林彪叛逃后，周恩来立即给各大军区打电话，回话最快的是许世友，他在电话中向周恩来保证：“报告总理，我已下令占领南京的全部机场，请总理放心。”
第二个表态的是心虚的广州军区司令员丁盛。丁盛不知周恩来在人民大会堂，电话仍然打到总理办公室。那天正好是纪东值班，纪东接完电话，就电告在人民大会堂警卫周恩来的高振普，说：“不知怎么搞的，丁盛在电话上说，我无限忠于毛主席闹革命。”高振普将纪东的电话转告周恩来，周恩来第一个反应就是，纪东已经知道这件事了。他当即让高振普通知纪东搬到大会堂来住，以防消息外漏。
林立果的尸体周恩来严守此项秘密，连邓颖超也不让知道。周恩来在人民大会堂一住就是好几天，邓颖超忍不住打电话来问，为什么总不回去，她担心的是周恩来的身体。她特意让秘书提醒周恩来上厕所，不要忙起来就憋尿，搞垮了身体。这是有过教训的。1961年，正是我国粮食困难时期，为了保证干部不害浮肿病，周恩来决定从东北调一批大豆给中央机关司局级以上干部补充营养，因而减少了大豆的出口量。当时一个东德的代表团团长同周恩来谈判，非要增加对他们的大豆出口不可。虽经周恩来反复解释，他们仍坚持多要，双方争论很久，周恩来憋着尿不停地说服他们。因为憋得太久，引起了尿中毒。以后查出周总理患了膀胱癌，不能不说与这些事有关。
周恩来在人民大会堂找吴法宪谈话，要他汇报一下256号三叉戟飞机失事的情况。吴法宪心中害怕，吞吞吐吐，讲不出个究竟，就推说不知道。周恩来严厉地批评他：“你到现在和党还不是一条心。”
随后，周恩来交给吴法宪一些照片，交代他到空军找一些真正懂技术的人，对飞机失事原因进行详细的研究。吴法宪回到空军，就叫训练部长王海牵头，组织了一个专家班子，承担研究任务。
就如何处理同林彪有密切关系的黄永胜、吴法宪、李作鹏、邱会作等人的问题，毛泽东对周恩来说：“看他们10天，叫他们坦白交代，争取从宽处理。老同志，允许犯错误，允许改正错误，交代好了就行。”
但是，黄永胜等人在10天里既不揭发林彪的罪行，也不交代自己的问题，什么都不坦白。10天后，毛泽东把汪东兴找去，问：“黄永胜他们怎么处理了？你去问一问总理。”
汪东兴赶到人民大会堂新疆厅，向周恩来作了汇报，说毛主席催问对黄永胜等人的处理情况。
周恩来让汪东兴等一下，等他接见完外宾后，同他一起乘车去见毛主席。他们来到中南海“游泳池”，周恩来向毛泽东报告说，他们在拼命烧材料。
毛泽东点点头：“是啊，那是在毁灭证据嘛。这些人在活动，是要顽抗到底了！”
周恩来对毛泽东说：“我马上办，今天晚上办不成，明天早上一定办成。”
从毛泽东那里出来，周恩来对汪东兴说：“你不能离开中南海，要严加保卫毛主席的安全。我们有事时可以找张耀祠、杨德中，必要时再找你。”
周恩来分别命令北京军区司令部李德生坐镇空军指挥所，北京卫戍区司令部吴忠负责首都紧急战备。因为两位将军之间没有勾通，还造成了误会。
9月13日凌晨5时左右，卫戍区京郊指挥所向吴忠报告，说怀柔县境内发现一架迫降的直升飞机，机上5人，3人已死亡，另外两人被抓获，一名叫李伟信，另一名叫陈士印，是个副驾驶员，请示如何处置。吴忠立即指示他们：“对机降地域实施戒严，保护好现场，没有中央指示，任何人不得接近。同时注意清点机上物资，不要放过任何一个疑点。”
可是仅过了一个小时，京郊指挥所又打电话来说，直升机附近出现了一支空军分队，说是奉北京军区司令员李德生的命令，要进入戒严区。
吴忠一愣，因为按正常情况卫戍区司令是要兼北京军区副司令的，军区可以构成对卫戍区的指挥权，但现在是非常时期，周总理在下达任务时，没有提到李司令员已派出部队；况且李司令怎么直接指挥起空军来了，事情就出在空军上，怎么好让空军部队进入出事现场呢？他越想越觉得有危险，不能不警惕。于是先斩后奏，他给部队下命令，在查明情况之前，扣留所有人员，解除他们的武装。但是要有礼貌地接待空军同志，告诉他们，我们已奉中央指示处理此事，请他们不要插手。
