首先摆在周鸿祎面前的就是公司并购的普遍难题——文化融合。据统计，全球只有1/4的企业并购能够取得成功，而导致失败最主要的原因，不是外部生态环境的恶化，不是内部战略调整的失误，而是两家公司间企业文化的冲突。
在雅虎收购3721前两年，惠普高调并购康柏，一度吸引全世界的高度关注。自1991年爱克哈德·普飞伊珐执掌康柏以来，康柏公司从昔日的廉价电脑装配厂，跻身国际信息业十强之中。作为普鲁士人，爱克哈德·普飞伊珐崇尚理智、科学和实干，主张业绩至上。而惠普自成立以来就很注重精神文化，其创始人戴维·帕卡德这样总结过：“回顾一生，我觉得最自傲的是，创办出了一家以价值观、做事方法和成就，对世界各地企业管理方式产生深远影响的公司；我特别自傲的是，留下一个可以永续经营、可以在我百年之后恒久继续作为典范的组织。”“价值观 做事方法”后来被公认为“惠普之道”。注重精神文化的惠普之道能否与业务导向的康柏文化相得益彰，成为当时世人关注的焦点。最终，在长达十年的同床异梦后，两者还是选择分道扬镳。
周鸿祎执掌雅虎中国之后，他的200名3721创业队伍也一同加盟雅虎。而在合并前，整个雅虎中国只有50人，合并后周鸿祎干脆把雅虎中国从华润大厦搬到3721的和乔大厦。因此才有后来的“3721反并了雅虎中国”的说法。
雅虎中国的一位老员工曾经在接受媒体采访时表示，周鸿祎刚到雅虎中国的时候，确实产生了激烈的企业文化冲突。他的个性以及创办3721的经历决定了他不可能摇身一变为规规矩矩的职业经理人，而只能继续扮演充满激情的创业者角色。周鸿祎坚持认为，雅虎中国当时最需要的正是一股创业激情。他这样比喻当时的雅虎和雅虎中国：“雅虎是‘大象’，但雅虎中国还是‘兔子’。在这一点上，雅虎中国和以前的3721一样，都是创业型的企业。”
然而，雅虎中国自塞梅尔上任以来就一直奉行职业经理人的公司文化，他们脚踏中国地，人却是美国心，不仅在业务上复制雅虎在美国的做法，连行事风格也是照搬在美国的那一套，而且失去了雅虎创业时期积累下来的自由、进取、讲究效率的文化传统。在周鸿祎看来，“雅虎中国已经沾染上浓厚的跨国公司官僚气”，一直都不肯放下国际顶级公司的架子，未完成彻底的本地化，才导致其五年来一直碌碌无为。
周鸿祎曾经这样对媒体坦言：“加入雅虎以后，虽然我们已经有了很清晰的战略和策略，也具备很强的实力，但最困难的地方在于沟通。总部在万里之遥的美国，再加上高层对中国完全不了解，决策反应链往往很漫长。很多时候，要促成一个一个决策，除了时间成本之外，还不得不玩无数多的公司政治，这让搞技术出身的我总是感到身心疲惫。我做事从来不怕来自外部市场的压力，愿赌服输嘛，我最受不了来自内部的人际争斗与倾轧，每日就像面对一个昏庸的朝廷，一个庞大的官僚化体系，在外面领军打仗、冲锋陷阵的我，提交了一个明明被证明是对的建议，他们却因为这样那样的理由派一个个太监和锦衣卫来监督我，这种感觉非常糟糕。”
作为执行总裁，周鸿祎一方面要让雅虎中国快速本地化，变得名副其实的“很中国”，另一方面要推广和回归雅虎创业精神，一改雅虎中国此前“不求有功，但求无过”的做事风格，切换为“勇于承担责任，追求业绩，全力冲刺”的状态。
显然，这是一个出力不讨好的过程。为了完成文化整合，周鸿祎怀柔过，不知与大伙儿一醉方休过多少回，据说还因此摔掉了两颗门牙；也发狠过，曾经拍过无数次桌子，骂过无数次娘。
