整枝是冬瓜栽培过程中植株调整的重要组成部分。当植株营养生长过旺，影响通风透光时，需要及时将无用的侧枝和衰老的叶片摘除，打杈、摘心和打老叶均宜选晴天露水干后进行，以防止伤口不易愈合而引起腐烂。
目前冬瓜整枝主要有以下三种方法：
（1）单干整枝法。在主蔓生长强壮时，就在主蔓上10节以后相间留3～4个瓜，在最后一个瓜的后面留5～6片叶摘心。
（2）多侧枝整枝法。在主蔓的基部选留2～3个强壮的侧枝，其余的侧枝全部摘除。在侧枝上选留瓜，每一侧枝在瓜后5～6片叶摘心，以集中养分使瓜膨大。这种整枝方式多用于爬地栽培，而不适于温室的搭架栽培。
（3）连续摘心整枝法。在主蔓第五节留第二朵或第三朵雌花结第一个瓜，把瓜前所有的侧枝摘除，并在瓜后留2个叶摘心；待瓜节上的侧蔓坐瓜后，仍在此瓜后留2片叶摘心，同样摘除除瓜节以外的所有侧枝；待第二个瓜节的侧蔓坐瓜后，仍如前法使下个侧蔓结瓜，如此坚持下去，直至认为可以结束为止。这样的整枝方法可使瓜和秧同时旺盛生长，生育期延长，结瓜数量多，产量提高。
不论采取哪种整枝方式，一定要保持起码的叶果比例，一般来说1个瓜大约需要10片左右的功能叶来保证，以后各瓜必须再增加5片新叶，连同以前的老叶一起来支持这个瓜的生长。由于某些原因不能保证合理的叶果比时，应考虑从被摘除的侧枝上留叶加以补足。