在周鸿祎投资的企业中，最得意的莫过于迅雷。对于今天热衷于互联网的年轻人而言，几乎都享受过迅雷软件“迅雷不及掩耳”的下载速度。据说，迅雷下载软件是唯一渗透率超过50%的国内共享软件，用户使用率高达85%，被公认为是继腾讯、百度之后的又一中国互联网新巨头。
而周鸿祎投资迅雷的时候，迅雷还是一个连创始人自己都觉得拿不出手的软件。周鸿祎曾经毫不客气地说过：“如果没有我早期对迅雷提供的定位策略、产品规划以及市场推广建议，他们不可能那么快发展起来。”
迅雷的创始人邹胜龙，2002年底美国Duke University（杜克大学）计算机科学硕士毕业后，与研究生同学程浩一起开始在美国硅谷创建迅雷。2003年回国发展，在深圳市创办了三代科技开发有限公司。之所以给公司取名“三代”，意思是说作为海归创业者，张朝阳算是第一代，李彦宏是第二代，他和程浩则属于第三代。
邹胜龙以下载软件为突破口，意在剑走偏锋。2002年，下载技术属于相当冷门的互联网应用，就连美国硅谷都还没有创业范本。邹胜龙认为，投身到一片崭新的蓝海，一定能杀出一片天地来！然而，现实让邹胜龙“爆冷门”的愿望落空了。
邹胜龙选择回国创业的时机不对。当时，全球互联网正处于泡沫破碎之后的低潮期。2003年的中国，偏偏又赶上SARS的突然来袭，“这是比互联网冬天更冷的一个冬天”。大环境的不景气、下载技术的被认知程度不够，决定了“没有一家VC愿意出资”成为一种必然结果。
当初回国时，邹胜龙给妻子立下军令状：12个月创业初成。创业一年后，如果毫不起色，全家就杀回美国，他继续在硅谷做架构师养家。等到12个月过后，迅雷捉襟见肘的境况并未好转，邹胜龙于是向妻子请求，再给自己半年时间试试。正是因为“推迟”，邹胜龙迎来了周鸿祎100万元的天使投资。
邹胜龙一开始找的并不是周鸿祎，而是IDG的合伙投资人杨飞。杨飞对投资迅雷很有兴趣，但他本人对客户端软件不熟悉，于是就找到尚在做3721、对客户端软件熟稔的周鸿祎把关。
技术出身的周鸿祎一眼就看出迅雷的硬伤：“坦率地说，迅雷早期的技术并不是特别先进。他们的理念很好，但产品做得很一般。”周鸿祎说得还算比较客气，按照邹胜龙自己的说法，“刚开发出来的迅雷软件‘漏洞百出’”，“面对朋友都不好意思拿出来展示”。
尽管如此，周鸿祎还是选择迅雷作为自己的“处女作”，他看中的是迅雷的团队。
周鸿祎深知，创业之初，资金、技术、管理等方面相对弱小，不够成熟，要想获得成功就必须付出更大的努力，此时的创业团队起着决定性的作用。微软创业时比尔·盖茨牵手童年玩伴保罗·艾伦，雅虎创业时杨致远牵手斯坦福电机研究所博士班的同学大卫·费罗，惠普创业时戴维·帕卡德牵手他在斯坦福大学的同学比尔·休利特，互联网巨头们在创业时靠的就是一个有战斗力的互补团队。
在投资迅雷之前，周鸿祎已经很看好下载市场，并专门找过做网络蚂蚁的洪以容和做网际快车的侯延堂。在这个过程中，周鸿祎发现很多中国个人软件制作者的通病——难沟通。“有点用户量之后都觉得自己很牛，觉得自己的经验放之四海而皆准，就想拿点钱，什么建议都听不进去。如果公司只是缺钱那真太了不起了，因为世界上钱多得很。我投你并不是因为我有钱就更了不起，只是我经验比你足，愿意和你唠叨唠叨如何从上百万的用户做到上亿的用户，并且建立一整套商业模式。”
但邹胜龙的团队不是这样，他们有着硅谷的DNA。周鸿祎这样评价：“邹胜龙他们毕竟是海归，在美国也有工作经验。说话做事都很正规，不是那么山寨和野路子。最重要的是他们很open，愿意承认自己的不足。”
当时，迅雷面临强大的竞争对手——网际快车，一个占据中国80%市场份额的下载巨头。迅雷的第一个版本模仿网际快车的界面，周鸿祎建议尽快做出差异化。网际快车走专业化路线，迅雷不妨走“傻瓜化”路线，力求让普通人容易理解并快速上手，这样用户才会多起来。
