政府尝试建立行之有效的经营性国有资产运营架构，将经营性国有资产的监督管理、运营和经营主体区分开来，即建立所谓的三层运营管理架构。在这三层架构中，第一层即各级政府及其授权的国资管理机构，代表国家履行出资人职责，在宏观层面监督和管理经营性国有资产；中间层是从事股权管理和国有资本运营的集团、控股公司或资产管理公司，中间层接受国资管理机构的授权，代表其履行出资人职责。中间层部分由原来的行业主管部门或企业集团转型而成，部分是国资管理机构新设立的公司，其对上落实国家调控政策，接受国资管理机构的管理和监督，对下依据《公司法》对国家出资企业进行资本管理，保证国有资产的保值增值。第三层是接受经营性国有资产出资（全部出资或部分出资），并使用经营性国有资产从事具体生产经营活动的国家出资企业。它们是市场独立的法人主体，拥有法人财产权，遵守市场规则，参与市场竞争。三层架构的建立实现了“政资分离”和“政企分离”，国家直接控制和规范国资管理机构的工作，通过机构的工作影响中间层的运营活动，对处于第三层的各类企业，国家鼓励其积极地参与市场竞争，在竞争中提升经营性国有资产的质量和竞争力，通过这部分国有资本引导社会资本，促进国民经济的健康持续发展。
一、行使出资人代表权利的政府及国资管理机构
这是国有资产管理体制的第一层，政府依法委托国资管理机构代表其履行出资人职责，享有出资人权益，管理本级国有资产。中央政府在1988年设立的挂靠在财政部下的国家国有资产管理局与2003年设立的归属国务院的特设机构国务院国有资产监督管理委员会（简称“国资委”），都属于专门设立的国资管理机构。第一层根据本级经营性国有资产的分布和规模状况，合理地构建监管和运营体系，由第一层授权中间层大型国有集团、国有控股公司、投资公司或资产管理公司作为出资人代表参与管理国家出资企业，实现经营性国有资产的保值增值。第一层与中间层是委托代理的关系，通过如“管人、管资产和管事”相结合等办法，监督和管理中间层的运营活动，保证资产的安全和使用效率。国资管理机构的设立改变了原来政资不分的情况，将政府的公共管理职能和出资人职能区分开来。
1.国资管理机构的专职管理有利于加快“政资分离”和“政企分离”
经营性国有资产管理体制中的一个历史遗留问题就是产权主体不明晰。政府没有专职的机构进行资产管理，而是将权力分散在政府多个部门中，对于有利可图的事情争相而上，而在具体到管理细节和责任上，各部门又相互推诿，推卸责任，管理中“权责利”严重失衡。国资管理机构的设立，改变了原有所有者虚置和产权不清的状况，将旧体制下国资管理机构与国有企业之间的行政隶属关系转变为新的市场经济条件下出资人与企业法人之间的经济关系，实现管理工作的“不缺位”、“不越位”和“不错位”。
首先，国资管理机构的设立实现了管理的“不缺位”。“不缺位”就是出资人在产权明晰的基础上，依法行使出资人权利，规避由于信息不对称而导致的内部人控制等诸多问题，形成出资人对企业的有效合法控制。
其次，国资管理机构的设立实现了管理的“不越位”。“不越位”是指在经营性国有资产两权分离的基础上，国家出资企业不再依赖行政监督或外部监督方式，而将主要关注点集中到建立现代企业制度和完善内部法人治理结构上来。通过科学的治理结构的建立，实现对企业的控制和约束。“不越位”要求国资管理机构加快推进国有企业的法人治理结构的建设，在确保出资人利益的同时，保证企业经营者拥有企业法人财产权和相应的经营权，保证企业的市场化运转。
最后，国资管理机构的建立实现了管理的“不错位”。“不错位”是从部门定位的角度出发，摒弃过去既行使行政职能，又兼出资人职能的双重定位的弊端。其作为国家特设的专职从事经营性国有资产监督和管理的机构，不应该再承担任何公共管理职能，避免既做裁判员又做运动员的情况。
2.国资管理机构的专职管理有利于强化出资人职责
