温室及大、中、小拱棚等保护性设施的应用使得冬瓜生产已可实现周年供应，但连年种植蔬菜及常年高温高湿的环境也为病虫害的滋生蔓延提供了有利条件。在冬瓜定植前，对冬瓜田尤其是保护地菜田进行消毒处理是非常有必要的。
（1）及时清理病株残体和杂草。有些真菌和细菌能够附着在病株残体上生存四五年之久，病毒则可在田间杂草和其上的昆虫体内越冬或越夏，这些都将成为最初侵染源。及时清除病株残体和杂草，是减少初侵染的病原物数量、降低病虫害发生程度的有效途径。
（2）施用充分腐热的圈肥。粪肥是病原物的初侵染来源之一。施用充分腐熟的圈肥，不仅有利于冬瓜尽快地吸收其中的养分，也有利于降低病原物初侵染的数量。
（3）高温闷棚。在定植前2周，结合深翻土地施用圈肥，将棚膜关闭严实，利用晴天充足的自然光照使棚内温度升高，棚内温度可高达到50℃以上，土壤温度还要高些，维持1周左右时间，可杀死土壤中的大部分病原物。
（4）药物消毒。常用药物为硫磺粉和菌毒清，可防治多种真菌和细菌病害，对病毒病也有一定的防治效果。在覆好棚膜的基础上，用硫黄粉和菌毒清对保护地内的竹竿、立柱等支撑物和吊绳等绑缚物进行消毒处理。每40平方米保护地面积用硫黄粉50克与锯末混合均匀，密闭大棚后点燃熏蒸。每亩用50％菌毒清水剂1千克喷雾。