2006年，互联网正处于飞速发展的高峰期，在这股风潮中，中国流氓软件已经猖獗到令人发指的程度。“炉火纯青”的流氓软件根本不打招呼就公然入主用户的电脑，狂弹广告。此时的用户机器里面，往往被十几个流氓软件割据，速度很慢，经常死机，广大网民成了最无辜的受害者。很多时候，网民会发现自己电脑的反应速度变得非常慢，与此同时，电脑里莫名其妙地多了一些东西，想卸载又不知道怎么下手，花钱找电脑专家修，他们往往也清理不干净，最后，只得重装电脑系统，耗费至少四个小时以上的时间，还得去备份资料，一不小心还会有资料丢失的风险。
2006年，周鸿祎刚刚加入奇虎不久，在奇虎食堂和朋友吃饭，谈到当时互联网的形势，朋友随口问道：“你这么懂插件，没想过做个杀流氓插件的软件么？”说者无心，听者有意，周鸿祎心中一亮，是啊，自己“流氓教父”的骂名已背负很久了，为什么不做一个让用户叫好的杀流氓的软件来自证清白呢？
当年在3721如日中天之时，为了扩张，为了彻底将用户攥在手里，周鸿祎做了一次冒险的尝试，他用插件绑架了用户的浏览器，并卸载用户安装的其他插件。这种插件被命名为“流氓软件”之后，周鸿祎这个曾经和张朝阳、丁磊、李彦宏一样盛名的网络英雄，从此就背负起了各种骂名。
对于背负“流氓软件之父”十字架，周鸿祎的回应是：“这是3721和我个人的一大污点，干过的事情我认账，但我不能接受是主观上去害客户。”
当时，周鸿祎手里的3721像Flash插件一样，在弹出窗口的时候，会“礼貌性”地征求用户的意见，如果用户选择了“否”就不会强行安装。而真正的流氓软件一旦点击，会以迅雷不及掩耳之势强制安装，而且想卸载下来几乎不可能，两者是有本质区别的。问题的关键是，那些做流氓软件的人，为了自己的利益借用周鸿祎的名义，打着3721的旗号，却把脏水都泼到周鸿祎身上，所以他才这么“盛名在外”。对于那些做流氓软件混口饭吃的后辈来说，周鸿祎一点儿都不在乎，他觉得比较委屈的是，很多著名的竞争对手一边利用他做掩护，一边搞臭他的名声。
周鸿祎曾经后悔地反思过：“把名弄坏了其实是有机会矫正的，但我当时年轻气盛，由于过度竞争，眼中只有竞争对手，太想战胜对手了，太想做网页搜索了，太着急了，又正好碰上雅虎。雅虎诱惑说有能跟Google相匹敌的搜索技术，结果我当了小白鼠，就加入了豪门。3721变成雅虎助手，而我继续背负着恶名。”
“流氓软件之父”一直是周鸿祎心中的一根刺，不拔除就无以正名，无法前行。当时奇虎在社区搜索上持续发力，可在用户中的影响力一直不够，奇虎正好有一笔预算用来做广告宣传，用这笔钱做一个杀流氓插件的软件，以这个软件作为宣传工具，用户觉得好，会增加对奇虎品牌的认知度和忠诚度，不是一举两得吗！考虑到这些，周鸿祎决定尝试做一款杀流氓插件的软件，但这个决定下得并不轻松。
“当时大的杀毒公司都眼睁睁看着流氓软件横行，却不敢解决，因为大家都清楚，当时做流氓软件的实力很强，他们光明正大地做，还形成了地下产业链。而作为同圈子的人，抬头不见低头见，去断同行的财路，无疑是需要胆量的。当时也有人呼吁用正规渠道去解决，借助政府和司法力量，但取证是一件很困难的事情，根本不可能打赢官司。”周鸿祎对360安全卫士推出的形势认识得非常清楚。
2006年，做流氓软件太赚钱了，以至于形成了一种风气，上至大门户，下到私人工作室，谁不做流氓软件谁傻，已然成为了行业潜规则。虽说是有着提高品牌知名度的使命，可360安全卫士会彻底捅破流氓软件行业的口袋，它的推出标志着奇虎将与整个行业为敌，这个代价会不会太大呢？