据说，刚出任雅虎中国区总裁时，周鸿祎有一次临时召集员工到自己家里开会，当时他在台上讲话，员工则在下面兀自忙活，聊天的聊天，发邮件的发邮件。周鸿祎先是礼貌性地请大家开完会再忙，却遭到了这些老员工的一致反对，大家振振有辞：我们这是在通过即时通讯与邮件向总部汇报，让总部第一时间知道会议的进度，这是雅虎的传统。
脾气火爆的周鸿祎再也忍不住了，说道：“那是在美国的传统，你们现在是在中国！而中国的文化就是啥时候该干什么就得干什么，领导在上面讲话，员工在下面搞小动作成何体统？诸位如果不自己关掉电脑，我就请人帮你们从窗户那儿扔出去。”
本来，下班后被叫来开会就让这些一向崇尚“enjoy life”的老员工很窝火了。周鸿祎没来的时候，他们已经习惯了工作生活严格分开，下班后立马关掉工作手机。
工作狂、喜欢快节奏的性格就够这些“养尊处优”的雅虎老员工难以忍受了，而“中国风格”对他们来说几乎可以说是一种折磨。从创立3721的时候，周鸿祎就养成了谈业务必喝酒、一喝必醉的习惯。对于雅虎中国的那些老外而言，他们习惯了加几块冰的洋酒，要他们陪客户喝白酒，他们会找各种借口，这也是周鸿祎所不能容忍的。“跨国公司不要老是以国际大企业自居，只有学会了解中国国情，学会和中国伙伴合作，掌握本地市场运作的技巧，才能成功。”
此前，雅虎中国的待遇水准是当时网络公司中最高的，据说一个前台话务员的工资都超过8000，但合并后，他们的待遇被3721的员工彻底拉平。
2004年，周鸿祎在接收某周刊采访时这样说：“3721是我的事业，是我的孩子；雅虎中国也是我的事业，我会尽我的全力，与3721的感情是一样的。当然，如果雅虎中国这个孩子，是杨致远‘生’的话，那么我就是他的‘教父’了，教育他在中国怎么成长。”
周鸿祎用心良苦，其强硬的做派和强烈的个人风格却得罪不少雅虎中国的老员工，最终，包括原副总裁陈建豪在内的许多老员工还是选择了离开。不过，这些雅虎中国的老员工最终感受到了周鸿祎的创业风格带来的实效。
“没有人比周鸿祎更爱雅虎中国！”一个离职的雅虎中国老员工后来这样评价他，“周鸿祎曾经在我面前说，‘没有人比我更爱雅虎，我的所作所为都是为了雅虎。’当时我的表情和反应让他很不愉快，之后我还带着鄙夷和蔑视离开他的房间，我以为我比他更爱雅虎，或者说我认为他根本不爱雅虎。当我离开雅虎之后，我明白了：他的话的确发自内心。雅虎的出现对周鸿祎曾经是一个机遇，不过这次合并好比一个冒险的试婚，除了门不当户不对，双方的气质形象也不吻合。周鸿祎的赌注是前半生的心血和职业前途，雅虎的赌注只是钱。雅虎有很多钱，周鸿祎却不能再活一次。周鸿祎想要得到的是向百度复仇，是职业生涯的一次跳跃，当时置之死地而后快的他，唯一的选择就是爱雅虎。”
周鸿祎入主雅虎中国的最大挑战是本地化，他最终对雅虎中国最大的帮助也正是本地化。雅虎自1998年进入中国以来，一直默默无闻，直到2004年3月周鸿祎接管雅虎中国后，雅虎才开始表现得虎气生生。
有人说，杨致远之所以对周鸿祎上任后“气走”那么多雅虎中国的老员工睁一只眼闭一只眼，就是因为他实质上在假借周鸿祎之手做自己一直不敢做的事情。事实上，在收购3721的全过程中，雅虎总部就刻意不让原雅虎中国的人参与，由此可见其换血的决心早已下定。
当时进军中国的所有国外网络巨头最终几乎都无一例外地因为水土不服而遭遇到了惨败：Google输给了百度，MSN做不过QQ，亚马逊不抵当当，易趣败给了阿里巴巴。雅虎在周鸿祎的锐意改革之下，出现了短暂的春天。可惜的是，在总部的质疑下，随着他的离开，雅虎亦最终沦陷。