（3）土壤肥力来源不同。有机食品生产土壤肥力的主要来源包括没有污染的绿肥和经高温堆肥等方法处理后的作物残体，没有虫害、寄生虫和传染病的人粪尿和畜禽粪便以及经过堆积处理的食物和林业副产品；AA级绿色食品生产土壤肥力的主要来源包括堆肥、沤肥、厩肥、沼气肥、绿肥等农家肥；无公害食品生产土壤肥力的来源包括上述有机食品、绿色食品允许使用肥料种类，并允许使用其他肥料。
（4）病虫草害防治手段不同。有机食品生产的主要防治手段包括作物轮作及各种物理、生物和生态措施；绿色食品生产的主要防治手段是在生产过程不使用或限量使用限定的化学合成农药；无公害食品生产的主要防治手段是除以上防治措施外，提倡生物防治和使用生物生化农药防治。
（5）标志不同。有机食品标志在不同国家和不同认证机构是不同的。在我国，国家环保总局有机食品发展中心在国家工商局注册了有机食品标志。绿色食品标志在我国是统一的，也是唯一的，由中国绿色食品发展中心制定，并在国家工商局注册。无公害食品标志在我国由于认证机构不同而不同，其中湖北省绿色食品管理办公室拥有的无公害食品标志已在国家工商局注册。
（6）认证机构不同。有机产品由国家认监委批准认可的认证机构进行认证，有南京国环、中绿华夏、五岳华夏、杭州万泰等26家机构。另外也有一些国外有机食品认证机构在我国发展有机食品的认证工作，如德国的BCS。绿色食品的认证机构在我国唯一一家是 中国绿色食品发展中心，该中心负责全国绿色食品的统一认证和最终审批。
（7）认证方式不同。在我国，有机食品和AA级绿色食品的认证实行检察员制度，在认证方法上以实地检查认证为主，检测认证为辅，有机食品的认证重点是农事操作的真实记录和生产资料购买及应用记录等。A级绿色食品和无公害食品的认证以检查认证和检测认证并重的 原则，同时强调从土地到餐桌的全程控制，在环境技术条件的评价方法上，采用调查评价与检测认证相结合的方式。
八、低碳农业既减碳又固碳
联合国粮农组织估计，生态农业系统可以抵消掉80%的因农业导致的全球温室气体排放量。无须生产工业化肥，每年可为世界节省1%的石油能源，不再把这些化肥用在土地上，还能降低30%的农业排放。
由国务院发展研究中心产经部、国家发改委能源所、清华大学核能与新能源技术研究院于9月联合发布的《2050中国能源和碳排放报告》（以下简称《报告》）中称，生态的农业系统能够减少甲烷等温室气体排放，如果发展农村沼气可以减少有机肥处理过程中的甲烷排放，在2010—2050年，沼气替代生物质能和煤炭可使二氧化碳年排放减少307.77万～4592.80万吨，二氧化硫年排放减少13.11万～98.87万吨。退耕还林还草、减免耕、秸秆还田等保护性耕作的生态农业方式，能极大地增加我国的碳储量，改善生态环境，减缓气候变化的影响。
联合国粮农组织高级官员纳蒂娅？西尔拉芭指出，如果全世界都采用了生态有机农业管理，那么农业领域几乎能够达到碳中和状态。如果整个食品行业更多地向本地化和高效利用能源的粮食体系倾斜的话，那么能够抵消掉的温室气体排放量还会更多。
低碳农业不仅可以大大降低碳排放，还可以发挥固碳作用，帮助实现全球的减排目标。所谓固碳也叫碳封存，是指增加除大气之外的碳库的碳含量的措施，包括物理固碳和生物固碳。生物固碳就是利用植物的光合作用，将大气中的二氧化碳转化为碳水化合物，并以有机碳的形式固定在植物体内或土壤中。
土壤包括天然草原本身就是一个巨大的储碳库。通过一些简单的方法进行土壤固碳就可以抵消掉温室气体总排放量的1/4。有机农业和保护性农业等采用的耕作方法，例如免耕或少耕，堆肥或覆盖残留物，将多年生作物用作地被，草场补播，林下种植等，都具有碳捕集和将碳固存子土壤的作用。这些措施可以减少对土壤的干扰，确保土壤覆盖，从而将大气中的碳捕集并储存在土壤和植被中。农业在减少或消除大气中碳排放量的潜力有近90%来自这类方法。
