石美瑜由江苏省高等法院普通庭长调任南京军事法庭少将庭长，级别高了，声望也高了，总感到自己拥有个完整的世界。他说：“有白部长的直接指导，有在座诸位同仁的协同努力，我们的工作一定能够顺利开展。我的意见，成立四个小组，分别调查南京大屠杀中的受害者和目睹者；搜集当时中外记者和其他中外人士的有关报道、著述和影片资料；查阅原首都地方法院的有关调查报告；挖掘中华门外的那个万人坑。”他恭顺地望着白崇禧，“白部长！你看这样安排妥不妥？”
“可以。”白崇禧说，“希望诸位以对得起祖国，对得起死难同胞的高度负责精神开展工作。”
调查工作进行约四个月时，白崇禧单独接见石美瑜，要他们抓紧工作，因为将有一大批乙、丙级战犯陆续引渡来中国，其中由南京军事法庭负责审判的战犯就有三百五十多人。
原来，参与远东国际军事法庭的其他九国政府，对美国政府坚持对日本战犯单独审判十分愤慨，由国家元首或政府首脑与杜鲁门总统通电话表示坚决反对。英国首相艾德礼指责美国“战争期间是患难与共的朋友，战争结束是独断专行的霸主。”苏联部长会议主席斯大林在电话中，半开玩笑地对杜鲁门说：“如果你们要独吞胜利果实，我们将与你们在日本刀枪相见。”不得已，杜鲁门于八月二十日派遣陆军部长助理马克洛伊去东京说服麦克阿瑟。但是，他阳奉阴违，对乙、丙级战犯引渡去各受害国接受审判，仍然以种种借口设置障碍，直到十二月二十日杜鲁门亲自给他打电话，他才放弃了自己的霸道主张。
本来，一九四七年一月中旬就可以开庭审判谷寿夫，因他心脏病复发而卧床不起，只好将审判时间推迟到二月二十五日。现在是三月十日上午的最后一次开庭，加上五次预审，这是第六次审判。
法庭设在南京中山路励志社大礼堂。审判厅上方的横幅写着：
公审南京大屠杀主犯谷寿夫
两根柱子上贴着将岳飞《满江红》里的名句改动两个字的对联：
壮志饥餐胡虏肉；
笑谈渴饮倭寇血。
台上第一排座位上坐着石美瑜、陈光虞、张体坤等七名法官，第二排坐着出庭作证的中外人士和两个指定辩护人。台下坐着中外记者和听众一千五百多人。
八点二十分，暂时被解除脚镣手铐的谷寿夫，由四名法警押上法庭。他头戴深灰色礼帽，身着从东京带来一直没有穿过的黄色呢料军服，两手戴着白手套，嘴唇上的仁丹胡也着意修理过。从他的这副打扮和表情看，仿佛是出席朋友的宴会似的。但他又不得不承认自己是战犯，抬头望了望台上的横幅和对联，向台上一鞠躬，又向台下一鞠躬，然后面向台上站着。
八点三十分，石美瑜神色肃然地宣布开庭。顿时，全场鸦雀无声。
“被告谷寿夫，六十六岁，日本东京都中野区人，陆军中将，先后任第六师团长和第五十九军司令官。”公诉人陈光虞开始宣读长达两个小时的起诉书，历陈谷寿夫在南京大屠杀中所犯下的累累罪行。
谷寿夫全神贯注地听着，当陈光虞说到“被杀害者过去认为是三十万人，经过反复调查核实，被杀害的确切数字是五十万人”时，他皱着眉头，两只手不安地合在一起搓了搓。
起诉书宣读完毕，石美瑜说：“现在，由律师梅祖芳、张仁德先生为被告辩护。”
谷寿夫拒绝说：“不用律师辩护，我比律师先生更了解事实真相，也更了解我自己。”
“你可以不要律师辩护。”石美瑜说，“那么，你对起诉书指控你在南京大肆屠杀无辜百姓的犯罪事实，还有什么话要说？”
“对公诉人先生的指控我不能接受。”谷寿夫仍与预审他时一样抵赖着，“我已经说过，军人以服从命令为天职，我奉天皇之命向中国作战，交战双方都要死人。对此，我只能表示深深的遗憾。有战争必有伤亡。所以，不存在有什么大屠杀，不存在有什么大屠杀主犯。”他将自己的犯罪行为推得一干二净。
