纪晓岚被发配到新疆乌鲁木齐充军，其同谋王昶则被乾隆皇帝秘密革职了。还好，天无绝人之路，王昶之师阿克敦的儿子、时任云贵总督的阿桂看王昶怪可怜的，就把他带往军营效力，随军转战云南和四川。王昶八年后又重新担任了公职，直到晚年安然退休。
关于纪晓岚被发配到新疆乌鲁木齐充军一事，这里还要纠正两种流传已久的错误认识。
第一种错误认识是来源于电视连续剧《乾隆王朝》的第三十二集。
艺术源于生活，高于生活，本无可厚非；但这部剧作的影响太大，人们快把里面的故事当成真实的历史了。这就需要历史工作者去澄清，否则就会谬种流传，贻害无穷。电视连续剧《乾隆王朝》里关于此事的主要谬误有两处：
一个是办案人员错位。剧中审查纪晓岚通风报信案件的是刘墉，而不是刘墉的父亲刘统勋。这是绝对错误的。查相关史料，犯案前的纪晓岚担任翰林院侍讲学士，是个从四品的官；而刘墉担任的是翰林院编修，是个正七品的官，还没有办这案的资格。
二是案发原因错位。剧中纪晓岚被发配新疆的原因似乎是他为了避开乾隆皇帝的两个儿子接班之争，而故意把一件已经结案多年的旧案重提，自揭老底，自愿发配新疆。这当然是演绎。
第二种错误认识来源于《纪晓岚全传》。《纪晓岚全传》本来是一部小说，里面虚构一些情节也是无可厚非的。但其中虚构纪晓岚得罪和珅这一情节则完全不符合历史事实。纪晓岚通风报信案发生时，和坤才刚满十八岁(这一年他刚刚结婚)，还没有参加工作呢，哪里来的和纪晓岚结怨一说呀。
“董”字谜与新疆往事野史上记载，纪晓岚刚刚被审出来是通风报信之人时，他曾经找_r一个算命先生算命。算命先生让纪晓岚写一个字，纪晓岚写了个“董”字，算命先生说他要被发配到几千里地之外草木丰盛的地方去。
果不其然，纪晓岚被发配到了新疆。
这个算命先生拆字算命真的准吗？非也！因为当时的官员犯法，只要不是死罪，一般都会被发往新疆地区，这在当时是一个常识，根本就不用算。
去新疆前，纪晓岚思绪万千。因为是发配，所以按照规定只能带些随身用的衣物，而不能带其他物品。纪晓岚多次上呈乾隆皇帝，请求随身携带与他相伴多年的一方古砚，最终得到了特批。纪晓岚很是高兴，临行前在砚首自题砚铭：“枯砚天嫌似铁顽，相随同出玉门关。
龙沙万里交游少，只尔多情共往还。”唉，身陷逆境，远离家乡，亲朋旧友随之而远，只有怀揣的砚台相随相伴，成为苦闷中的“朋友”。
此时，纪晓岚百无聊赖，感慨人生，觉得从此“山穷水尽”可能再无返北京之期了。但他转念又想到“读万卷书，不如行万里路”，就痛快地上路了。
纪晓岚流放到新疆的时候，大小和卓的叛乱刚刚被平定，清廷在新疆设立了伊犁将军，管辖全疆事务，首府设在伊犁。这时的乌鲁木齐作为一个扼天山南北路的屯垦中心，主辖南疆事务。乌鲁木齐还有一个乾隆钦定的城名，叫“迪化”。作为戍边屯垦之城，乌鲁木齐当时的格局是一个大大的“田”字，中心大十字是南北东西四条大道，通向四个城门。那时的乌鲁木齐给纪晓岚留下了很好的印象：“到处歌舞到处花，塞桓此地擅繁华。”在新疆的两年多里，纪晓岚还存有以一个诗人身份采风的念头，他留心博采，“追寻见闻”，写出了大量的诗作。后来，这些诗作集结成为闻名遐迩的《乌鲁木齐杂诗》一百六十首。纪晓岚的这些诗为清代诗坛带来了新鲜的气息，其功力深厚，非他人可及，极具文学价值和史学价值。诗中也记载了许多新疆地区的风土人情。
不但如此，为聊以消闲，他还“时作杂记”，寻访所能见到的当地各界人士，将他们的所见所闻记载下来，力求每一条都有根据、有来历。后来他将这些文字悉数收入《阅微草堂笔记》中。
《阅微草堂笔记》记载有他被流放到新疆时碰到的两件事。
