明代嘉靖四十四年，李时珍时年47岁，开始了筹划已久的搜罗百世，访采四方之行。
这次实地药物查访，李时珍带的是徒弟庞宪和次子建元。
庞宪曾患重病，经过李时珍诊治，无恙后拜李时珍为师。他为人忠厚老成，踏实肯干，又聪慧伶俐，不仅医学上长进快，而且药学上也很有见识。
有时候李时珍陪父治病，不能分身，庞宪常受李时珍之托，到各地采集许多药物标本。
李时珍的二儿子李建元，擅长绘画，可以帮助李时珍现场绘制药物标本图样。
李时珍和徒弟、儿子三人结伴从蕲州出发，先到汉阳，然后取道襄河北上。他们有时搭船，有时乘车，有时徒步，有时又雇几头毛驴骑着漫游。
三个人每天行止不定，遇到药物样本多的地方，就细心考察，多采一段时间。有的时候，会在沿途遇到病人，就停下给人看病，管治不收钱。
如果遇到贩夫、走卒，铃医，就三三五五一起同行，可以提供单方、草药、医疗信息的，就向他们请教，收集可以采录的资料。
因此，李时珍他们往往是走走停停，住宿也无一定，全随考察需要而定。
有一次，李时珍三人乘坐一条渔船出去搜集资料，一位老渔夫听说李时珍是郎中，就从鱼篓中提起一条半大的鲤鱼问李时珍：“郎中先生，你说说，这么大的鲤鱼能治什么病？”
李时珍谦虚地回答说：“我知道一些，但是不全。请大伯告诉我。”
老渔夫说：“这么大的鲤鱼，用它煮着吃，可以治咳嗽，利小便。用来熬粥可以治突然发作的耳聋；用三升醋煮一条大鲤鱼，熬成汁吃，可以消水肿；用鲤鱼血，可以治小儿火疮；把鲤鱼的肠子烧成灰可以驱逐爬进耳朵里的小虫子；鱼鳞还可以治卡在喉咙里的鱼刺呢！”
李时珍笑着说：“老伯前面讲的，我听说过一些。最后一条，我还真不知道，大伯能不能讲讲具体的用法啊？”
“很简单，在鲤鱼脊背上剥36个鳞片，用火焙干，研成末，用凉开水冲服。嘿，那鱼刺自己就会跳出来，可神了！”老渔夫看医生也向自己求教，感觉非常得意。
“这种方法我还真没听说，不过以后我会找机会试试！”李时珍诚恳地说。李时珍凡事都实事求是，知道的就说知道，不知道的就说不知道，从不说假话。
有一回，李时珍为了搞清楚“舍命吃河豚”，到底是怎么回事，向一位渔民请教。
这位渔民为了报答李时珍给他治好过重病的恩情，特别做了一道鲜鱼给李时珍吃。李时珍感觉这条鱼肉质又细又嫩，味道实在鲜美，自己以前从来没吃过这么好吃的鱼。
吃过后，渔民才告诉李时珍说这是河豚，李时珍第一次领略到河豚的可口，只是他仍不知为什么叫舍命吃河豚。
渔民告诉李时珍，吃了河豚的脂油、内脏，会使人舌头发麻；吃了河豚的鱼子，会使人的肚子发胀；吃了河豚的眼睛，会使人眼睛发花。总之，如果吃河豚不得法，就会送命的。
李时珍根据渔民介绍的经验，他使用“油麻，子胀，眼睛花”的谚语来告诫人们，吃河豚千万要小心，这些部位不清除干净，吃了就会中毒，甚至死人。
李时珍还亲自下过煤窑，到过炼铅炼汞的作坊，研究矿山工人中毒现象和职业性疾病。
李时珍把许多植物连根采回来仔细研究比较，发现萃、莼、萍属同一类，猪羔草、稀莶草、地菘也属于同一类。
李时珍还从药农那里搞清楚了泽漆和大蛾，原来它们并不是历代本草记载的那样，是同一药物，而是两种不同的药物。
从道士那里，李时珍学习了异汞、土黄，即砒剂的制作方法和药用价值。
从铃医那里，李时珍知道了麻黄、蟾酥毒的药用方法，从猎人渔夫那里知道了许多动物脏器的药用价值。
李时珍、庞宪、李建元三人背着药筐，到山林、田野、江湖、工矿去观察、采集药物标本，广泛收集民间治病的经验，虚心向各地老百姓学习、请教。
农民、渔夫、猎人、樵夫、药农、果匠、工匠、矿工、串街铃医、山野道士，都成了他们的老师和朋友。
有一次，李时珍借住在一户人家，这户人家有个小孩，脸颊发黄肿胀，一副无精打采的样子。
李时珍心想，从外表看，这小孩可能得了“小儿积食”，等这次上山采药回来，得空给这小孩子治治。
十来天后，李时珍一行三人从山上回来了。李时珍正惦着给这孩子治病呢，谁知道他发现孩子走近他时，竟然红光满面，欢蹦乱跳没有一丝病容了。
李时珍好生奇怪，便忙问孩子的父亲：“大叔，你这孩子服过什么药，好得这么快？”
这个四十开外的庄稼汉，回答得十分干脆，他说：“这孩子没有服过什么药。不瞒您说，我们家太穷了，哪来钱请郎中和买药呢？”
李时珍十分纳闷，又找来这孩子问道：“这十来天，你除了在家吃饭外，还吃过什么东西？”
小孩摇摇头，没有说话。他把手伸进衣兜里，忽然，好像想起了什么似的：“啊，我想起来了。”
小孩一面说，一面从衣兜里摸出几个小红果子来，他说：“前几天，我到山上玩，看见小树上结着许多这种红果子，摘下一尝，酸甜酸甜的。这几天我天天都上山摘它来吃。不信，你也尝尝。”
孩子把果子递给李时珍。
李时珍接过果子一看，认出这是十分普通的野果山楂。
小孩的父亲见李时珍端详山楂，便说道：“这几天，见他衣兜里常装着这种果子，我没在意。我也纳闷，小孩的胃口怎么好了，面色也好多了，敢情是吃了这种果子吧。”
于是，李时珍在笔记里，把孩子的病状及吃了山楂的变化详细地记了下来。
山楂能开胃健脾，从此便被推广开了。