随着战争的不断胜利，光武政权控制的地区迅速扩展，形势要求刘秀必须从一个天才的军事统帅成长为一位优秀的政治家。
在达到权力的顶峰之后，光武帝为实现远大的政治目标，表现出了极大的热忱和自信。他旺盛充沛的精力，都用于朝政的审理、古今治道的讨论以及经学的研究；他不倦地审阅奏文，签署政令，思考重大决策，经常夜半而寐。只有在这种全神贯注之中，他才感到心灵的踏实。他也非常注意天下百姓的生活状况和心理变化，从各种渠道掌握真实的社会信息，“数引公卿郎将，列于禁坐。广求民瘼，观纳风谣。故能内外匪懈，百姓宽息。”
从军事走向政治，战争的环境明显地影响了他处理朝政的节奏，凡是重要的奏章，他都是当夜批复，随后派出快骑迅速传达，因而各类政务不论远近、大小、难易，都能得到及时妥当的处理。他甚至对许多人物、事件、政务的具体细节都了如指掌，洞察幽隐，“臣下之行，无所隐其情，道数十岁事，若按文书。吏民惊隍，不知所以”。这种过人的记忆力与他勤于政务是分不开的。
刘秀早年长于民间，深知稼穑的艰难，百姓的疾苦；他当了天子之后，依然保持俭朴的作风，勤俭治国。他生活朴素，身无珠宝玉佩，对于歌舞表演和靡靡之音也没有什么兴趣。后宫的嫔妃们生活简朴，六宫称号惟有皇后和贵人，贵人之下的美人、宫人、彩女就没有爵位和俸禄，仅有少量的赏赐而已；宫里的中常侍也不过寥寥二人。光武帝还几次重申，禁止郡国长官利用进京的机会进献特产和珍品，以免造成地方上的浪费，并敕令太官不再接受贡品，因而四方的珍馐美味也很少有机会送入宫中。
勤勉的品格固然源于长期的修养，但这种朴素的生活与刘秀家庭的不幸也有关系，父母的早逝，兄弟、姐姐的先后遇难，在他心中长留一种痛楚和伤感，他没有心情去追求物质的奢侈和享受。而多年的磨难和奋斗也砥砺了他的意志，使他摆脱了君主常有的低级趣味，始终把全部的精力放在远大的事业上面。
建武六年（公元30年）六月，光武帝下令裁并郡国。这一大刀阔斧之举，体现了他勤俭治国的坚定信念。
诏书上说：“设置官吏，是为了天下百姓，今百姓遭难，户口减少，而郡县官吏还在添置。现令司隶校尉、十二州牧各实所部，省减吏员。县国不足置长吏、可以并合者，上报大司徒、大司空二府。”
这一诏令针对地方政府的机构庞大而发。当时沿袭西汉之制，全国有103个郡国，1500多个县、邑、道、侯国。官员上下层叠，数目极大，尤其在那些饱受战火、人烟稀少的地区，也是吏多民少，官职齐备，很不利于经济的恢复和行政效率的提高。
由于光武帝的重视和二府长官的得力，裁并工作进行得十分顺利，在较短时间内就省并了四百多个县邑。山东、河北之地省并数目最多，例如琅邪国省并了四十七城，渤海国省并了二十七城，巨鹿郡、涿郡、山阳郡、西河郡都分别省并了二十余城。这些地区战事激烈，人口虚耗，原有的建制有名无实，所以省并的县邑最多，剩余的官吏也只有原来的十分之一。
这一精简之举节约了数以亿计的行政费用，提高了行政效率，各地的吏治风气为之一变，勤俭之风行于上下。裁并政策由于效果理想而继续推行，建武十年，撤销了定襄郡的建制，建武十三年，又省并了广平、真定等九个郡国；见于西汉建制而在东汉初年省并的县邑道侯总计五百五十多个，可见光武帝的简政之举卓有成效。
在立国之初，这种励精图治无疑令人称道，也为多数开国君主所常有。然天下之大，一人何能悉理，人君之度，旨在得人，吏治的质量与政治的清明息息相关，所以每当光武帝取得战争的阶段性胜利，他便把注意力转向人才的网罗。
