在邵武任知县的时间匆匆而过，天启二年（1622）正月，三年邵武知县的任期到了，袁崇焕按照惯例进京朝觐，接受“大计”考评。此时，袁崇焕已经38岁了，这次的朝觐使袁崇焕的命运发生了巨大的改变。
“大计”是明代地方各级官员的考核制度，每三年举行一次，由县、州、府、道、司层层考察属员，汇总后由总督、巡抚最后考核，送呈吏部。当时，对京官的考核制度称为“京察”，每六年举行一次。无论是“大计”还是“京察”，都有详细的考核标准，把结果分成不同等级，优秀的受到奖励提拔，不合格的受到降职处分。地方官员经“大计”确认，才能和政绩都是优秀的，就会被评定为“卓异”等级，往往晋升一级回原职等候升迁；不合格的就要被弹劾降职；介于优秀与不合格之间的称为“平等”，不升不降。在“京察”中评定为一等次的翰林院官员，往往会加以重用，被派到各地出任知府或道员；在“京察”中被罢免的官员，很少有复出任职的机会。
在邵武三年知县任上，袁崇焕始终保持着亲民作风，深入民间，兢兢业业。县内发生火灾，他身着官服冲在前面亲自扑救。老百姓有冤情，他尽心尽力公平审断，邵武的官司纠纷大大减少，征税顺利，百姓安居乐业。因此，在首任知县“大计”考核中，袁崇焕被评定为“卓异”等级，得到提拔。这一“大计”佳绩，也有东林党人的一份“关照”。
袁崇焕的主考官是监察御史侯恂，考核谈话时，袁崇焕把他在福建时对辽东前线情况的了解，以及与老兵所谈辽边的方略，毫不避讳地说了出来，并且真切地表现了自己对辽东边防以及国家前途的忧心。
候恂，河南商丘人，后官至户部尚书，是明末清流东林党人之一；也是明末复社“四大公子”之一；清初文学“三大家”之一；《桃花扇》男主人公侯方域的父亲。侯恂可算得上是慧眼识英雄之人，不仅袁崇焕是他提拔的，此后的名将左良玉也是他提拔的。他想不到一个地处东南的县令竟对辽东边事有如此深刻的了解和见识，所以，对他的军事才能大为赞赏。恰好这时辽东边关急需要人才，因此，侯恂就想提拔袁崇焕从文官的知县转去从事与军事相关的工作。于是，侯恂上疏天启皇帝，请求升袁崇焕，让他入兵部就职。
上疏的内容如下：
东北边防之重镇镇武大营已经全部溃败，另一重镇广宁之存亡也危在旦夕，若广宁不守，则山海关将会受到震撼，山海关不能巩固，京城将受到动摇，现在应当紧急救援广宁，以保卫京城门户——山海关，从而保护京师，保卫皇上，此事一刻都不能推迟。目前，谣言不断，人心不稳，兵部亦当出示榜文，告谕军民不得轻信讹言而纷纷逃窜，在此风鹤惊惶的时刻，更要镇定自若。此混乱之时，多奸细丛杂，缉防之令更需加以申饬。平祸定乱，必须借助有谋之臣、勇猛之将……现在朝觐之邵武知县袁崇焕，英风伟略，不妨留用在兵部供职。
侯恂上疏后不久，袁崇焕就由七品知县升为了六品兵部职方主事。袁崇焕的命运从此发生了巨大的转变，他人生的舞台即将从远离京城的东南地区转移到烽火弥漫的辽东战场，其英雄人生即将开始。
东林党人开始于明神宗万历中期（1601年前后）的党争，是加速明朝衰落的重要因素之一。当时，明神宗刻意要立自己的宠妃郑贵妃所生的皇子朱常洵（神宗次子，后受封为福王，府邸在洛阳，1641年被李自成农民军击毙）为太子，遭到许多正直朝廷官员的强烈反对，最后被迫立出身低微的宫女王恭妃所生的长子朱常洛（后来即位为光宗）为太子。为此，许多官员被神宗罢免。其中，吏部文选郎中顾宪成罢官回到无锡老家后，联络了高攀龙、钱一本等好友，到当地的东林书院讲学，每年一次大聚会，每月一次小聚会。一些不得志的在野知识分子闻风响应，朝中一班与他们观点相同的官僚士大夫也遥相呼应，东林书院渐渐成了议论朝政得失的社会舆论和政治中心。这些不满当时政治腐败、要求改革弊政的政界或知识界人士，在社会上赢得了“清议”的美誉，声望很高，被反对他们的人称为“东林党人”。与此同时，以内阁首辅、浙江宁波人沈一贯为首结成的“浙党”，联合“齐党”、“楚党”等地缘官僚帮派势力攻击东林党人，相互之间不断交锋，党争愈演愈烈。