国资管理机构代表国家履行出资人职责，执行国家相关政策，把原先分散在政府各部门的管理职能归并起来，享有所有者权益，形成“权责利”相统一、“管资产和管人、管事”相结合的新模式。具体来说，“管资产”主要是指经营性国有资产的产权界定、产权登记、资产评估监管、清产核资、资产统计、综合评价等基础管理工作；协调其所出资企业之间的产权纠纷；建立产权交易监督管理制度，加强产权交易的监督管理，促进资产的合理流动，防止资产流失；对其所出资企业的收益依法履行出资人职责；对其所出资企业的重大投融资规划、发展战略和规划，依照国家发展规划和产业政策履行出资人职责；依法批准所出资企业中的国有独资企业、国有独资公司的重大资产处置。“管人”就是任命和建议任命国有企业的负责人，依法建立负责人的业绩考核制度，根据业绩考核结果定薪，实施奖惩等。“管事”即管理或参与管理所出资企业的重大事项，这些事项包括企业合并、分立、改制、上市，增加或者减少注册资本，发行债券，进行重大投资，为他人提供大额担保，转让重大财产，进行大额捐赠，分配利润，以及解散、申请破产等。同时，国资管理机构还制定或者参与制定国家出资企业的章程。
3.国资管理机构的专职管理有利于落实国家宏观经济目标
生产关系一定要适应生产力，一定社会条件下所有制结构也必须与相应的生产力水平相适应。中国的改革是社会主义制度的自我调整和完善，国有经济布局是中国经济体制改革的一个重要影响因素。原有体制下国有经济全覆盖，这种不合理的布局既使得存量国有资产的作用大打折扣，同时也不利于增量国有资本的使用。新的管理体制下，国资管理机构不履行行政职能，而是专职从事经营性国有资产监督管理工作，它的一个重要职责就是积极推动国有经济布局和结构调整，通过“有进有退、有所为有所不为”的方针，提高国有经济的活力和竞争力，提高国民经济整体素质，最终保证公有制主体地位，从根本上发挥这部分“特殊性质”资产的真正作用。
4.国资管理机构的专职管理有利于依法管理国有资产
市场经济下行为主体的行为准则是法律，经营性国有资产要实现规范管理必须做到有法可依。从目前看，国有资产管理方面的立法严重不足，这种不足表现为最高层面的法律不完善，行政法规、部门规章制度较多，但是分散不成体系，有些甚至相互矛盾。国资管理机构成立后一个重要职责就是在遵循相关法律法规的前提下，制定有关规章、制度。中央一级国资管理机构制定的规章制度不仅适用于中央一级经营性国有资产，而且对地方各级政府的国资管理工作也具有指导作用，而地方政府也可以按照本地区特点制定条例或者地方性法规。有法可依是防止国有资产流失的第一步，也是国资管理机构工作的重要内容。
二、从事产权管理和国有资本运营的集团或投资公司等
这是国有资产运营管理架构的第二层。第二层也称中间层，中间层表现为实体，它是经营性国有资产管理体制三层架构中承上启下的“隔离带”，它是国资管理机构授权的出资人主体，负责经营性国有资产的保值增值。目前，中间层主要包括国有集团公司、国有资产经营（或投资）公司、专业控股公司、行使特定职责的投资公司等。中间层主要从事国有资本运营，将原有对经营性国有资产的实物管理上升到资本管理的高度。中间层的存在准确地界定了资产的监管方、出资方以及被出资企业之间的权责，减少了国有企业中的政企不分，有利于给予企业充分的法人财产权和经营自主权。
1.中间层是国资运营上下连接的纽带
中间层接受国资管理机构的授权专职进行国有资本运营，市场化运作国有资本。中间层具有独立完整的法人身份，其既不是行政机构，也不是市场经济条件下以生产经营为主要活动内容、追求利润最大化的市场主体，它们是上一层授权下的经营性国有资产保值增值的责任主体，对下一层出资企业履行出资人职责。一方面，国资管理机构和中间层之间通过协议明确双方的责任和义务，国资管理机构监督管理中间层资本运营工作和经营性国有资产的保值增值状况，根据中间层的业绩进行奖惩。另一方面，中间层运营主体使用国有资本出资参股或控股其他公司，依据《公司法》行使股东权利，承担责任义务，分享公司的投资收益。中间层与被投资企业是出资与被出资的关系，将国资管理机构的行政监管和企业的生产经营活动分隔开来，有效地避免了经营性国有资产管理中“政企不分”等问题。
2.中间层以股权管理为主进行国有资本运营
中间层通过市场化运作国有资本实现经营性国有资产的保值增值，其工作的主要内容就是进行以股权管理为主的国有资本运营。