建武六年十月，光武帝恢复了选举贤良方正的旧制（始于汉文帝时），下诏曰：“吾功德浅薄，盗贼为害，以强凌弱，百姓流离失所，无家可归。《诗经》上说：‘日月告凶，不用其行。’一想起自己的过失，心中总是内疚不已。现令三公九卿每人推举贤良、方正各一人；百官各上封事，不要有所隐讳；各部门克尽职守，务必遵从法令。”
推举贤良、方正的诏令与裁并郡国、三十税一的诏令几乎同时颁布，体现了国策重心的转移。广致人才与淘汰冗官是相辅相成的两项措施，目的都在于形成清明的吏治，活化整个帝国的运行机制。
第二年，光武帝再度下诏求贤：“先前阴阳失调，天有日食。百姓如果有错，也是因为朕的过失。现宣布大赦天下。公卿、司隶、州牧每人推举贤良、方正各一人，派公车迎接，朕将亲自考核。”这次求贤的范围明显扩大：拥有推举权的官员从三公九卿扩大至司隶校尉和十二州牧，推选贤良、方正的范围从中央扩大到了地方。
求贤的诏命继续不定期地发布，表明了朝廷对贤良之士的渴求。而文官的吸收更多地依赖于定期的选举，这些人选就是孝廉和茂才。
郡国每年选举二名孝廉已是西汉的成规，尽管这项制度不考虑郡国人口的疏密，但在道德方面却起到了标榜名节、风化乡里的作用。光武孝廉之选，专用儒学文吏，建武时期的尚书郎多由孝廉担任，亦可看出光武帝对品格学养的重视。被举荐的孝廉在担任一段时间的郎官之后，就可以授予一定的官职。从更深的影响来看，西汉以贤良方正为主、孝廉为辅的求贤制度，一变而为东汉以孝廉为主的选才标准，与光武帝大批任用孝廉的措施很有关系。
据《后汉书》统计，东汉一朝孝廉人数为260余人，出自经学士族与仕宦家庭者为139人，隶籍关东者169人，其身份背景和地域集中，和东汉初年的政权背景有密切的关系。
建武十二年，光武帝又设立了举荐茂才、廉吏的制度，由三公、光禄勋、御史中丞、司隶校尉、十二州牧每年在现任政府官员中举荐十八名茂才；由三公、光禄勋、二千石官、廷尉、大司农和将军等负责举荐若干廉吏。一旦被选为茂才或廉吏，自然就有美好的前程，可以得到晋升和重用。相对而言，廉吏的职位比茂才的职位要低一些，但人数则比较可观。
建武时期的选举制度增设了敦朴、有道、贤能、直言、独行、高节、质直、清白、敦厚等科目，其用意也十分清楚，旨在“黜虚华，进淳朴，听言观行，明试以功，名实不相冒，而能否彰矣。”
除上述定期征选人才的途径以外，太学教育也贡献了一定数量的人选。由于太学生熟悉政治，娴习行政管理，而且具备较高的文化修养，自然就有机会入仕当官。另外，根据门荫制度，朝廷二千石官可让自己的子弟担任官职，这项制度曾在西汉末年被取消，但光武帝恢复了这一维护家族利益的旧制，其中缘由，自然与光武政权的士族背景有关。
由于朝廷公卿和地方郡守有权自由任命属官，因而征辟制度也成为文官的重要来源。针对征辟制度，光武帝颁布了四科取士的诏令。所谓四科取士，就是要求公卿牧守在征辟属吏时，必须坚持气节高尚、学养深厚、熟谙律令和遇事善断等四项标准，又强调以孝悌公廉为前提。光武帝不仅要求官员严格按照四科标准征辟属吏，而且声明推荐者负有相当的责任，举人不当要受到追究。
理国以得贤为本。光武帝召集人才以德行为首要标准，旨在任贤致治，从中也可以理解光武帝以武将夺取天下、靠文臣治理江山的基本国策。吏治的好坏直接影响政治的兴衰，所以在立国之初就已十分强调官吏的品德，看重名节是文官施展才华的前提。吏治的清明，亦和文治的深入相生相长，成为光武中兴大业的重要内容。
开国君主在筚路蓝缕、艰苦创业的过程中，比较容易倾听臣下的不同意见，鼓励下属直抒己见，以集思广益，检点过失。光武帝容人的雅量虽不如后世的唐太宗，但也不乏从善的诚意，尤其在建武初期最为明显。