在党争中，“京察”、“大计”常常成为斗争工具。当时，由吏部尚书、都察院左都御史、吏科都给事中、河南道御史和吏部文选郎中主持考核大权。这些位置上的人是哪个派系的，那个派系就占据上风，乘机排斥异己、打击政敌。如万历三十九年（1611），东林党、浙党人士分别把持了北京、南京“京察”的主动权，结果都大肆驱逐对方的官员。万历四十五年（1617），浙党官员把持“京察”，将东林党人几乎全部驱逐。天启三年（1623），东林党人主持“京察”，反过来也大肆报复。
袁崇焕首任知县“大计”，正是次年东林党人主持“京察”前夕，东林党人在福建地方官员“大计”中把持了说话权，袁崇焕遇到人生路上的“伯乐”——东林党人、福建道御史侯恂。
御史是明朝很有分量的官职。当时，朝廷设立都察院、六科作为监察机构，掌管百官监察大权。都察院的主要官员有：正二品的左、右都御史，正三品的左、右副都御史，正四品的左、右佥都御史。内设经历司、司务厅、照磨所、司狱司，以及正七品的浙江、江西、河南、山东、福建、广东、广西、四川、贵州、陕西、湖广、山西、云南等十三道监察御史110人。又设六科，各设都给事中1人，左、右给事中各1人，给事中4至10人不等，分别监察吏、户、礼、兵、刑、工六部的政务、用人、文件等事宜。有时，总督、巡抚、经略、总理、赞理、巡治、抚治等非常设的外派官员也加挂都察院官衔，明朝后期这类情况特别多。十三道监察御史除了直接监察本道范围内的地方官员外，还分工监督各部京官，职权范围相当广泛。如福建道御史对口协助户部的监察。作为皇帝耳目，六科都给事中和十三道监察御史虽然只是七品官，但拥有直接弹劾或推荐官员的大权，为许多七品以上官员所害怕。侯恂就是其中的一位。
“大计”期间，袁崇焕凭着实绩，加上良好的口才和多年积累的军事见识，得到侯恂的格外赏识。经侯恂鼎力推荐，袁崇焕并没有回原职等待升迁，而是被朝廷破格调进兵部任职方主事。
吏、户、礼、兵、刑、工六部是明朝中央政府的主要权力部门，而掌管人事大权的吏部、掌管财政大权的户部和掌管军事大权的兵部，是六部之中的要害部门。兵部主要官员有：正二品的尚书一人，正三品的左、右侍郎各一人。下设司务厅和武选、职方、车驾、武库四个司，各由郎中一人、主事二人负责工作。其中，职方司掌管测绘军事地图、确订官兵编制、设立或废除军事要塞、兴修城防设施、征调训练兵士、制订战守谋略等事务，职责相当重要。主事虽然只是个正六品的官，但职位重要，晋升的机会很多。这是一次难得的机遇，而最令袁崇焕心满意足的莫过于找到了自己梦寐以求的“用武之地”。高中进士三年来韬光养晦的袁崇焕终于迎来了大展拳脚的机会，实现了人生的又一次大转折。
其实，袁崇焕一生从未参加过任何党派，也没有被列为东林党人。但袁崇焕高中进士那年，会试的主考官韩爌是东林党骨干人物，有东林党“智囊军师”之称。在科举时代，无论是举人还是进士，都称主考官为“师座”，自称“门生”，形成一种特殊的师生关系。不论本人是否主动攀附，多少都会得到主考官的眷顾，也自然会被政界视为主考官的亲信或者圈子里的人物。因韩爌的缘故，袁崇焕从中进士步入政坛的那时起，就与东林党发生了割不断的关系。这种关系既给他创造了擢升兵部施展才华抱负的机会，后来也曾给他带来麻烦，甚至罢官与最后被杀的悲剧也与东林党有着说不清的关系。