浸种有两个目的，一是缩短催芽所需要的时间，二是杀灭种子表皮所附着的病菌。常用浸种方式有以下三种：
（1）温汤浸种。温汤浸种所用水温为病菌致死温度55℃，用水量为种子量的5～6倍。浸种时，要不断搅拌种子，并随时补给温水，保持水温在55℃大约10分钟，而后使水温缓慢降到25℃～28℃，洗净附着于种皮上的黏质。在搓洗种子的过程中，要不断地换水，水温22℃～28℃，一直洗到种皮洁净无黏性、无气味为止。种子洗净后，用钳子或牙等将胚端（即种子尖端上较小的突起）的种壳嗑破，再放入22℃～28℃的水中浸泡，每5～8个小时换水1次，浸种8～12小时后将种子捞出催芽。
（2）热水烫种。冬瓜种子的种皮坚硬且厚，吸水能力差，在种子充分干燥后，将其放入70℃～75℃热水中烫种，水量不超过种子量的5倍，用两个容器将热水来回倾倒，最初几次倾倒的动作要快和猛，以迅速降低水温，当水温降到55℃时再改为不断地搅动，并保持这样的水温10分钟。此后，按照温汤浸种的方式进行搓洗、破壳和浸种。
（3）药剂浸种。用药剂浸种消毒前，先将冬瓜种子放入25℃～28℃清水中预浸5～6小时，再浸入药剂中，最后将种子捞出洗净，以后按照温汤浸种的方式进行。