自晚清以来经历许多重大历史变动，商务始终屹立不倒，保持了勃勃生气。作为商务的保姆，张元济筚路蓝缕，创造了一个“矮人国”里的“巨无霸”。很多对近代历史进程有影响的译作都是商务首先出版的。商务在晚清废科举、兴学堂的潮流中，率先推出适应时代需要的中小学教科书，在辛亥革命的浪潮中，虽然比从商务出走、自创中华书局的陆费逵慢了一拍，还是很快推出了共和国教科书，“五四”新潮澎湃，当世人为“白话还是文言”争论不休时，商务已在大量印行白话文的课本，这个行动实际上给一场激烈的争论悄悄地画上了句号。
面对新文化运动的压力，商务能急转航舵，显示了与时俱进、自我调整的能力，这里面张元济的作用是主要的。1920年初，商务高层曾商议过要在北京设“第二”编译所，请“五四”风云人物胡适主持，每年经费拨3万元，另由梁启超等组织的“共学社”主持，推出一套“新知识丛书”、中学教科书等，商务拟垫付版税2万元。商务的众多期刊，如《小说月报》《东方杂志》《教育杂志》《学生杂志》《妇女杂志》等也都大胆起用新人，进行革新。这些在他1916年到1921年的日记中都留下了痕迹。早在1916年9月6日，他在日记中就记着，那天晚上他约鲍咸昌、高梦旦、李拔可到会议室，商务领导层基本达成共识：“本馆营业，非用新人、知识较优者断难与学界、政界接洽。”
1921年，商务曾决意邀请胡适主持商务编译所，虽然胡适最终没有答应，而是另荐了早年的老师王云五，但他在日记中认为：“对几千万少年的知识思想有影响的商务，要比北京大学重要得多。”
从1902年到1937年抗战爆发，商务度过了它的鼎盛时期。商务在“严译名著”、“林译丛书”之后推出的“汉译世界名著丛书”、“汉译文学名著丛书”等都为国人打开了眼界。张元济称自己生平宗旨是“喜新厌旧”，其实他“喜新”是真，“厌旧”未必，许多大部头的著名典籍《四部丛刊》《四库全书》《续古逸从书》《涵芬楼秘籍》乃至《百衲本二十四史》等也是在他的主持下或他亲自校订出版的，他从来没有忘记保存古老文化传统的责任，他曾对顾廷龙说：“能于文化消沉之际，得网罗仅存之本，为古人续命，这是多么幸运啊！”在他这里，知新与温故实际上是并重的，将中国固有的优秀文化发扬光大，与引入新知一样重要。
1932年1月28日夜，日本侵略者在上海点燃“一二八”的战火，商务总厂、著名的东方图书馆都化为一片废墟，那么多珍贵的藏书顷刻变成了灰烬。东北风把纸灰从闸北一直吹到沪西他的家中，张元济不禁泪下。“廿年心血成铢寸，一霎书林换劫灰。”这是他万念俱灰时写下的诗句。但他和王云五等人还是很快站了起来。他在写给胡适的信中说，商务印书馆“未必不可恢复”，“平地尚可为山，况所覆者犹不止于一篑。设竞从此澌灭，未免太为日本人所轻。”他们要为苦难中的民族争一口气，不想给虎视眈眈的日本人看笑话。果然，不出一年商务就重新恢复了昔日的辉煌。
敌人可以炸毁有形的商务大楼、工厂，却炸不掉数十年来在国人心目中建立起来的无形的商务。然而，那么多珍贵的藏书从此永远消失，每一念及，他就“为之心痛”。东方图书馆的前身是涵芬楼，张元济初任商务编译所所长时就开始尽力搜罗国内各家散出的藏书、欧美新书，仅地方志就积累了2600多种、25600多册，还有宋、元、明历代的珍贵善本。20年后，到1924年商务出资10多万，建造了一个新式大厦，将涵芬楼藏书全部移入，改名东方图书馆，正式对外开放，服务社会，受到中外学者的称誉。“中原文物凋残甚，欲馈贫粮倍苦辛。愿祝化身千万亿，有书分饷读书人。”这是张元济的心愿。1932年3月5日，他给目录学家、商务编辑姚名达写信，想起以前东方图书馆借书方便，自己不太买书，“而今而后不可得矣，思之又不禁为之泫然。”6月22日，他在给罗家伦的信中说：“商务被毁，固属可惜，最可痛者为东方图书馆……”
