扁山药播种适宜深度，一般为10～15厘米。砂性土壤以13～15厘米为宜，不仅发芽出土整齐，且产量最高，块茎生长整齐。要是深植到20厘米深，产量和质量都会明显下降。壤土或较粘的土壤要浅播，可控制在10厘米左右的深度，但不能浅于5～7厘米，否则，极易受到干旱威胁。
若播种深度少于7厘米，则吸收根在这样浅的土层中不能正常伸长，或由于表层土壤干燥而停止发育。同时，由于土层过浅，幼茎没有用力便能出土，苗株不甚固定，左右摇摆，地下块茎有相当比例不能深入土壤下层，在表层长成畸形山药。
在播种深度超过15厘米时，吸收根在地下15厘米处展开，和地面距离较远，气体条件抑制幼根的生长，使幼根的数目、粗度和长度都受到影响。同时，由于土层较厚，幼芽要通过15厘米的土层才能伸出地面，消耗营养过多，以致延迟出土，植株生长弱，块茎较小。