命令下达之后，他马上给周总理打电话。
周恩来一听吴忠说的情况，竟放开喉咙笑了起来，说：“吴忠同志我没有告诉你，李德生同志是我派到空军去坐镇的。如果真的是李德生同志派的人，请你们好好招待。但在搞清情况之前，暂时不要发还武器。这件事情你处理得很好，就是要保持高度的警惕性。我重申一遍，飞机迫降地域的警戒任务，由卫戍区全权负责。”
吴忠的所有担心一扫而光。
到了下午5时许，现场清理干净。来的空军部队的情况也查实清楚，的确是李德生派来的，因为情况紧急，没有来得及报告中央，因而造成了误会。
根据周恩来的指示，吴忠连夜审讯了李伟信。据他交代：这架直升机起飞后，先是向张家口方向飞行。机上坐着林彪死党周宇驰、于新野、李伟信。驾驶员陈修文发觉他们行动诡秘，有叛逃的迹象，就想往回飞。但周宇驰是懂飞行的，掏出手枪逼迫陈修文继续北飞。就在这时，奉周恩来命令起飞的8架歼—六战斗机临空拦截，并开炮示警，陈修文借口躲避炮火，趁机搞坏了罗盘，重新飞回北京郊区，迫降在怀柔境内。
飞机迫降后，周宇驰发现情况不对，开枪将陈修文打死。周、于、李及另一驾驶员陈士印见大势已去，决计自杀。周宇驰他们提出了两种方式，一种是互杀，一种是自杀。结果都选择了后者。四人把枪对着自己的脑袋。随着周喊“一、二、三”，三声枪响，地上倒下了两具尸体，怕死的李伟信对着天空开了一枪，陈士印根本就没有开枪。
打扫现场的部队还找到一些零星物品，特别是一些信件碎片，都一点一点拼起来。其中有一封林彪给黄永胜的亲笔信，“胜”字只剩半边“生”，缺“月”字旁。吴忠知道此事重大，指示某团团长张前进务必找到。张团长带一个班到现场又找了两个多小时，终于在小雨后泥泞的地上找到了这片比小指盖还小的碎纸。此前，周恩来在人民大会堂曾将这封信给黄永胜看，希望他能悔悟。黄永胜和吴法宪都装糊涂，说没听说空军有叫“黄永生”的人。后来找到“月”字旁，周恩来再次给黄永胜看，黄即瘫坐在沙发上（参阅刘懋功：《梦回吹角连营》，中共党史出版社；曲爱国：《百战将星——吴忠》，解放军文艺出版社）。
9月13日深夜，得到林彪出逃消息的许世友立即将军区副司令员肖永银叫到自己家里——中山陵8号，原为孙中山之子孙科的私宅。这里的客厅特别大，住一个排的士兵也不会显得拥挤；楼上的卧室也特别大，足有七八十平方米。但房里空空的，墙皮都开始剥落。许世友站在卧室门口等候肖永银，一见面就神秘地说：“刚才中央办公厅打来电话，说中央跑了个大飞机。向哪个方向跑了不清楚。中央命令我们严密监视，如果落在我们这里再不准起飞。我们所有的飞机不准上天，所有的舰船不得出航。不准跑掉一架飞机，不准跑掉一只船。”
肖永银立即赶到值班室，向下属单位发出命令，要求所有飞机、舰船一律停航。
林彪出逃坠机身亡之后的第三天，许世友被毛泽东、周恩来秘密召进北京。毛泽东叮嘱他不要乘飞机而是坐火车。半夜2点，他又秘密回到南京。十几分钟后，守在作战部的肖永银再次被召进许世友的家。
“主席叫我们把‘三国四方’抓起来。你愿意带谁带谁，立即出发！首先到上海，把王维国抓起来。王洪文协助你。然后到杭州去，把陈励耘抓起来。”所谓“三国四方”，是指参加林立果秘密会议的“南京、上海、杭州”（三国）的空军的江腾蛟、上海空四军政委王维国、杭州空五军政委陈励耘、南京空军副司令周建平。
肖永银只带了5个人：南京军区保卫部长、保卫科长、保卫干事及他的秘书和一名警卫员，由吉普车送到南京火车站，登上火车。
到达上海以后，肖永银将上海市革委会副主任王洪文、马天水及上海警备区司令、政委叫到锦江饭店第十层的小会客厅，把地图往桌上一摆，说：“主席让我们把王维国抓起来，我的意见：引蛇出洞。最好不用一兵一卒，和平解决。具体办法，由王洪文打电话给王维国，让他过来。”