依据《公司法》，中间层享有出资人权益，即依法享有资产收益、参与重大决策和选择管理者等权利。中间层运营主体作为股东参与股东（大）会，通过股东（大）会行使下列职权：决定公司的经营方针和投资计划；选举和更换由非职工代表担任的董事、监事，决定有关董事、监事的报酬事项；审议批准董事会的报告；审议批准监事会或者监事的报告；审议批准公司的年度财务预算方案、决算方案；审议批准公司的利润分配方案和弥补亏损方案；对公司增加或者减少注册资本做出决议；对发行公司债券做出决议；对公司合并、分立、解散、清算或者变更公司形式做出决议；修改公司章程；公司章程规定的其他职权。对于那些刚刚完成改制或尚未完全完成改制的国有企业，其内部法人治理结构还不完善，中间层应帮助建立健全内部的三会和经理层结构，完善激励约束机制，同时减少政府主管部门对企业生产经营活动的行政干预，保证公司经营活动的有效开展和长短期目标的实现。
除了行使股东权利，参与其出资企业的管理之外，中间层还应通过国有资本运作，推动国有资产重组，及时调整经营性国有资产在各行业及各领域中的比重，服从国家产业政策调整和国有经济布局调整安排，同时适应瞬息万变的市场变化，从结构上提高国有资产的抗风险能力；通过国有产权交易，特别是通过国有企业兼并、联合等方式，壮大国有资本实力；通过参控股部分行业领域的重要公司，达到以少量国有资本引导大量社会优质资本的目标，提高国有经济的控制力和影响力。
3.中间层的运营强调并兼顾国有资本的社会性
从市场竞争的微观主体企业来看，企业负责人使用企业资产，组织生产和经营活动，通过产品的销售实现利润，保障出资人的收益最大化和企业价值最大化。这个过程中，负责人往往过于重视国有资本的盈利性，而忽略了其社会职能的履行。国有资本如果不能体现其社会性，其价值将大大减弱，这样不仅会影响到政府宏观调控和干预经济的效果，而且会影响到社会整体福利水平，更会出现“与民争利”的不良现象，从而不利于经济的健康发展。
中间层的存在有效地解决了这一问题，中间层经过授权履行出资人职责，接受国资管理机构的各项考核，这些考核既包含了对资产保值增值水平的考核，还包含对国有资产社会职责完成状况的考核。在这种综合考核的压力下，中间层不仅仅敦促企业进行盈利性生产活动，更是利用出资人身份，向被出资企业传导宏观政策，引导企业配合国家政策需要和发展需要从事经济活动，体现国有资本社会性的一面。
三、使用经营性国有资产从事具体生产经营活动的企业或公司
这是国有资产管理架构的第三层。从事具体生产经营活动的国家出资企业处于三层构架中的底层，它们由中间层国有集团和国有投资公司通过独资或控股、参股等方式而成。中间层不是其行政主管，它们是经济意义上的出资和被出资之间的关系，通过股权来连接。中间层运营主体不能够违反法律和章程规定，直接干预第三层企业的日常生产经营活动。中间层通过控股和参股等方式出资目标企业，有效分散了国有资本的投资风险。通过股权多元化提高了企业的内部管理水平，非国有股东对第三层企业生产经营活动的有效监管，提高了企业的盈利能力，间接地提高了国有资本的盈利能力。从事具体经营活动的第三层企业拥有独立的法人财产权，在法律上享有民事权利，承担民事责任，以全部法人财产对债务承担责任，自主经营，自负盈亏。第三层企业可以充分利用中间层的整体资源优势，在整体战略部署下，发挥企业本身优势，更好地实现企业的发展。
1.第三层企业依法享有完整的企业法人财产权
股东拥有企业所有权和企业拥有法人财产权是现代企业制度的特点之一。企业法人是营利性组织，投资者对企业进行投资是为了实现资本增值，企业的所有活动都应立足于实现利润（或投资收益）。要实现利润，必须利用企业的法人财产进行生产经营活动。因此，企业对财产拥有完整权利意义重大。法人财产权是指具有独立民事行为能力的企业法人对其持有财产的占有、使用、收益和处分的权利，这部分财产不仅仅包含原始出资人投入的财产，还包括增值的财产。国家出资企业的法人财产，是由国家这个特殊的出资人主体使用经营性国有资产进行出资形成的。这部分经营性国有资产一旦投入公司，便形成了与其他投资主体的投入资产享有同等地位的法人财产，国有资产在企业财产中不具有任何特殊性。要理顺产权关系，必须首先赋予企业完整的法人财产权。
首先，法人财产是一个完整的概念，股东不能按照出资比例或者个人意志支配、使用和处置已成为公司财产的出资资产或者法人的相关财产。股东投入的资产在企业组织架构下形成了完整不可分割的法人财产。