第一件事是采金。新疆北部阿勒泰地区当时有金矿，很多关内流民都跑去淘金。这事被清政府驻乌鲁木齐的大臣知道了，找来谋士商量着怎么从中捞油水。有个谋士出了个馊主意：通往阿勒泰产金区就一条路，派兵把守住关口，不准运送粮食进去，里面的人一旦没有粮食，就只有乖乖地出来。清政府驻乌鲁木齐大臣接受了这个建议，派兵把守路口，不准将粮食往里运。这下糟了，里面有好几万人，粮食一短缺，人心就乱了。他们翻山越岭出来，不少人成了土匪，到处抢掠。清政府派兵去围剿，打了好几年仗，军饷花费了无数。
后世的经济学家们常用这个例子来说明违背客观经济规律造成的后果的严重性。他们说，只要顺着经济规律，其实很好办。既然只有一条路可以进去，那么在门口设个关卡，采金人要出来，照章纳税就行。这样，百姓有了收入，国家也有了收入。
第二件事是春耕。有一年春耕时，当地的牛很少，怕误了春耕，有谋士建议，说新疆人都爱吃牛肉，如果禁止宰牛，耕牛就多了。清政府驻乌鲁木齐大臣听从这个建议，就下达了宰牛禁令。结果，整个新疆那一年都不养牛了，牛的数量非但没有增加，反而更缺了。不得已，过了一段时间又把这个禁令取消了。
经济学家们也经常用这例子告诫人们，一定要遵循客观规律。现在有些投资或经营管理的失误往往也是在这点上。
在新疆的两年多里，纪晓岚的人生观、价值观发生了质的变化。
对君主的反复无常、仕途的险恶、人情的冷暖，纪晓岚都有了深刻的认识。
新疆毕竟是在塞外，那个时候开发得还不是很好，还是一个苦寒之地。纪晓岚想回北京。可要回北京，说起来容易做起来难呀。
一个千锤百炼人乾隆三十五年(1770年)对纪晓岚来说，是～个转换命运、扭转乾坤的幸运年。这一年，纪晓岚从新疆乌鲁木齐回到了北京。机缘就在于《四库全书》的编纂工程浩大需要一个博闻强识的人，再者又有纪晓岚恩师刘统勋的推荐。这样，纪晓岚才得以机会回北京。乾隆皇帝让纪晓岚暂且在翰林院充任编修(正七品)，让他做编纂《四库全书》的前期准备。等时机成熟，又恢复纪晓岚侍读学士之职，授命他为四库全书的总纂官。
纪晓岚重回北京，重见师友。刚刚回到北京时，纪晓岚门前冷落，寂寞依然，他仍习惯与砚石相伴：“万里从军鬓欲斑，归来重复上蓬山。自怜诗思如枯井，犹自崎岖一砚间。”阔别十六年的老友聂际茂，七十一岁了，还特地从山东赶来拜访。纪晓岚感动之余，无以为报，惟有以诗作答所看到的人性之光：“如今始识天下士，此人此艺今皆无。”对纪晓岚有伯乐知遇之恩的刘统勋也送来一方砚表示问候。
在回北京的前前后后，纪晓岚感慨万千。想想，其实新疆也留给了他很多难忘的经验：
第一，丰富了生活阅历，为日后创作奠定了基础。除了当时就已经集结出版的《乌鲁木齐杂诗》，纪晓岚还为今后写作《阅微草堂笔记》
搜集了诸多真实可信的素材。
第二，增加了对普通百姓的理解。纪晓岚在新疆的两年多，作为一个犯人，经常与普通百姓接触，在接触中，纪晓岚开始理解他们的冷暖、关心他们的疾苦。现在可以看到纪晓岚写有大量的关于这个方面的诗文，如“读书好，耕田好，学好便好；创业难，守成难，知难不难”。纪晓岚送给铁匠的春联：“三问东倒西歪屋，一个千锤百炼人。”纪晓岚送给理发店的对联：“虽然毫发技艺，却是顶上功夫。”最重要的是，两年多的新疆之旅使纪晓岚的处世逐渐向他的师兄刘墉看齐，越发地油滑起来。两人的关系也日益融洽起来。
纪晓岚出自刘墉之父刘统勋的门下，两人有师兄弟之谊。纪晓岚才思敏捷，刘墉的字写得很好，故而纪晓岚常请刘墉写对联送给自己，比如“浮沉宦海如鸥鸟，生死书丛似蠹鱼”一联，是纪晓岚非常钟爱的诗句，他在生前曾将此诗作为自挽联。纪晓岚去世后，刘墉就将其写下来，作为挽联送去。
