可以发成百上千封信件，很方便企业用户内部即时交流沟通；传递的内容还可以自动管理、归档、检索、复制、共享……按照当时一位用户的感慨：“这是一款设计精美、非常讲究人性化的软件产品。”一经推出，就深受办公族的追捧。
当时，方正做“飞扬”项目，主要给国家机关中的秘书培训互联网的电子邮件知识，当时很多人都不愿意干。“我在方正工作的时候老板不太喜欢我，别人不干的工作让我去做，这个活儿就这样派到我身上了。”为了把工作做好，周鸿祎特意去各大书店买很多书籍研读。通过了解，他发现电子邮件是一个很好的东西，代表着未来的一个互联网发展方向。一个很多人都需要用的东西，却要有人去专门教操作，这件事儿让周鸿祎觉得很滑稽。为此，他产生了这样的想法：何不做一款傻瓜化的电邮软件呢？那么，什么最容易上手呢？周鸿祎想到游戏。那么多人喜欢玩游戏，就因为游戏的界面非常人性化，一些不良少年玩一个游戏30分钟就可以学会。于是，采用游戏化界面的飞扬软件，就这样诞生了。
有人说，如果周鸿祎不离开方正，坚持把飞扬电子邮件做下去，也许今天飞扬电子邮件会是人们用得最多的邮件工具，就没有以后的网易邮箱了。
在做飞扬软件的过程中，周鸿祎初步形成了自己独到的互联网世界观。通过飞扬的广受欢迎，他认识到：只有推动大众上网的、免费的互联网产品才有发展前途。后来他做的3721、360安全卫士，包括他投资的酷狗、迅雷、快播等，其产品基因一脉相承：大众的、免费的、傻瓜式的客户端软件。
遗憾的是，当他把自己的这一观点推销给自己的上司时，并没有得到应有的重视。领导觉得很矛盾：“既然是一个好东西，为什么还要免费呢？”
方正飞扬本身并没有取得预期成功，但在研发和推广方正飞扬的实战过程中，周鸿祎却有很多“意外的收获”：首先，他因此形成自己独到的互联网价值观——“免费是互联网精神”，这影响了他后来创业与风投的价值观；其次，这是他第一次以产品经理的身份全面参与、掌控研发过程，为随后自主创业、研发新产品积累了经验；另外，通过与外界的频繁接触，他学会了与媒体打交道，这也为后来积累到人脉和资源。
飞扬软件当时只是内部使用的办公自动化工具，周鸿祎很想把它互联网化，但是互联网却不属于方正的主营方向。于是，周鸿祎就产生了离开单干的想法。
“当时我可以一拍屁股一走了之，但是我觉得老板对我不错，所以我就给公司再做一件事情，作为报答。老板就让我带了我的团队去新疆工作。我们在新疆一待就是十个月。就像电影《阿甘正传》里的阿甘一样，阿甘每次的选择都不是自己的选择，结果却可以得到意外的回报。”
在新疆，周鸿祎和他的团队主要是帮助新疆建行解决在不升级硬件的前提下，提升服务器处理效率。每天几万次到十几万次地试，周鸿祎最终做到了在海量数据访问情况下，依然能够保证处理速度。项目完成后，新疆建行的领导非常满意，直接打电话到方正，对周鸿祎赞不绝口。周鸿祎被提升为研发部经理。这段经历对于随后创立3721、开发出高效搜索引擎打下了坚实基础。如果没有新疆的实战经验，就不会拥有这种大型服务器的编程能力，这对周鸿祎来说，的确是一份意外的回报。
在方正这所“大学”里，周鸿祎受益良多。后来，周鸿祎回到母校——西安交大做演讲的时候，提到最多的就是这段经历，他以此劝慰年轻的后辈要树立起先就业再创业、先积累经验再考虑单干的正确理念。
事实上，在新疆服务的后期，他已经开始正式琢磨自主创业的事情了。所以1998年从新疆回来后，他就正式递出辞呈。而促使他下定决心离开方正重新创业的，则是他生命中最重要的一个人。