其次，出资人通过相应的机构间接监管所出资企业的活动，股东参加股东会或股东大会按其持股比例投票行使表决权，公司董事负责具体的日常管理，对股东负责。杜绝国资管理机构、集团公司等出资人对所出资企业生产经营活动的直接干预。原管理体制下，国家全面管理企业，干涉企业从生产到经营的所有活动，拥有对资金和各类资产的调配使用权，企业几乎没有自主权，缺乏经营活力。新体制下，法人财产权完整的还给被出资企业，企业因此实现了“权责利”在企业法人层面的统一，企业对经营活动结果负责，自负盈亏；与此同时，相关法律还通过规定限制了大股东行为，有效地防止大股东将个人意志凌驾于企业利益之上。既保护了企业的合法权益，又调动了企业经营者的积极性。
最后，法人财产权是一种持续有效的权利。出资人一旦出资入股，除非特殊情况（如破产等），不得抽回投入的经营性国有资产，只能通过产权转让或股权转让实现退出。对于企业法人而言，法人财产的相对完整，使其可以长期占有和使用这部分资产，可以从长远的发展角度制订生产计划，有利于企业实现长期目标和价值最大化。同时，在法人财产权制度下，出资人以出资额为限（认购的股份）对企业承担有限责任，不用承担无限连带责任，相比原有体制下国家无条件的包亏，这种制度安排较好地保护了国有出资人的利益。
依据《企业国有资产法》，国家出资企业拥有以下权利：（1）国家出资企业对其动产、不动产和其他财产依照法律、行政法规以及企业章程享有占有、使用、收益和处分的权利。国家出资企业依法享有的经营自主权和其他合法权益受法律保护。（2）国家出资企业从事经营活动，应当遵守法律、行政法规，加强经营管理，提高经济效益，接受人民政府及其有关部门、机构依法实施的管理和监督，接受社会公众的监督，承担社会责任，对出资人负责。国家出资企业应当依法建立和完善法人治理结构，建立健全内部监督管理和风险控制制度。（3）国家出资企业应当依照法律、行政法规和国务院财政部门的规定，建立健全财务、会计制度，设置会计账簿，进行会计核算，依照法律、行政法规以及企业章程的规定向出资人提供真实、完整的财务、会计信息。国家出资企业应当依照法律、行政法规以及企业章程的规定，向出资人分配利润。（4）国有独资公司、国有资本控股公司和国有资本参股公司依照《公司法》的规定设立监事会。国有独资企业由履行出资人职责的机构按照国务院的规定委派监事组成监事会。国家出资企业的监事会依照法律、行政法规以及企业章程的规定，对董事、高级管理人员执行职务的行为进行监督，对企业财务进行监督检查。（5）国家出资企业依照法律规定，通过职工代表大会或者其他形式，实行民主管理。（6）国家出资企业对其所出资企业依法享有资产收益、参与重大决策和选择管理者等出资人权利。国家出资企业对其所出资企业，应当依照法律、行政法规的规定，通过制定或者参与制定所出资企业的章程，建立权责明确、有效制衡的企业内部监督管理和风险控制制度，维护其出资人权益。
2.第三层企业经营目标是企业价值最大化
第三层企业拥有独立的法人财产权，对出资人负责，以企业价值最大化为目标。企业的生产经营活动不再受上级主管部门的行政干预，依法接受股东（大）会、董事会和监事会的监督管理。新的组织形式更有利于激发经营者的活力，实现企业价值最大化。
首先，第三层企业拥有了独立的民事主体地位，自主经营、自负盈亏、自担风险、自我发展。企业通过改制和上市实现投资主体的多元化，通过公司法人治理结构的完善，形成企业的内部制衡，即权力机构、决策机构、监督机构和经营管理机构之间的制衡。同时，企业可以通过进一步转换经营机制，发掘内部潜力，提高企业的活力。
其次，第三层企业进一步改革用人制度，完善激励约束机制。第三层企业改变原有行政化的负责人任命方式，改革劳动用工机制，实行聘用制和合同制。企业改革分配制度，形成了奖罚分明、收入与业绩挂钩的激励约束机制，激励约束机制是企业创新力和竞争力的源泉，也是人力资源价值充分发挥的保证，更是法人治理结构发挥作用的基础。企业将中国特有的精神激励和市场经济条件下的物质激励结合起来，将长期激励和短期激励结合起来，解决了经营者的短视问题和道德风险问题，调动了员工的积极性和创造性。通过体制创新、技术创新和管理创新，提高了自身的综合实力。
这些改革从内部增强了企业的综合实力，提升了企业的竞争力，为企业实现盈利目标和企业价值最大化目标奠定了坚实的基础。