土壤碳库主要为有机碳，它们来自动植物、微生物残体、排泄物、分泌物等，这些成分分解后以土壤腐殖质形式存在，相对稳定。我国有18亿亩农田，按平均容重为1.2吨/立方米计算，如将土壤有机质含量提高1%的话，相当于从空气中净吸收306亿吨二氧化碳。如果用30年的时间来完成这个增长过程，每年耕地可以固定约有10亿吨的二氧化碳。目前我国经济活动排放的二氧化碳约为70亿吨，至2015年将超过100亿吨。按照我国向世界宣布的减排目标，到2020年单位GDP二氧化碳排放减少40%～45%，需要减少28亿～31.5亿吨绝对碳排放。按照保守的估计耕地固碳量的贡献率也能达32%～36%。
耕地固碳是农业产量提高的副产物，技术上也相对容易操作。如果采取综合措施，在30年内使我国耕地土壤有机质含量提高30%～40%，仅耕地一项的固碳，就相当于美国和加拿大两国的总和。据全国多目标区域地球化学调查结果显示，我国土壤平均碳密度为48.8吨/公顷，低于美国的50.3吨/公顷、欧盟的70.8吨/公顷。如果我国土壤碳的密度能够接近现今欧盟的平均值，那么，未来45年我国土壤固碳量累计可达180亿吨碳，基本能够平衡我国因工业化等因素导致超过排放预期的170亿吨二氧化碳。
九、农业生产与土壤碳库
如果将林地或草地转变为耕地，会引起土壤有机碳的下降，因此《京都协议书》把保持稳定的草场和植树造林作为缓解大气CO<sub>2</sub>浓度升高的重要措施。反之，如果在农业耕地上重新生长自然植被，也可以实现地上植被和土壤对碳的固定。
1.休耕与弃耕
耕地的休耕或弃耕有利于土壤对碳的固定。如果休耕地被重新耕种农作物后，土壤有机碳将出现下降，下降的速度与土壤类型有关，黏壤土下降速度很快，而砂壤土下降速度相对较低。如果在弃耕的土地上种植一些四季常绿的植物，就能产生额外的环境效益，如果再配合采用少耕或免耕，将大大提高弃用地的固碳效果。
2.农业施肥
农业施肥会影响土壤碳源的供应量，影响土壤生物活性，因此，必然会引起土壤碳库的变化。定位试验表明，长期施用有机肥料能显著提高土壤活性有机碳的含量。但是，关于施用化学肥料对土壤碳含量影响还没有形成一致结论，有的学者研究认为施用无机肥可以增加土壤有机碳含量，有的认为施用化肥与土壤有机碳含量负相关。耕作方式
有关耕作方式与土壤碳库间的关系也存在不同的研究结论：有的学者认为少耕和免耕措施可以取得双赢效果：既可以降低土壤有机碳的侵蚀，提高农业可持续发展能力，又可以延长土壤中秸秆等有机质的循环周期，降低农业温室气体的排放。还有学者认为，免耕在刚开始阶段，不仅不会提高，还会导致土壤碳库的降低，如果长期实施免耕措施，将有利于增加土壤碳库。
4.作物类型与轮作
种植的作物类型也会影响土壤碳库，这是很多人想不到的。由于不同的作物类型的植被生产力、土壤生物群落等存在差异，因此，作物类型会影响土壤有机碳的积累。美国学者的研究表明，假如生产的粮食全部被消费，那么玉米就属于“碳汇”作物，而大豆则表现为“碳源”。轮作不仅有利于土壤有机碳的积累，而且还有利于改善土壤结构，特别是在轮作中加入草类作物，效果会更显著。
5.秸秆还田
就作物残留物的管理方式而言，焚烧秸秆不仅直接释放碳，还会加快土壤有机碳的分解。秸秆还田则可以缓解土壤有机碳的下降。减少农田二氧化碳排放的最直接有效措施是提高地面秸秆还田的比例。美国秸秆还田率近90%，中国秸秆还田率仅约15%，其结果是，美国农业土壤中有机碳量逐年增加，而中国土壤有机碳量逐年减少。如果地面秸秆还田比率由当前的15%增加到80%，中国农田的碳平衡将会扭亏转盈。
十、让农民增收的低碳农业机制
发展低碳农业实现农民增收主要包括两个方面：一是农民通过实施保护性耕作等措施减少了碳排放，并把碳排放量通过碳交易平台向国内外企业销售，从而获得收益。这也是低碳农业金融功能的实现过程，其中的碳排放权成为了一种金融资产。二是低碳农业实现了产业化，通过低碳化的生产、加工、销售等，生产出农产品，并实施品牌战略，促进农产品销售，从而使农民增收。这两方面无论哪一方面都需要有相关的利益联结机制，才能将企业、碳交易机构、农村专业合作组织和农户联结起来，实现农民增收。
从经济层面来看，建立低碳农业的利益联结机制，保障效益实现的渠道畅通，包括碳汇交易机制、农民合作组织订单机制、农民利益共享机制、低碳农业产业链。