“请受害人提供证据。”石美瑜狠狠瞪了谷寿夫一眼宣布道。
一个中年男性从第二排座位上站起身来，他说：“我名叫冯清江，是南京的一名建筑工人。民国二十六（一九三七）年十二月八日下午三点左右，我从工厂回家，路过草鞋峡时，遇上日军押着五万七千多个男女难民走过来。我想逃走已来不及，也被他们抓住了。这么多的人没地方关押，都坐一块草坪里。一个小时之后，日军用铁丝穿着难民的手掌心，将两个人连在一起。大约穿了千把人，有个军官模样的人走来，对正在用铁丝穿难民手掌心的士兵们说：不用穿了，第六师团部有命令，凡是抓到的中国人统统枪毙！”冯清江声泪俱下，“于是，日军命令难民全部站起来，然后用机枪对我们进行扫射。我装着死了倒在地上，拉两具尸体盖在身上。日军担心有人没有死，又用刺刀在尸体上乱戳一气。”他卷起右手袖子，“我的右手臂被戳伤，这是伤疤。”
台下有许多人泪水横流。这泪水，饱含民族的辛酸，饱含自鸦片战争以来上百年的耻辱，滴落在神圣的法庭上。
第二个作证的是英国《曼特斯特卫报》驻南京记者特伯勒。他手捧一份剪报说：“这是我十年前写的一篇通讯，题目叫做《现代史上破天荒的残暴记录》，文章约四千字，揭露了日军在中华门一带屠杀中国人和烧毁房屋等累累恶迹。现在，我将这篇通讯念一遍。”
特伯勒念完，美国《纽约时报》驻南京特派记者杜廷宣读了他当年写的通讯《南京大屠杀目睹记》，揭露了日军在草场门、上新河、上元门、紫金山一带屠杀八万多个中国人，以及抢劫和强奸妇女等罪行。
“我对两位记者先生所说一无所知。”谷寿夫一副若无其事的样子，“请问两位记者先生，你们写的是虚构的小说吧！”石美瑜一击惊堂木，喝道：“请谷寿夫先生态度老实点！你知道你是在什么场合，在同谁说话吗？”他接着说，“下面请《陷都血泪录》的作者郭岐先生作证。”
郭岐原为部队文化干事，现为营长。他将《陷都血泪录》念了一遍之后，说道：“这篇五千字的文章所记载的事实与特伯勒先生所写的大抵相似。但我的文章多了个内容，就是日军利用杀人取乐。文章先在《中央日报》发表，不久，日本《读卖新闻》大概为了炫耀日军的威风，全文转载了这篇文章。请问谷寿夫先生，如果我写的不是事实，你们日本报纸怎么会转载？文章在中国、日本两家发行数最多的报纸上发表之后，你和你的上司松井石根怎么没有提出反驳，甚至抗议呢？”
谷寿夫在血泪交织的控诉声中悚悚自危了。他说：“恭聆郭先生所述，确实太残忍。”他继而狡辩，“不过，我部进驻中华门时，该地区已迁徙一空，无屠杀对象了。至于草场门、上新河等地若有屠杀行为，那是别的部队干的。”
全场如火山爆发，有的指着谷寿夫破口大骂，有的气愤地挥着拳头喊打，有的号啕痛哭！愤怒和悲痛之声，大有掀翻屋顶之势！
石美瑜连击几下惊堂木，大家才平静下来。接着他说：“谷寿夫先生！你在你的部队开展杀人竞赛没有？”
谷寿夫一惊，旋即矢口否定：“没有！我谷寿夫哪有这样野蛮和残酷？”
石美瑜手对台下的法警一挥，吩咐说：“将两名丙级战犯押上法庭作证！”
四名法警将向井敏明和野田毅之押上来了。两人都是三十多岁年纪，都穿着褪了色的土黄色军装，齐声说着：“请罪，请罪！”向台上台下各一鞠躬。
“谷寿夫先生！你认识我们两个吗？”向井问。
谷寿夫将他们打量一会，摇着头说：“不认识，不认识。”