1956年，在所谓“三大改造”（私营工商业、个体手工业、农业）基本完成之后，工业化也取得了若干成绩，中国共产党提出了“知识分子问题”，也就是说开始考虑“知识”的重要性了。1954年秋，我父亲因参加“批判胡适”的会，可能受到某种刺激，而患脑溢血，昏迷近一个月，之后一直在病中。到1956年夏，父亲身体有所好转，可以开始做点研究工作，他希望我能回北京大学帮他整理文稿。同时还有两个单位希望调我去工作，一个是当时的高级党校（即今天的“中央党校”）；另一个是中国科学院计算机研究所。我曾于1955年在高级党校学习过半年哲学，党校的教员认为我学得很不错；说实话，我当时的马克思主义教条的水平大概比一些教员的水平还高，因为我念的书比他们多。计算机所的负责人胡世华教授是我的老师，我曾是他“数理逻辑”、“演绎科学方法论”班少数几个坚持到底的学生。胡世华先生希望我去他们的研究所，从哲学方面研究逻辑问题。那时我自己也想离开中共北京市委党校，因为我渐渐觉得教马克思主义哲学没什么意思，党校教书要求完全按照苏联的教科书来教，简直是完全背教条。由于父亲的原因，我在1956年10月回到北京大学哲学系中国哲学史教研室工作。当时教研室主任是冯友兰。给我的任务就是帮助我父亲整理和编辑他的文稿。在1956年冬和1957年初，我帮他把《魏晋玄学论稿》编好，主要工作是核对引文，其他很少做什么了。这本书于1957年6月出版。在这段期间，我还帮助哲学系做了一些“中国哲学史讨论会”的筹备工作。这是中国大陆召开的第一次关于“中国哲学”的讨论会。当时举办这次会是想活跃“学术”空气，然而实际上这次会议不仅学术空气没有活跃起来，反而开成了一次批判学术的会议。在会上冯友兰提出对哲学遗产的抽象继承法受到了关锋、孙定国、胡绳等人的批判。我也为这次会写了篇文章，对主张旧道德也可以继承的观点进行了批判。这次会议的论文后来编成了《中国哲学史讨论会论文集》，由中国社会科学出版社出版了。我的那篇文章也被收入《论文集》中，这是我在1949年后发表的第一篇所谓的“学术论文”。
1957年春，由于苏联批判斯大林，东欧也发生了对现政权的批评，“社会主义阵营”的社会出现了某种“解冻”的现象，这对中国大陆特别是知识界和青年学生不会不发生影响。在这种情况下，中国共产党中央和毛泽东提出了在文艺和学术上的“百花齐放，百家争鸣”的口号。我们这些毫无政治经验的知识分子真的以为学术研究的春天来到了。许多知识分子和青年学生抱着爱护国家的目的，提出了现在看来是完全正确的意见，但大概谁也没想到毛泽东用的是“引蛇出洞”的“阳谋”，从而把几十万知识分子和青年学生打成了“右派”。这无疑是中国有史以来最大的冤狱。
我的妻子乐黛云也被打成了“右派”。在我得知她要被划成“右派”时，我打了一个电话给当时中文系的党总支，我说，我想和他们谈谈，我不认为乐黛云会“反党反社会主义”。他们并没有和我谈，而是向哲学系党总支报告了我不能和乐黛云划清界线。于是，哲学系党总支也据此给了我一个“严重警告”的处分。当时，乐黛云刚刚生下我们的第二个孩子汤双，在这种情况下却要她接受那些莫名其妙、胡言乱语的批判。批判她的人有的是她的老师，有的是她大学时的同学，有的是她的学生。这些人本来应该对她很了解的，而这时唯恐发言不积极而落得一个“右倾”的称号。为什么“人性”被异化到如此之程度？
乐黛云不仅被划为“右派”，而且是等级很高的“极右派”。她的“罪名”是和中文系其他一些青年教员一起要办一份文学的“同人刊物”，这个刊物并没出来，只是大家报了一些想写的题目，后来因为“反右”开始，而没有办成。在大家报的题目中，有两个题目被认为是最严重的“反党反社会主义”的，一篇是《对〈延安文艺座谈会上的讲话〉的再探讨》，说真的，中国大陆的文艺所受之苦，难道不应该对这个《讲话》再探讨？另一篇是《一个司令员的堕落》，这仅仅是要写“一个”司令员之堕落，难道仅仅只有“一个”司令员堕落吗？乐黛云要写的是一篇关于郭沫若文学研究的文章，但由于她是组织者，因此被划成了“极右分子”。当时，所有的“右派”都要下到农村去劳动，也许因为我父亲当时还是北大副校长的缘故，准许她在汤双八个月时再下乡去劳动。1958年春，我已经和哲学系的同学一起到北京南郊大兴县去劳动了。我们下乡去劳动叫“劳动锻炼”，不像“右派”下乡叫“劳动改造”。8月底，有一天晚上我从大兴县溜回家，想看看乐黛云和我们刚刚八个月的儿子汤双，但到家后，才知道乐黛云于前一天被遣派到农村劳动改造去了。一天也没有多，八个月就让乐黛云下乡去了。我看着我那睡在小床上的儿子，我把他抱起来，在房子里来来回回地走，满眼含着泪水。人呀，为什么这样残酷！？
“反右”使得多少人家破人亡，有的自杀了，有的因不服“罪”而被枪杀了，为此夫妻离婚的不计其数。而我始终不相信乐黛云是“右派”。乐黛云去劳动的地方是北京西郊的门头沟区，她要三个月才可回家两三天，我就常给她写信，并且在信封上仍然写着“乐黛云同志收”。有一次，我让一位同学帮我发信，他看到信封上有“同志”两字，就向哲学系党总支报告了，因此在1959年的“反右倾运动”中，我又受到批判。现在回忆起这些往事，真是让人啼笑皆非，它是悲剧？闹剧？或者更是一幕丑剧？