此时距离锡良第一次上奏修铁路的时间已有3年多了。3年多的时间，说长不长，说短也不短了，川汉铁路公司却始终无人具体责任，充任公司各种职务的官吏们于筑路知识一窍不通，却按月支领高薪，冗员多，开支大，坐耗股金，无法治愈的官场病，在理应充满新锐之气的铁路公司上下蔓延。“资本久未鸠集，工程久未兴行”，形同有名无实的空壳公司。包袱沉重，尾大不掉，甚至锡良也惊呼：“公司造端宏大，必资群策而后成，财政隶于藩司，尤应兼综并理。”3年多的摸索，不如说是3年多的折腾，川汉铁路公司总算又一次开始起步了。
当川汉铁路公司由官办改为商办后，在北京的四川籍京官发起成立四川铁路议会，呈请邮传部立案成立，宋育仁被选为会长。铁路议会的作用，是在商办铁路公司未正式成立期间，即以议会为监督机关，遇事与邮传部接洽，实际上是商办铁路公司未成立之前的主要决策中心。铁路议会成立后的第一件事，即是发起清查川汉铁路公司账目，应铁路议会的呈请，邮传部特派主事王宗元，会同川绅公举之查账员费道纯，于1907年5月至成都铁路公司进行查账工作。
1907年12月，邮传部以川汉铁路公司即将于宜昌开工，原驻宜总理乔树枬远在京师，难以统筹所有收股、购地、置料等相关事宜，即援引湖南粤汉铁路公司奏派三总理成例，奏派乔树枬为驻京总理，胡峻为驻成都总理，费道纯为驻宜昌总理。此次奏派总理，虽依照《续订章程》之规定，由政府派任总理职务，但此三位总理在官办时期即已身任总理职务，他们与官方的关系较为密切，而与四川绅商关系较为疏远。如此安排，埋下了日后各地士绅之间互相争论的种子，成了四川各派绅商之间彼此意见分歧的导火索。
尤为可叹的是，在商办川汉铁路公司成立之时，清廷鉴于国家财力不足，对于各省地方官绅主持的商办铁路，大抵采取鼓励支持的态度，以作为官办铁路的补充。然而仅仅过了一年之后，1908年，清廷对于修铁路的态度又发生了变化，而清政府的变脸，使危机四伏的社会加速度走向了全面崩溃。
悄然离川的总督
锡良督川办新政，功绩有口皆碑，《清史稿·锡良传》对其督川政绩给予了较高的评价：“时方议借外款修川路，锡良力主自办，集绅会议，奏设专局，招商股，筹公股，复就通省田租岁抽百分之三，名为租股，数年积至千万以上，股款之多，为中国自办铁路之最。”
但是铁路就像是个烫手的山芋，谁要是一沾上，会被其热度烫得寝食难安。川汉铁路公司成立数年，光是理顺公司从官办到商办的关系，就花了三年多时间，一直迟迟不能开工，“寸线未经勘定，一事未有端倪”。所谓修现代化铁路，成了一张画饼，清廷高层内部对此不无微词。
官场的运作规律往往诡异莫测，貌似偶发事件，却潜藏着某条必然的路径，潜藏着一些鲜为人知的秘密，寻微探幽，能揭示出官场的某种生态环境。1907年3月，锡良从四川总督岗位离任，奉旨调任云贵总督，据说就源自于一个偶发事件。
话说四川乐山有个人名叫巩固，进士出身，宦海沉浮多年，曾在广东潮州、琼州等地任过知府，退隐回乡后，购买下几百亩良田，耕读自乐，安享晚年。
巩固有个爱女，早年嫁给同县举人刘秉清为妻，不料刘秉清命薄，不久病故身亡，刘巩氏便归居父家，安闺守节，诵经茹素。刘巩氏有个甥女姓俞，还有个表侄姓石，二人的夫家均在外地做小官，家属被留在原籍。俞氏、石氏自愿跟随刘巩氏学习经咒文，在乐山城近郊修了一所家庵，推巩氏做了庵主，俞氏、石氏分任执事。