自进入商务之后，张元济对官场已了无兴趣。1906年（离戊戌变法8年），清廷下诏为他复职，他于3月18日入京，初在学部，后为外务部储才馆提调，6月14日他就离职南下，前后不足3个月，表面上的原因是他和上司唐绍仪意见不合。1907年9月13日，清廷授他为邮传部左参议，他当即上书坚辞，请求“代奏开缺”。1909年7月31日，清廷批准度支部的奏请，派他和唐文治、张謇为度支部咨议官，他没有赴任。1910年1月28日，清廷命他任币制调查局顾问员，他也未接受。那时，他连许多民间社团的领导人职务也一再辞让。1907年他被选为“全浙教育总会会长”，当即辞了，虽然“浙人浙事于义本不容辞”，但他依然不愿接受。
辛亥革命中，汤寿潜任浙江都督，两次请他担任浙江“赴鄂代表”，他都辞谢了，理由是“欲建新事业，必得新人物”，“代表责任重，”“必从事于军政府或向来有功于革命事业者方可胜任。”同年12月8日，因为有人散发传单，指控他受袁世凯指使，运动报馆，造谣说汉阳失守，他在《民立报》刊出《张菊生启事》：“鄙人于丙午复职以后，始终未入官途，何独于危亡颠覆之时转发做官思想？若欲得钱，则取不义之财，孰有如做官之便者。”1919年6月，他连“海盐旅沪同乡会会长”也不接受。1936年8月，他为章太炎写的挽联上联为：“无意求官，问天下英雄能不入彀者有几辈”，这又何尝不是他的自我写照呢。到1953年，他在私人信件中提及自己的从政生涯，说自己“戊戌参与变法，政变后遂遭禁锢。民国后却未入仕。”其中不无自得。
他虽不愿从政，但他对社会的关心从未一日少懈。1903年7月上海租界会审“苏报案”，他前往旁听，章太炎在庭上“侃侃直陈”，他甚感敬佩。1904年，他和张謇、汤寿潜、夏曾佑等连日会议，联名说贴敦请已经是军机大臣的老师瞿鸿禨倡导立宪，派人调查宪法，敦促朝廷年内颁布诏令。后来瞿果然力主派人出洋，促成五大臣出洋考察政治。（1919年11月22日瞿在杭州去世后，他曾亲到杭州送葬，第二天巡视商务杭州分馆，当晚回上海。）
他对《新月》杂志一直关心，胡适1929年发表《人权与约法》等文，向国民党当局开火，他写信给胡适，称誉“文章之好，议论之正大”，并提醒不要打狗反被疯狗咬。他对罗隆基等人的被捕萦怀于心。1932年3月，他得知胡适等人要在北平办《独立评论》，制造言论，以图改革政治，闻之欣然，在写给丁文江的信中说：“吾辈决不想与国民（党）争权，也不想推翻其天下，但不能不责其必须改过。”他从军政、财政、民政、实业、交通、教育等方面列数国民党的不是，“如此现象，成何国家？”他很看重《努力周报》《新月》《独立评论》这样的言论努力，1937年2月12日，他还写信给胡适，“《独立评论》至今未曾复版，痛恨无已。”
1932年4月4日，他与黄炎培等30人致电国民党当局，拒绝参加洛阳“国难会议”，要求国民党改革，实行宪政。1933年5月13日，他从杭州回到上海，在一封私人信件中说：“建筑公路鄙人认为毫无知识，不顾民力之建设，极不赞成。去岁在庐山曾为蒋君介石痛切言之。”同年9月，他在庐山见到蒋介石，当时国民党当局对邹韬奋主编的《生活》周刊多方责难，屡有“开天窗”之事发生，他希望蒋能允许“开禁”，蒋答应调查。