建武七年三月，光武帝下诏说：“朕功德浅薄，遭到上苍的谴责，战栗恐惧，不知如何形容。朕一直在反省自己的过失，考虑弥补的方法。现令百官各修其职，奉遵法令，施惠于百姓。百僚各上封事，不要有所隐讳。其上书者，不得称圣。”
谦谦之意如此诚恳，臣下自然就有勇气开口论治，于是便有大臣上疏，劝谏光武帝不要事必躬亲，应该效仿汉初的文景之治，崇尚清净无为的黄老之道。这种涉及君主权力的敏感话题，若无君臣之间的信任和真诚，又有谁敢轻易谈论。
由于君主相对的宽容，所以朝臣的言论也稍有驰骋的空间，不必事事奉承君主之意，甚至敢于当面与皇帝争论是非。建武十二年，光武帝提拔睢阳令任延担任武威太守，并告诫道：“善事上官，无失名誉。”谁知任延当即回答：“臣闻忠臣不私，私臣不忠。履正奉公，臣子之节。上下雷同，非陛下之福。善事上官，臣不敢奉诏。”光武帝被他的正气所打动，不由叹道：“卿言是也。”这种勇于承认自己不足的表现，令人感受到光武帝的开阔胸襟。
立国之初，光武帝不仅乐意接受臣子的进谏，还经常奖励那些敢于犯颜力争的官员，这种鼓励对君臣之间的交流无疑起到了促进作用。光武帝年富力强，精力充沛，尤喜狩猎。有一次他出城狩猎，直到深夜才尽兴而回，不料在洛阳上东门遭到门候郅恽的挡驾，光武帝让随从与他交涉，郅恽以“火明辽远”为由，拒不开门，光武帝只得从东中门入城。第二天，郅恽向光武帝递交了一封措辞激烈的奏书：“古代的周文王不敢外出游猎，惟以天下百姓为忧。而陛下远猎山林，夜以继日，如何对社稷宗庙交代？小臣实在为陛下担心。”光武帝读了之后感触良深，遂下旨褒奖郅恽，赐布百匹，同时贬黜了放他入城的东中门候。
类似的直臣也不止郅恽一人。又如勇将铫期，性格耿直，忠君爱国，只要遇到他认为不恰当的事，必定犯颜力争。有一次光武帝从殿门出发，准备出城打猎，铫期便上前阻挡：“臣闻古今之戒，变生不意，诚不愿陛下微行数出。”光武帝听从他的劝告，回车而还。再如尚书令申屠刚，性格刚正，勇于直言。当光武帝又准备出城打猎时，申屠刚力劝光武帝以国事为重，不应沉湎于游猎。光武帝不听，意志坚强的申屠刚就用自己的头颅顶住乘舆的车轮，其强谏之风令人赞叹。
一般而言，“苟进之谗，易以情纳，持正之忤，难以理求”，正是许多君主的通病。光武帝鼓励进谏的气量，以及臣下勇于直言的忠诚，形成了建武初期君臣相得的和谐关系，体现了君主的个人智慧，以及朝臣共同的理性精神。正是由于这种良好的风尚，朝臣不惧逆鳞、骨鲠规谏的事例才会史不绝书。
建武初年，大司徒伏湛反对光武帝亲征渔阳，他认为中原未定，京师匮空，而大军远征千里之外，所过皆荒耗困乏之地，不宜舍近求远，不分轻重。奏文慷慨决断，剖析入理，终于使光武帝理智地放弃了亲征渔阳的计划。
光禄勋张湛也是一位经常进谏的大臣。有时光武帝在早朝时露出疲惫的神情，张湛便不留情面地批评君主。张湛常骑白马，光武帝每次遇到张湛，总是幽默地说：“白马生且复谏矣。”司隶校尉鲍永在霸陵路过更始帝之墓，下车哭拜旧主，尽哀而去。光武帝听说之后，十分不快，颇有责怪之意。张湛委婉相劝：“仁者行之宗，忠者义之主也。仁不遗旧，忠不忘君，行之高者也。”光武帝怒意乃释。
又如侍中戴凭，每每议论政治得失，对光武帝深严的作风直言不讳，经常列举事实与光武帝辩论，迫使他接受自己的意见。光武帝亦因此更加信任戴凭，让他兼领虎贲中郎将，长达十八年之久。
自三公九卿、内阁长官以至地方守令，都可以看到一代中兴功臣刚直不阿的优良风尚。尽管他们所谏之事，并非事事切中要害，然而开怀见诚、共论治道的风气，却是政治清明的一个侧影。一位君主能够从善如流、虚心纳谏，也无损个人的威望和尊严，他失去的只是自负和专断，得到的却是一面兼明善恶的镜子和后世的美名。