采取移苗法播种冬瓜时，要及时进行分苗。科学分苗应考虑以下几个方面：
（1）分苗时间。播种后10～15天，当幼苗生长到2片子叶展平时应及时进行分苗。分苗的苗龄太大不利于根系恢复生长。分苗一般选择晴天进行；若在外界温度较低的季节分苗，除要选择晴天外，还要在太阳落山前2小时左右分完，使分苗床有一定时间接受阳光，提高温度，促进缓苗。分苗最好在加温温室、日光温室或温床等温度条件较好的场所进行，以利于分苗后的缓苗和生长。
（2）分苗前炼苗。分苗前对幼苗要进行低温煅炼，增加幼苗对环境的适应能力，有利于分苗后的缓苗。
（3）起苗。分苗前一天或半天提前浇起苗水。先用苗铲将苗掘起，起苗时尽可能少伤根系，随起随栽，避免幼苗受风、闪苗和幼苗失水萎蔫等。如果采用蛭石、草灰、珍珠岩、沙等进行无土育苗者，分苗前可不浇起苗水。无土育苗有利于分苗时少伤根，从而有利于缓苗。分苗时要轻拿轻放，不能使幼苗受伤。
（4）合理栽苗。分苗的株行距一般为10厘米见方，深5厘米左右。深度可根据幼苗下胚轴生长情况进行调整，如果幼苗下胚轴较长（徒长苗），可适当深栽，但不能埋着子叶或心叶，应使子叶下的胚轴高出地面2厘米。栽完苗后要浇足分苗水，并尽快盖严透明覆盖物，以利于分苗床的保温和升温。分苗水宜大，使土壤湿度维持到定植。
（5）分苗后幼苗的管理。①分苗后幼苗有一段缓苗期，此时要保持较高的温度，管理上以保温增温为主，一般不通风，促使分苗床的地温迅速升高，保持白天温度25℃～30℃，使幼苗尽快扎根生长。②当幼苗恢复生长后一直到3～4片真叶时，可采用大温差育苗的方法，即白天保持正常温度，促进生长和养分积累；晚上采用较低温度，以利于减少养分消耗，促进雌花分化。这一时期一般不浇水、不施肥，要经常通风换气，如干旱还要喷水，缺肥时可用0.2％的尿素或0.3％磷酸二氢钾溶液叶面施肥。如果幼苗生长过慢或播期晚，应采取促苗措施，可适当提高温度，加强肥水，促进生长，使之在定植时达到壮苗的标准。