1.碳汇交易机制
碳汇交易，又常称碳交易，是《京都议定书》中规定的清洁发展机制下应运而生的一种减排措施，目前被多个国家和地区所采用，国际市场上已开展了几种碳交易活动，碳交易市场正在不断地发展和完善。为了加速碳交易市场化，有利于我国掌握碳交易的定价权，2008年8月，我国首批环境权益交易机构——北京环境交易所和上海环境能源交易所分别于北京和上海挂牌成立。四川作为碳排放量交易极大的卖方市场之一，面临着碳汇项目开发不足、卖价远低于国际价格的尴尬，这固然有当地重视不够等原因，但更重要的原因是缺乏一个碳交易市场平台，没有建立碳汇交易机制，无法为买卖双方提供充分的供求信息，降低交易成本，实现公平合理定价。四川亟须搭建碳交易市场平台，使碳排放配额可以在该交易平台上公开出售，建立碳汇交易机制，促进碳汇经济的发展。
2.农民合作组织订单机制
订单农业是近年来推进农业产业化经营过程中出现的一种新的生产方式，也是当前农业产业化经营的主导形式，农民通过与龙头企业签订产购合同，实现农业产销的市场化运作。
碳汇项目在农业的推广与发展，大多是以订单农业的形式进行的。但从目前四川订单农业的发展现状来看，农民的市场主体地位还没有真正确立起来，而以政府或龙头企业替代农民作为市场主体，往往出现农户因订单而卖难，企业因订单而亏本的“双输”格局，同时，农业碳汇项目涉及国际交易市场，订单农业将面临更大的市场风险。为了更好地运用订单形式，发展碳汇经济，规避市场风险，农民需要通过合作组织来整合市场主体，聚集生产要素，优化资源配置，壮大经济实力。建立低碳农业的农民合作组织订单机制，就是利用农民专业合作经济组织，以订单的形式，搭建农业碳汇项目交易主体——农户、公司参与国际碳交易市场的桥梁；并通过组织化程度的不断提高，充分发挥低碳农业的金融功能，减少市场风险。
3.农民利益共享机制
农民采取不同途径发展低碳农业，都需要通过利益共享机制获得收益。低碳农业通过碳汇项目实现农民增收，而形成合理的农民利益共享机制是促进农业碳汇项目顺利实施的重要保证。农村专业合作组织与农户签订订单后，通过利益共享机制对低碳农业产业化获取的利润进行一次或多次分配，确保农民的收益，提高农民参与的积极性。农业湿地将带动乡村旅游业的发展，农业循环经济能生产大量的具有市场竞争力的绿色农产品、有机食品等，这些经济收益同样也要通过利益共享机制向参与的农户实施分配。
总体来看，农民发展低碳农业主要有两种增收途径，一是直接销售碳减排指标；二是通过低碳农业产业化发展，获得低碳农产品生产、加工、销售各个环节的收益。相应地，合作组织采用两种利益分配方式落实农民收益，首先是采用契约制度，以相对稳定的碳交易价格，在合作组织与成员之间建立稳定的购销关系，使成员直接通过销售碳减排指标获取收益；其次是实施低碳农业产业化过程中的一次或多次分利制度，将低碳农产品生产、加工、销售各个环节的利润进行分配。
4.低碳农业产业链
农业产业的起始点是农业资源，终点是各种加工而成的农业最终消费品，农业产业链是以农业产品为纽带，从上游到下游联结而成的网状链条，它包括众多的环节和部门，从农业科研部门、农业生产和种植部门，以及农产品的加工、储存、运输、销售部门等，是各种具体农产品链的集合体。
构建低碳农业产业链要注意以下几点：第一，明确政府的角色。目前各地区实行区域农业合作，在区域农业产业链整合过程中，仅靠市场的力量难免造成发展瓶颈，可以在低碳农业产业链发展的初级阶段，政府给予大力支持，随着市场的不断完善，政府逐步退出主导地位，完全由市场主导。第二，正确分析我国国情和各地农业发展状况，在农业产业链整合中提出适合现阶段发展的低碳农业产业链组织方式。第三，目前的农业产业链，都是把工业供应链思想运用到农业中，应当充分考虑到农业与工业的不同，农户作为弱势群体，与企业的力量相差较大，要建立合适的低碳农业产业链运行机制研究，如信任契约机制、沟通协调机制、利益分配机制、激励约束机制研究等。第四，在农业产业链整合中，考虑农产品的固有属性，充分重视农村物流方面的研究。