此后几年里，万历对来自文官集团的要求他遵守祖制的奏事者采取了无情打击的态度，他“一怒而斥谏官十一人，朝士莫不骇叹”。但上书奏请者依然有增无减。万历无奈，只得答应于万历二十一年（1593年）春册立朱常洛为太子。可到了这一年，他又以讨厌群臣吵闹为由食言了。等到群臣真的不再为此事争闹，盼着他真的兑现诺言时，他又说要等明明没有生育能力的皇后生了子时再立。等了几年皇后当然没法生出孩子，他又回到皇长子身体虚弱的老路上来。明人谷应泰说：“自古父子之间，未有受命若斯之难也。”确实乃其真实写照。
由于地位长期得不到确立，皇长子朱常洛“失意于上之所昵，其启祥处反不若庶人”。据记载，有一年他出阁读书时，正值寒冬时节，冰天雪地，伺候他的太监们在另外一间屋里围着火炉喝茶聊天，却没人给这位皇长子生火。当时他穿的是一件普通的狐裘，冻得全身发抖。讲官郭正域看不下去了，气得大发雷霆，太监们才慢腾腾地出来生炉起火。
等到后来，万历不得已而立了朱常洛为太子，但这位太子的命运并没有根本性好转，就连他的大婚，万历也托病不去，闹得朱常洛只得和老婆相对垂一把辛酸泪。
皇帝缘何消极怠工
当张差莫名其妙地冲击太子的慈庆宫行凶的梃击案发生后，虽然一开始被认为是疯人闯户，事出偶然，但一部分早就对万历宠爱郑妃而冷淡太子不满的文官却认为这里面应该有一个巨大的阴谋。刑部主事王之寀认为：张差定非疯人，而是受到郑贵妃宫中太监庞保和刘成一伙的指使，意在“谋危太子”。兹事体大，不可不察。这一案件至此有了意想不到的变化，大明的病变进一步加深：
五月初四，杖击案发，张差被交到东华门把总处收容审查。
五月初六，巡视皇城御史刘廷元上奏认为，张差言语疯癫，提出张是疯子。
初十，刑部审讯张差，定为死罪。
十三日，刑部主事王之寀上奏认为此案系有阴谋。
十六日，户部郎中陆大受要求万历穷究首恶，并在疏中第一次用了“奸戚”一词，暗指郑贵妃之兄郑国泰。郑国泰立即上疏辩诬。
十七日，刑部再审张差，认为张差是疯人。但此时王和陆的奏疏已引起京城议论沸天。
二十日，刑部第三次审张差。张差招供指使他的是郑贵妃宫中太监庞保与刘成。张差说，庞保和刘成指使他说，“打上宫去，撞一个，打一个，打小爷，吃也有你的，穿也有你的。”群臣大量上疏要求万历深究。万历开始感到不安。
二十六日，万历下旨谕内阁，为此案定性为“疯癫奸徒张差……不得株连无辜，致伤天和。”
万历公开表态之前，太子朱常洛也认定张差梃击东宫必有主使，而万历得知太子的看法后，勃然色变。太子闻知，吓得面如土色，连声说：“此事只有张差身上了结足可。”并跪在地上，连说三遍“儿岂敢得罪于天地”。
万历为了向外表明他与太子之间并无隔阂，以封众臣之口，特地让太子带着皇长孙朱由校（即后来的天启帝）和朱由检（即后来的崇祯帝）在早朝时与大臣们见面。这次见面，又发生了令人可怖的一幕：正当万历装出和蔼可亲的样子表现一个父亲和祖父的亲情时，御史刘光复想拍万历的马屁，当庭尖着嗓子不知喊了一句什么，处在极度烦躁之中的万历没听清这位臣子喊的是“陛下极慈爱，皇太子极仁孝”，以为这些该死的文官又在顶撞或是嘲笑自己，不由得龙颜大怒，命护卫太监将这位倒霉的御史当场打个半死，后来以大不敬之罪处了极刑。
总之，这件糊里糊涂的梃击案，后来以处死张差和庞保、刘成两名据说是幕后指使者了事。到底张差是有人指使还是疯癫发作，当时的人都无法搞清楚，今天就更不用说了。但是，这一事件无疑向整个帝国的臣民们表明，当今圣上天子与文武大臣之间的矛盾已经到了白热化的程度。大臣要坚持祖宗家法，万历则“欲以神器酬晏私爱”，即因爱郑妃而欲立福王，两者相争，最后是祖宗家法和文官集团的执著打败了皇帝的无上威权。万历在位长达四十八年，当大臣们为了争夺太子的册立而使他不快时，他采取了几千年来皇帝中最独具特色的办法进行还击：即用罢工来回敬臣子。
黄仁宇说，以皇帝的身份向臣僚做长期的消极怠工，万历在历史上是一个空前绝后的例子。其动机是出于一种报复的意念，因为他的文官不容许他废长立幼，以皇三子常洵代替皇长子常洛为太子。他的这种消极怠工当然没有通过圣旨表露出来，但他的臣民们无不一清二楚。在杖击案前后，这种势头发展到了无以复加的地步。