当时奇虎的规划是把论坛、BBS搜索做好，这是核心业务，另外，奇虎还尝试做社区的聚合，创建一个聚合各地吃穿住行的信息的网站。奇虎面临的商业机会很多，完全没有必要蹚进这个浑水。最主要的是，流氓软件势力实在太剽悍，360不一定能撼动。钱很难赚到，这一点是肯定的，而且铁定要得罪很多人。所以，当时上至投资商、合作伙伴，下至好友、员工都不支持他。
熟悉周鸿祎的人都知道，他一旦下定决心，就会血战到底，是那种完全由着本性来的人，自己认定为对的东西就会不计成本地对抗到底。周鸿祎最终顶住各种压力，坚决要拔掉心中的这根刺——“是我打开了流氓软件的潘多拉之盒，我觉得我有责任去关上这个盒子！”
做流氓查杀软件只是主营业务之外的小项目，因此，一开始奇虎只分拨五个人来推进这个项目，这款软件的名字也很随意，叫“流氓克星”（随后改为奇虎安全卫士，最终确定为360安全卫士）。它主要针对市面上比较流行的100个左右的恶意软件，功能很少。包括周鸿祎在内的所有人都没有想到，这款不起眼的小软件很快会成为奇虎的一匹黑马。
早在雅虎中国的时候，周鸿祎跟卡巴斯基就曾洽谈过合作的事项。后来，雅虎中国跟卡巴斯基的合作终止了，周鸿祎也离开了。得知周鸿祎在做奇虎，卡巴斯基又找到周鸿祎，周鸿祎一想，自己正好要推流氓查杀软件，干脆和卡巴斯基放一起推广好了。很快，两者达成合作意向。
2006年7月，奇虎就360安全卫士的推出召开了一个简单的发布会，会上宣布其旗下的“360安全卫士”携全球顶级的专业杀毒厂商卡巴斯基将为广大网友免费提供杀毒功能。网友只需使用奇虎“360安全卫士”，就能免费轻松获得恶意软件查杀、系统诊断及修复、病毒查杀等功能。
这次发布会，奇虎只邀请了几个记者，计划着在媒体上发几篇产品稿，制造点动静。没想到的是，发布会的效果远远超出所有人的预料。媒体对360的报道一发而不可止。
360安全卫士的核心是“杀木马、反盗号、完全免费”，使用360安全卫士，用户能立刻摆脱恶意软件的侵扰，还能够即时地诊断电脑的安全状况，并根据软件的建议进行自动化的修复、删除等处理，而卡巴斯基能为电脑提供实时的防御机制，让用户防患于未然。这些功能解决了广大网友最头疼的问题，并且没有使用门槛，对电脑不熟悉的人也可以轻松保证电脑应用环境的安全。因此，360安全卫士很轻松地得到了用户的广为推崇。而360安全卫士因为触动了某些人的利益，引发了一系列的以领头人周鸿祎为焦点的口水战，这更让360安全卫士成为媒体的宠儿。
360安全卫士完美完成它提升奇虎品牌知名度的任务，但这个时候，大家还是没有看到它的价值，奇虎只是从其他部门拉了几个文字编辑，主要做文章选取和恶意软件收集，又加了几个运营人员负责日常运营，近十个人的360安全卫士的团队维持了一年的时间。
2006年年底，360安全卫士用户量超过20万；到了2007年年中，用户量超过40万；当年10月份，360安全卫士的用户量超过瑞星、金山等业界巨头，成为国内用户量最大的安全软件。激增的用户量让奇虎上下不敢再轻视360安全卫士这个小软件的重要性，以前对360安全卫士的发展不够重视的周鸿祎，也开始频频出现在研发人员的面前。与此同时，360安全卫士开始成为整个行业的眼中钉，迎接它的是硝烟滚滚的战场，它将何去何从呢？