王洪文虽然是造反英雄，但在老资格的副司令面前如同一个被调遣的排长，毕恭毕敬地点着头。
肖永银又问上海警备区司令：“你那里情况怎么样？”
警备司令报告：“已经调进两个师，上海要道已被堵死。”
肖永银收起地图，挥了一下手，说：“现在开始行动！”
接到王洪文说的“中央有个指示你来看一下”的电话，王维国乘车来到锦江饭店门口，像往常一样，他的身后跟随着4名挎枪的警卫，他本人耷拉着眼皮，背着手往里走。刚进门，就有人过来拦住他的警卫，说：“等一下，首长进去开会，你们请先休息。”
这也很正常，以往领导开会，随从们也是在旁边的屋里休息。
他刚跨进会客室，便迎面碰上坐在那里目光冷峻的肖副司令，心里便打开了鼓，知道凶多吉少，但是一切都晚了。肖永银的声音在他耳边回响：“我代表中央宣布，你被逮捕了！”保卫干事上来给他带上手铐，随后被押解到地下室。过了一会儿又被押上车。
就在这时，正准备南下杭州去抓陈励耘的肖永银接到许世友打来的电话：“你不要到杭州去了，你去不得，去了就回不来了，他们会把你扣了！”
许世友也算是粗中有细，他想杭州是空五军的林彪死党控制的地盘，连毛主席都敢炸，何况一个军区副司令。肖永银可没想那么多：“我不怕！就是把我扣了，他们一时也不会对我怎么样，我是执行主席的命令……”
“你不要去！”许世友吼着，“你想办法把陈励耘调到上海！”
于是肖永银又用老办法，让王洪文给陈励耘打电话，让他到上海来看“中央指示”。为了怕陈起疑心，把二十军政委南萍也一起叫来。
从杭州到上海最少要4个小时，肖永银等得焦急，怕出意外，又假装是从南京打电话给二十军军长熊应堂：“老熊啊，听说上海有个会议，叫南萍同志和陈励耘同志去参加，他们走了没有哇？”
熊应堂回答：“先走了。”
“都带了什么人？”
“没几个人。除警卫员、秘书外，就是南萍带了个老婆。”
肖永银一着急，险些露馅：“哎呀！这个时候还带什么老婆？”
熊军长并没在意：“他老婆有病，顺路到上海看病的。”
肖永银挂了电话，只好耐着性子等着。
陈励耘紧赶慢赶，终于来到锦江饭店。到底女人心细，南萍的老婆一进门就看见保卫干事的身影在走廊里一闪，这个保卫干部曾当过许世友的警卫员，她认识。就在她寻找她丈夫的时候，她害怕的一幕已经发生了：在肖永银的指挥下，保卫干事给陈励耘带上了手铐。同样用车将陈拉到天麻坑道，王维国已押在那里。她的心又放下了，因为她丈夫没事。
肖永银为防止林彪余党中途劫人，押着王维国、陈励耘没有走近路，开着几辆车出了上海，直奔苏州，然后向北到常熟过长江，绕回南京。
当时南京军区空军司令员刘懋功因腿病发作，正在空军总医院住院。这几年他的心情不好，是因为林彪在南京军区空军的爪牙对他经常打击排挤。他住院后，发现套间外间住着三个人，对面医护人员值班室老有一个人坐在那里监视。
9月13日上午，空司训练部长王海将林彪出逃的消息打电话告诉了他，两人都抑制不住兴奋的心情，但也感到震惊。不几天，他住的套间外间的三个人很快搬走了，对面值班室那个人也不见了。他的养病条件一下子好了许多。
9月20日深夜，李德生打电话说：“刘懋功同志，军委决定你马上回南京去。”
刘懋功问：“我这个病好几次都治了个半截子，能不能彻底治好再回去？”
李德生没有坚持。但刘懋功睡下刚合眼，李德生的电话又来了，让他马上到空军司令部来。
他和秘书坐上小车向空军司令部驶去。平时空司是很少见到陆军的，这时已全被陆军控制，办公楼门口站了4个岗哨，头戴钢盔，全副武装，表情严肃。他在楼前下了车，看见中央警卫局的杨德中。进到楼内一看，楼道里，办公室里，大都开着灯，一些陆军干部来去匆匆。在经过空军党委常委会议室门口时，听见吴法宪一边哭着一边和李德生说话。