邹胜龙接受了周鸿祎的建议，并认真分析了自己与网际快车的差距，列出了200个需要改进的地方，然后不断调试更新版本。迅雷从1.0升级到5.0，只花了两年半的时间。仅在2006年这一年，平均25天改进1个版本，迅雷共发布了14个改进版本。
在迅雷不断补短板的时候，网际快车的创始人却迷上了“魔兽争霸”，就这样戏剧性地给了迅雷后来居上的机会。侯延堂完全是利用业余时间开发出来的网际快车。也许是因为“得来全不费工夫”，不足珍惜，侯延堂在2004年迷上“魔兽争霸”游戏之后，因为没有时间再去编程，网际快车更新到了1.7版之后便戛然而止。
与竞争对手的个人玩家行为相比，迅雷从创业一开始，就以团队和商业化运作的面目出现。邹胜龙负责公司整体架构以及和投资人沟通，程浩醉心于技术，更偏向内部管理，两个合伙人起到了很好的互补作用。
除了开放心态，周鸿祎还看中迅雷团队的专注精神。当初名不见经传的3721之所以在一片强敌中杀出，就在于专注搜索。所以周鸿祎一直很看重创业初期的专注，他认为有了专注，才有大成的可能。在迅雷身上，他欣慰地看到了这一点。他这样高度评价过邹胜龙团队：“迅雷取得今天成就的一个原因就是专注做一件事情——做下载。在这一点上，迅雷堪称楷模。”
作为一名从创业者转型过来的天使投资人，周鸿祎的投资风格偏向“导师型”，凭借自己创业的经验、阅历，为创业者提供多多益善的帮助，尤其在草创阶段和危机时刻。
迅雷在2006年6月曾遭遇过一次“灭顶之灾”。就在迅雷推出下载资源门户网站“xunlei。com”的第二天，靠下载存活的著名网站华军软件园，率先在网站撤掉了迅雷下载工具，接下来其他下载网站也跟着踢掉了迅雷软件。因为动了传统下载网站的“奶酪”，迅雷一时间成了众矢之的。
在危机面前，邹胜龙一下子懵了：“以前从没经历过这种有预谋和组织性的恶性媒体报道，这对我们是一个新的课题，不知道该怎么做，什么招都想用，很乱。”此时，周鸿祎起到关键性作用，他出面把各方叫到一起吃饭，讨论出一个多赢方案，几天后，各方发表了一份和解的联合声明。
可以说，在投资迅雷的过程中，周鸿祎最享受“天使”的快感。他所骄傲的是，不只是雪中送炭的天使资金救活了这个企业，更重要的是他在创业过程的导师作用。投资迅雷的试水成功，让他一时间迷上了天使投资人这个新头衔，接下去才有了那么多投资项目。
2011年3月31日，在奇虎360上市的第二天，在接受媒体采访时，周鸿祎曾透露，近期还会有一家自己投资的公司很快上市，而当时业内正流传着迅雷低调筹备IPO的传闻，因此，大家猜测他所谓的“自己投资的公司”正是迅雷。从中我们可以看出，周鸿祎对迅雷是非常有感情的，对他的每一步成长都充满期待。
可是迅雷的上市计划并不顺利。2011年6月9日，迅雷向美国SEC递交了上市申请，并宣布于7月20日在纳斯达克挂牌上市，结果7月20日当天迅雷临时将上市计划调整为7月21日，7月21日，迅雷又发布声明，取消赴纳斯达克的IPO计划。
专家指出，迅雷的上市计划无疾而终关键在于它的盈利模式未被投资者认可。一直以来，迅雷采取的是高速通道、离线下载这种用户基于下载而买单的模式，可它在版权方面的积累却不够，这使得它的盈利模式失去了根基，而美国市场恰恰又极其看重知识产权风险。
迅雷上市前路尚不明朗，或者只是时间问题，对于制约它上市的盈利模式问题，作为投资者的周鸿祎不吝献策献计。“要做大事就要对自己狠一点，增值服务和免费服务不要在同一业务上。用下载能凝结用户，在别的地方挣钱。你做到极致，对手就没什么机会了。”其实，无论迅雷发展得如何，周鸿祎对迅雷都有一种父母对孩子的情感，孩子长大了要独立，可对他的牵挂是如何都不能断的。