冬瓜为雌雄同株异花授粉作物，靠蜜蜂、蝴蝶等昆虫传粉授粉，这样很容易发生品种间杂交。而且，冬瓜留种采种时往往结合生产田在商品瓜中留种，这样很容易发生种性退化、混杂，降低丰产性和产品品质。为此，应建立一套较为完善的解决方案，科学采种。
（1）纯化冬瓜原种。严格选择具有品种特征、特性的单瓜留种，作为原种。
（2）建立隔离采种田。冬瓜采种田要与其他冬瓜品种（特别是节瓜）隔离1000米以上。在有森林、大楼、山头间隔的地方，可适当缩短间隔距离。
（3）在露地栽培田采种。露地栽培的温、光、水、肥等的环境条件比保护地更有利于植株、果实的生长发育，对种子的产量和质量有明显的促进作用，也可降低成本。
（4）把好种子、壮苗、种株、果实选择关。播种前精选种子，严格淘汰秕籽、病籽和虫蛀籽，取饱满、粒大、具品种特征的种子；苗期淘汰弱苗、黄化苗和子叶不正苗；结果期选择发育健壮、无病、分枝少、雌花多、坐果好、节间长短适度且节位适宜的植株作为种株；果实发育成熟期，选择发育快、果形正、果肉厚、果色和果形均具该品种特征、品质优的果实做种瓜。
（5）加强种瓜生长发育期的管理。种株的栽种行距要比生产田适当加宽，以利于通风透光，提高光合效率，从而为种子提供更多的有机养分。要多追施磷、钾肥，并注意及时喷药防治病虫害，以提高种子的数量和质量。
（6）采收充分成熟的种瓜。种瓜在采收前10天左右停止浇水和施肥，以减少瓜肉组织的含水量，提高耐贮运能力。种瓜采收后还应贮放7～15天后熟，使瓜内的有机养分继续向种子转移，可使种子更充实、饱满，能增强种子活力和提高发芽力。一般在晴天上午采收种瓜为宜，不宜在雨后及烈日下采收。在采摘、运贮等操作过程中，要轻拿轻放，避免内外受压造成损伤，提高耐贮性，减少腐烂损失。
（7）冬瓜种子的采收和保存。种瓜经过充分后熟后，便可纵向切开，用手掏出内部的种子和瓜瓤，放到干净无油污的瓦盆、搪瓷盆或其他干净容器中，不需发酵，可直接用清水冲洗，去掉附在种子表面的污物，捡出秕籽和瓜瓤。冲洗净后沥干水分，用毛巾拭去种子表面的水后，及时曝晒，以免霉烂变味。曝晒时间不宜过长，否则种皮易龟裂。暴晒过程中要经常翻动种子，晒到七八成干即可置于通风处晾干。已经晒干的种子要及时装袋，密封保存，并写清品种名称、采收日期、数量等，贮放在低温、干燥的环境中，不能与其他品种种子混杂，严防鼠咬和虫蛀。