三个孤女住在庵里的日子一长，竟有荒诞的谣言传出，说庵里有蛇仙，一丈多长，经常与巩氏同卧于床帷之中。有人活灵活现地说，打从尼姑庵附近路过时，曾听见巩氏与蛇仙喃喃私语。空穴来风，一时间杯弓蛇影，人心惶惶，更有好事者添枝加叶，说那蛇仙能化为白衣少年，行走于江湖，又说巩氏上通神灵下通鬼，道行深不可测，如此这般飞短流长，传得远近皆知，前来问事占卦、求仙拜佛的人络绎不绝。
消息传到乐山知县的耳朵里，心里隐隐担忧。前来蛇仙庵求卜问签的人群中，混乱着不少藏族男女的身影，此地离川藏边区打箭炉不远，巴塘事件发生后，汉藏矛盾一度激化，成为清廷的心头之患。香客中万一有“奸民”混迹其间，滋生事端，激发民族矛盾，知县可是担当不起的。
于是传齐三班衙役，前往蛇仙庵进行查抄。巩氏并非寻常女子，她原也是读过几天书的，研读周易杂学，初通麻衣相法，遇事也不显慌张，侃侃应道：“一不敛财，二不惑众，三不幻形，自生自灭，随缘去住，庵是家庵，存废只求公断。”知县哪里管得了这许多，喝令差役进到蛇仙庵搜查，搜到屋后，却有活络门闩，众役猛力推开，沿石阶而下，暗室里俨然摆放着三张凉床，旁边另有几个皮箱子，也不知装的什么物什。
贴上封条，带了收缴品，知县带着衙役回到县府，拟了一道呈稿，文稿中云：“巩氏身列衣冠，纵女造庵聚众，妄称活佛，显然与藏有连。”上报到了知府。知府读了呈文，见事涉川藏敏感词，也不敢擅自做主，直接呈报给川督锡良。锡良此时正在为铁路的事犯愁，本不想插手这等细碎琐事，又见呈文中涉及活佛以及西康边区藏民，丝毫不敢怠慢，叫来幕僚仔细商量，决定将案牍据实向朝廷禀报。
再说告老还乡的巩固，本来打算在乐山安享晚年，却不料陡生风波，给女儿修的家庵被人查抄不说，还训斥他“教女无方”，将老夫抓进大牢里关了好几天，出狱后越想越气，暗地派人进京城赴都察院呈控。经过一番银子打点，都察院果然照奏，派川边办事大臣，前往查实奏复。
这川边办事大臣正是赵尔丰，他与巩固原是认识的，前往调查之日，巩固罗列了一个缘由，说知县是因为期待贿赂不成，倒打一钉耙，查抄家庵是报复行为。赵尔丰叫来那位知县当场对质，知县如此这般，照原情说过一遍。问过当事双方之后，赵尔丰在复奏中写道：“嘉定（今乐山）县办事操切，几陷无辜，请即革职。嘉定府同官同城，不无失察，应降一级。前署琼州府巩固，治家不谨，罚二万两，充为川边赈款，房屋银物等发还。白衣仙院充公，刘巩氏及俞氏、石氏，交各该家属领回管束，再有前项情事，从重治罪。总督不经查实，遽尔奏闻，亦有应得之咎，未敢擅拟，候旨定夺。”
有人说，赵尔丰的复奏过苛过严，其中也并非没有道理。白衣仙庵一经官府查抄，蛇仙案远播成都、重庆等地，在民众中传得沸沸扬扬。清廷垮台前夕，神经变得异常敏感，深恐天生大变，万一这桩小小的“淫祀蛇仙”公案激成民变，必将追悔莫及。弛世用重典，赵尔丰遵循古训，不想让清廷栽在他的手里。
蛇仙案中涉及的几位官员，一个革职，一个降调，川督锡良知悉赵尔丰的复奏后，胆战心惊，官场中谋生活，日日如履薄冰，他当然知道其中的利害关系。赶紧差人进京，向庆亲王奕劻送了一笔厚礼，请求保全。之后不久，锡良调任云贵总督，虽说表面上是同一级别调动，明白人一眼就能看出这两顶乌纱帽孰轻孰重。
锡良后来的情况简述如下：离开四川后，先后担任过云贵总督和东北三省钦差大臣，清帝逊位，锡良即告病休养。在卧病的6年中，始终拒绝医治和服药，1917年病逝，终年66岁，赐谥“文诚”。