秘书把刘懋功领进吴法宪的办公室，拿来香烟、水果，还泡了一杯茶给他，让他等一会儿。过了一会儿，李德生来了，和刘懋功握了握手，笑着说：“你这老兄！叫你回去你还不回去，许老头子（许世友）来电话催你回去。这回你不回也得回了。我马上派飞机送你回南京。”他简单向刘讲了讲林彪出逃自我爆炸的过程，介绍了一下目前掌握的空军哪些人有问题，还把有问题的人名单让刘看。刘懋功记下了南空的有关人员。然后，李德生让他回医院整理一下东西，马上就走。
他回到医院后，立即收拾东西，只把换洗衣物装了个小提包，其他吃的东西就送给医护人员了。这时，李德生又打来电话说，现在全国禁飞，动用飞机必须经周总理批准。不巧总理睡下了。让他先不忙走，抓紧时间休息一会儿。
刘懋功睡了将近两个小时，天色发白了。空军保卫部的一位处长用车送他去机场。从首都机场大门到停机坪，全是陆军站岗，设了几道检查口。那位处长出示李德生主任亲笔写的条子，才得以顺利通过。停机坪上停着一架伊尔—18，机下守卫着一排陆军战士。登机前又对他进行了一次全面认真的检查，才让进入机舱。真是“专机”，除机组人员外，整架飞机只有刘懋功一个“乘客”。
刘懋功到达南京后，第二天吃过早饭，就坐车到中山陵8号许世友司令员那里报到。许司令一见他就问：“你昨晚住在哪里？”刘说：“住家里呀。”他用手指头点着他批评道：“你不怕死呀！麻痹，人家要杀你呀！”刘不明白：“他们杀我干什么？”许司令员说：“斗争尖锐呀！林彪死党那么多，早就想杀你！谁知道现在下边还隐藏着什么坏东西，搞些什么阴谋诡计啊！”刘说没有别的住处。许马上让肖永银副司令员安排刘住到中山陵11号。位置就在许世友住的院子前面。
接着，许世友向刘懋功详细讲述了林彪在九届二中全会阴谋篡权失败后，决心动武，指使林立果制定《“571工程”纪要》，妄图谋害毛主席，阴谋败露后，仓皇出逃，机毁人亡的经过。许世友特别强调说：“林立果部署的杀害毛主席的反革命武装力量，除了广州空军的，就是你们空四军、空五军王维国、陈励耘一伙乌龟王八蛋！”这是刘懋功第一次详细听说林彪反党集团阴谋发动反革命政变的内幕，真感觉惊心动魄。许世友又说：“咱们南京是重灾区啊！”然后，许世友又详细介绍了逮捕王维国、陈励耘的情况。
“九·一三事件”发生后，清查林彪反党集团的人和事是军队的一项重要工作，南京军区空军又是清查的重点之一。按照许世友司令员的指示，刘懋功把南空机关、空四军和空五军机关干部都集中到南京大校场机场，办学习班。经过艰苦细致的揭、批、查，许多障眼的迷雾揭开了，盘根错节的关系网拆散了，错综复杂的关系理清了，一些林彪死党的面目也搞清楚了。许世友司令员指示刘懋功不要手软，“该点名的点名，该批判的批判，不要留什么余地！”他在大会上点了原副司令员周建平等人的名。到了这时候，林彪反党集团的一些党羽气焰仍很嚣张，原南空一个副参谋长站起来质问他，“你一个司令员有什么权力点副司令员的名！”清查很有成效，最后林彪反党集团的党羽一个个被揭露出来。这些人经过隔离审查、揭发批判，分别受到处理。
大约9月25日，南京军区空军副司令周建平接到肖永银秘书的电话，让他到军区大院来一下。周建平整理好军装，离开南空办公室，来到军区大院。肖副司令接待了他：“老周哇，请坐请坐。”
忐忑不安的周建平挨着沙发刚一落座，肖永银便问道：“老周呀，我问你一个事，我听说，上海的巨鹿路开过一个小型会议，你参加了没有？”
周建平手心出汗。巨鹿路有个空四军招待所。那年3月31日，周建平借口到上海处理一件公务，一头钻进这个招待所的地下室，参加了林立果主持的所谓“三国四方”会议。
肖永银这一问，周建平没有回答，竟呜呜地哭了起来，泪流满面。不知他是觉得后悔还是委屈，反正是哭了半天，什么话也说不出来。
见周建平不回答，肖永银就对他说：“这样吧，你下去好好想想，究竟参加没参加？怎么回事？想好了，都写出来，好不好？”
周建平点了点头，沮丧地站起身来朝门外走。刚刚走到楼梯口，已经有几个士兵站在那里，等他过来，便把手铐铐在他的双腕上。