（1）催芽时，不能用塑料袋盛装种子，以防种子缺氧烂种。
（2）催芽期间要不定时翻动种子，有利于种皮进行气体交换，否则种子易缺氧烂种。
（3）冬瓜种子在催芽时，要始终保持种子和裹布的湿润。种子量少，在催芽箱中种子极易变干，所以不要随意查看种子，以防引起催芽时间加长，萌芽不整齐。
（4）在电热毯或其它非恒温热源上催芽时，应当使用两支温度计：一支测包裹外温度，即热源的温度；一支插入包裹内，测催芽时的温度。要密切注意两支温度计读数的变化，尽可能使两支温度计的读数一致，尤其包内的温度计读数应控制在30℃～35℃范围内。
（5）在催芽过程中往往由于冬瓜种子成熟度不一致和在种子包裹内温度及氧气分布不均匀，造成萌芽不整齐，这时可对种子进行变温处理。高低温度交替以16～24小时为1个周期，高温为催芽时所用温度，低温为－1℃～－2℃，时间8～10小时。一般经过1～2次变温处理即可，这时大芽已露出种皮，受低温抑制影响较大些，就能使大芽等待小芽，达到出芽整齐的目的。经过此处理后，还可提高胚芽的抗寒力。
（6）采用高低温交替催芽，当把种子从低温处拿回到高温处时，要待包布解冻后才可打开检查种子，不可用手触摸种子，防止带入病菌。