刘墉与纪晓岚都好收藏砚台，两人间时时相赠唱和。乾隆五十七年(1’792年)，刘墉赠给时任都御史的纪晓岚一方砚台，还特意在上面题识，而书之以铭文“石理缜密石骨刚，赠都御史写奏章，此翁此砚真相当”。嘉庆八年(1803年)，刘墉又送给纪晓岚一方砚，称：“送上占砚一方，领取韩稿一部。砚乃朴茂沉郁之格，譬之文格，为如此也。”纪晓岚也有这方面的记载，刘墉送他一方砚，左侧有“鹤山”字样，刘墉认为是宋代的东西，可纪晓岚并不以为然。刘墉又说：“专诸巷所依托，不过苏黄米蔡数家耳。彼乌知宋有魏了翁哉？”大意是说，仿照宋代的古董，一般都宣称是苏东坡、米芾等人的东西，怎么会假冒魏了翁的名号呢？纪晓岚承认刘墉所言“是或一说矣”。嘉庆九年(1804年)，刘墉去世前还给纪晓岚送过砚，纪晓岚在砚上题词：“余与石庵(刘墉)皆好蒂砚，每互相赠送。亦互相攘夺，虽至爱不能割，然彼此均恬不为意也。太平卿相，不以声色货利相矜，而惟以此事为笑乐，殆亦后来之佳话欤？”除了写诗赠砚，纪晓岚和刘墉两人还经常在一起佛法。两人感情很深，私交很好。
纪晓岚的伤心事在回北京的前前后后，还有很多令纪晓岚悲痛的事：
第一件不幸的事，是在流放新疆时，他的大儿子纪汝佶死了，年仅二十几岁。这里说一下，一般认为纪晓岚有四个儿子，长子就是纪汝佶，次子名字叫纪汝传，三子名字叫纪汝似，四子名字叫纪汝亿。还有一种说法，说纪晓岚只有三个儿子，纪汝亿并不是纪晓岚的儿子。此外，纪晓岚还有三个女儿：长女嫁给了前两淮盐运使卢见曾的孙子卢荫文；次女嫁给了山西按察使袁守诚之子袁煦；三女儿原本要嫁给与纪晓岚既是同乡又是同年的戈源的儿子，但还没有来得及成婚，她就天折了。
第二件不幸的事，是纪晓岚刚刚回到北京时，他的一个叫郭彩符的爱妾死掉了。纪晓岚十分宠爱她，在《阅微草堂笔记》里面多处提到过她。郭彩符的死对纪晓岚感情上的打击是非常大的。
这里可以对纪晓岚的生活情况作一些补充介绍。
人们常用两句话来形容纪晓岚：第一句话是说他“铁齿铜牙”。这个我们在前面考证过了，是讹传的。纪晓岚这个人虽然很聪明，却有些口吃，是个很有意思的人。第二句话是说纪晓岚“风流”，这可是真的。纪晓岚确确实实是一个非常风流的人，他一生共有一妻六妾，平时在身边至少也要有四五个小妾。而且乾隆皇帝也知道他的这个爱好，在纪晓岚修纂《四库全书》期间也常赏赐给他女人。纪晓岚本人也曾直言不讳地承认自己风流成性。大家去看他的集子，包括他给堂兄写的墓志铭里都有这方面的记载。纪晓岚的堂哥一生无二室，一直忠诚于他的妻子。纪晓岚说他自己就做不到这一点，确实是很直言不讳。
不仅如此，到他在北京的住所(也就是我们通常所说的“纪晓岚故居”或“阅微草堂”)看看，里面还存有他的爱情信物。在纪晓岚故居的院子中央有一株海棠，这株海棠记载了一段风流韵事：纪晓岚少年时，曾与四叔家的一个名叫文鸾的婢女有私情，二人在海棠树下海誓山盟，却终因文鸾家索要的彩礼太高而未成眷属，文鸾忧伤而殒。纪晓岚后来纳了一妾，名叫明棠，长相酷似文鸾。因此他在宅内种下两棵海棠，一棵纪念文鸾，一棵比作明棠。其中一棵“文革”中改造老房时被砍，现在只剩下一棵，已高有数丈。
第三件不幸的事，是纪晓岚回到北京后，他家的狗被误杀了。这条狗名叫“四儿”。据说，在纪晓岚被贬到新疆时，这只狗也跟他远征了，白天黑夜不离左右，成为患难之交。纪晓岚返京后，每次他的仆人晚上喝酒或者拿主人的东西，此狗就狂叫不已。仆人们生气，就把它杀了。纪晓岚知情后极为恼火，厚葬该狗，还写了“师犬堂”的牌匾挂在仆人们的房子里，让他们学习狗看家护院的本领。
让他难过的还不仅仅是这些，从这时开始纪晓岚要天天与和珅打交道了，尤其他还是和珅的下级。