长山药的播种位置在土层下5厘米处，吸收根多在10厘米左右土层里向四周伸长，因此，施肥需集中在浅土层内，而且最好分次施入肥料，不要1次施用过多。
施用基肥，可以在做垄前普遍施用一半，另一半在播种后施用。施肥的位置应离开种薯15厘米的距离，围绕种薯施在20～30厘米宽的圈带上。可将全部肥料的1／5，在播种时集中施于种薯周围或两边；在茎蔓长到1米长时，再将1／5的肥料在垄中撒施；在覆盖地膜或稻草前，将2／5的肥料在全垄施用；剩下的1／5肥料，在6月底或7月初施用。施肥方法，一般结合灌水和中耕除草进行。
有的将一半肥料作为基肥施于种薯两侧，剩下的一半肥料作为追肥，在中耕除草时离开种薯位置20厘米处施于两侧。覆盖地膜的可施肥于垄间，覆盖稻草的可在地上撒施。施用氨肥应该谨慎，因氨肥易诱生畸形薯。