在不得不册立自己不喜欢的女人所生的儿子朱常洛为太子之前，万历想和臣子们打一场持久战，企图用长时间的消极怠工和威逼利诱来迫使文官集团屈服，最后却是他失败了。他的失败和不得不立朱常洛为太子显然是带着仇恨的，这种仇恨导致了他进一步的怠工，进一步故意与文官集团闹别扭。
皇帝仍然是皇帝，但是再也不愿意做任何事情使他的文官快意了，这样的情形竟然维持了二十多年！自1585年以后，除了仅仅于1588年到定陵看了一下自己的坟墓外，三十多年的时间里，万历竟然没有走出紫禁城一步，创造了自古至今的最高纪录。这个活死人式的皇帝的这种离奇生活方式，以至于有人怀疑他可能染上了毒瘾，躲在深宫里吸毒。但史实更多地表明，他并不吸毒，而是在躲避，在罢工。他之所以成了活死人还没有腐烂，仅因为他在天气晴好的日子里，也和宫女们玩一会儿赌钱的游戏。
当是时，臣子们抗议的奏章像雪片一样飞入宫中，但万历根本不加理睬，因为他明白，只要他在奏章上加上任何一道朱批，不论是激烈的驳斥还是冷静的分析，不论是驳斥还是表扬，都只会招来更多的批评，这正好中了抗议的文官们的奸计，使他们达到沽名买直的目的而又暴露了自己缺乏雍容大气的胸怀。故此，《明史》中也称：“盖时帝倦勤，上章者虽千万言，大率屏置勿阅故也。”
这种前无古人后无来者的怠工造成的恶果是无法计算的，《明史·田大益传》中称：万历三十年，“时两京缺尚书三，侍郎十，科道九十四，天下缺巡抚三、布按监司六十六、知府二十五。大益力请简补，亦不听。”我们平常只听说某个时代官员太多，像这种差缺如此之多高级官员的时代，的确是万历所创造的人间奇迹。
此后，这种“人间奇迹”更是到了登峰造极的地步：1610年，中央政府六个部，只有刑部才有部长，其他五个部全没有。六部之外的都察院长官都御史则空缺十年以上。锦衣卫没有一个法官，囚犯们关在监狱里，有的长达二十年之久也没有人问过一句话。他们在狱中用砖头砸自己，辗转在血泊中呼冤。囚犯们的家属聚集在长安门外，跪在地上遥向深宫中他们认为是神圣天子的万历号哭哀求，连路人也跟着他们哭。但万历没有任何反应。
宰相们一再上奏章请求委派法官或指定其他官员办理，万历充耳不闻。不但请求任用官员的奏章万历不理不睬，官员们辞职的辞呈，也同样置之不理。宰相李廷机年老多病，连续上了一百二十次辞呈，万历却一个字的批示也没有。最后他不辞而别，万历也不追问，好像从来就没有这回事。1619年，辽东经略杨镐四路进攻后金，在萨尔浒大败，阵亡将士五万人，开原和铁岭相继失守，沈阳危在旦夕，北京为之震动。全体大臣跪在文华门外苦苦哀求万历批准增发援军，急发军饷，万历不睬，大臣们又转到思善门痛哭，同样没有任何结果。这种被柏杨称为“断头政治”的万历怠工模式，一直持续到次年万历去世才告一段落。
万历所宠爱的福王朱常洵没能如愿作为储君，而是被封到了河南，土地多达两百万顷，大概也创下了历代藩王的记录。万历三十二年，这位福王结婚时，婚礼的费用是白银三十多万两，相当于当时这个帝国年财政收入的百分之十，同时也是万历本人大婚费用的四倍多。等到后来李自成义军打下洛阳，扬眉吐气的义军把福王像杀猪一样宰了，和着鹿肉与福王的肉一起煮食，称为福禄（鹿）宴。
历尽三十年艰辛才登上皇位的太子朱常洛，继位仅一月便死于急性肾炎。他的长子朱由校继位，但基本是一位糊涂天子，反倒是木工手艺当世无匹。几年后，朱由校亦暴死，轮到了朱由检，也就是崇祯。这位当年被万历搂在怀里以示圣上仁慈的孩子，是大明十几位皇帝中个人素质最好、也最为敬业的一个，但他因励精图治而亡国亡身。
黄宗羲说，帝王之害，近者祸及自身，远处祸及其子孙。这一切，如果细细地算起来，万历是脱不了干系的，因此就连明史也公允地说：“……因循牵制，晏处深宫，纲纪废驰，君臣否隔……以致人主蓄疑，贤奸杂用，溃败决裂，不可振救。故论者谓明之亡，实亡于神宗（即万历——引者注），岂不谅欤！”
导致大明死亡的病毒，正是在万历时代染上的。只不过，他长达数十年的潜伏期没有让万历自作自受，而是报应在了他的孙儿身上。