1937年7月初，上海《大公报》报道涉及官场腐败的纱布投机案，并发表义正词严的评论，5日他写信给《大公报》，表示“钦佩无极”，对全无心肝的贪官把持政局深表愤慨，认为被挖出的小人物吴盛不过一“窃钩之徒”，背后一定有人，他希望“为民喉舌，责无旁贷”的《大公报》能继续揭破事实真相。此信第二天就在《大公报》公开发表。10日，《大公报》刊出胡适7月8日的来信：“张先生是七十一岁的老翁，他对于国事还如此热心，真可以使我们年轻人惭愧，也可以给我们做一个最好的公民模范。”当月，蔡元培在读了他给《大公报》的信后，也在《杂记》中写道：“此老久不干涉政治问题，近渐渐热心。苏州法院审沈钧儒七人案，张君特赴苏旁听，亦其一端。商务近印其所著《中华民族的人格》一书，亦其热情所寄也。”这一时期他亲手编写的《中华民族的人格》、在《大公报》发表的《我国现在和将来教育的职责》等都显示出他深重的忧患意识。
1947年，上海学潮澎湃，国民党当局逮捕许多大学生，他与唐文治、陈叔通等十老上书市长吴国桢和警备司令宣铁吾，要求释放学生。1948年6月，他再次和唐文治联名写信给吴国桢，为上海交大学生执言。
张元济是新旧转型时代的人物，在他身上可以看到许多旧时读书人的优良品格：不为威武所屈，不为功名利禄所动，有一种天然流露的浩然之气。这样的气节今天很难看到了。1920年6月10日，他发现花红名单上自己的名下有“另加三千元”条，马上约商务创办人之一鲍咸昌谈话，“吾辈在此决非专为钱计，去年已将我三人改为一律，今岁自不应再加，请将所加三千元即行勾去。”鲍说这是高凤池的意见，一定要他接受这次加红，才能将薪水照办（指他的薪水从350元减为200元），而他坚持要求划去加红，薪水则接受董事会规定。
张元济的儿子张树年在《我的父亲张元济》中回忆，父亲常戏称自己是制订规章制度的“专家”。商务的许多规章制度都是他亲笔起草、亲手创建的。他总是身体力行，严以律己，事事处处以自己的行为替商务立下严格的规矩：“凡是公司业务的需要宴请，总在杏花楼、小有天、多一处等餐馆举行，费用由公司支付。”如是私请，都是在家进行，费用自理，公私泾渭分明。曾在商务出过书的周越然回忆，商务的账务很严格，对作者的版税毫不作伪，毫不推宕。遭遇“一二八”劫难，商务停业几个月，他以为版税无着了。哪知商务一复业，不到一个月就将此前没有结清的版税1700多元送到他家。他感慨：“商务之诚实可靠，商务之顾全信用，真可令人佩服！”
1916、1917年间，张元济因体弱请假，要求停减薪水（他1917年2月10日的日记中说，写信要求这个月起领半薪），董事会还是照常支付，他拒绝接受，商务就把钱存在一个单独的账户上，归于他的名下，到1925年12月止，本息共有银币5158.14元。他坚决不受，全部捐赠给商务扶助同人子女教育基金委员会。
1926年9月，在他退休前夕，他只愿按照普通同人定额接受退休金，不愿董事会从优对待，所以一再议而不决。他的见解是，自己今日多得一钱，同人他日就少得一钱，自己在公司20多年，受薪不薄，略有积蓄，足以自给，如果商务一定要在普通定额外多给他分毫，他就要缴还公司。
商务最初是由一批基督教徒创办的，但张元济认为这毕竟是商业机构，而不是宗教机构，用人进退方面一向都不问是否信基督教，“公司之于人材，不问其教与不教，只问其宜与不宜耳。”
他公正无私，目标只是要“为中国实业造一模范”。早在1922年他就因坚持原则，与鲍咸昌发生冲突（因为鲍的儿子在印刷所），9月10日他在给鲍的信中恳切指出：
弟近来主张公司重要职员子弟不宜入公司，宜在外就事养成资格一节，亦无非为公司大局起见。……吾兄手创商务印书馆，勤劳已二十五年，弟亦追随二十年，致今日有此成绩。吾兄极爱公司，弟亦不敢不爱公司，故于公司利害有关之事，不能不言。（今日王莲溪兄来言，亦反对弟之主张。谓鲍某某儿子可以进来，我的儿子亦要进来，凡重要职员的儿子都可以进来，云云。弟即告以人人都有儿子，都要进公司，恐不成话。并驳其为争权利之见。莲兄点头许我。）