甲申年（1644）四月，李自成率军进攻北京，崇祯则自缢在煤山上，南明朝廷的大臣们又面临着解决王朝继统的问题。北京的这次劫难，崇祯的三个儿子没有一个逃出北京，只好从藩王中挑选。而当时藩王中尚存的神宗直系子孙，有福王、惠王、瑞王、桂王四人，后面三者分别在广西、四川，地处僻远，离南京近的只有从河南逃来的福王朱由崧和旁系的侄儿路王朱常芳。阉党阮大铖与凤阳总督马士英密谋此事，阮大铖建议立福王朱由崧。其时福王有昏庸之名，但是阮大铖、马士英认为这样的皇帝更容易控制，于是就联络总兵黄得功、刘良佐、高杰、刘泽清等实力派，宣布拥立福王。兵部尚书史可法却认为立福王有“七不可”，即贪、淫、酗酒、不孝、虞下、不读书、干预有司，这种人做了皇帝一定会祸国殃民。然而，福王朱由崧被马士英等人早早迎入南京，史可法与高弘图无奈，也只得加入了奉迎的行列。南明控制的区域，东自黄河下游以南，西迄武昌长江以南，其物力、财赋、人力也比清廷所控制地区雄厚。当时南明设江北四镇，共拥兵30万。武昌的宁甫侯左良玉，拥兵20万。
福王继位之后，组成了东林党和阉党混合的内阁，阉党因为拥戴有功，掌握着朝廷的权力，竭力排挤、打击东林党人，史可法因受到排挤，离开了南京，督师扬州，高弘图则被迫辞职。阮大铖入朝后，任兵部尚书，借作“顺案”之名，恢复了特务机构东厂，处死了东林党和复社人士。史可法曾上书要求给士兵加饷，然而马士英却将奏折扣下，将史可法的士兵的薪水全扣了下来。当时众将怂恿史可法反南京，以“清君侧”为名，将马士英杀掉，但史可法以大局着想，没有同意。朱由崧在政治上毫无作为，生活上荒淫透顶，政事全委托给马士英处理。
皇帝如此，大臣们当然也毫不逊色。将领们一样也只知道吃喝玩乐，对目前的现状毫不关心，也毫不了解。江北四镇中，二刘的兵只能“虚夸不中用”，唯高杰的兵战斗力强。高杰这个人凶悍桀骜，却毅然拒绝清肃王“大者王，小者侯，世世茅土”的诱降，疏请以己重兵驻归德，冒着大雪，沿黄河筑墙，专力防御清兵，并联络河南睢州总兵许定国“以奠中原”。不料许定国却暗通清兵，他设计在酒后谋害了高杰，渡河降清，并引清兵至仪封。就在清兵迅速南下形势危急的时刻，拥有数十万重兵、镇守武昌的左良玉，发兵南下，要“清君侧”、“除马阮”。马士英却公然提出：“宁可君臣皆死于大清，不可死于左良玉之手”。当时有人抗言：“淮扬最急，应亟防御。”马士英命令“有议守淮者斩”，朝议之后，竟诏史可法尽撤江防之兵以防左。史可法扼守扬州，以身殉国。他的顽强抵抗招致清兵的“扬州十日”大屠杀。
明朝灭亡后，1646年12月在广东肇庆建立的南明永历政权曾经为袁崇焕平反。然而不到一年，永历政权就覆亡，因此这次平反的影响十分有限，袁崇焕的冤情还是鲜为人知。时隔五十多年后，清朝步入了康熙盛世，满汉民族仇杀的伤口逐渐愈合，原来属于军政机密的历史档案逐步公开。康熙二十一年（1682），清朝向全国颁行《钛宗文皇帝实录》，皇太极在南苑密设反间计、纵杨太监归明等细节公诸天下。到这个时候，袁崇焕沉埋53年的冤情才真相大白。又过了近一百年，乾隆四十五年（1780），乾隆皇帝校阅《明史》，了解到袁崇焕的冤案，感慨万分，对身边的大臣们说：“袁崇焕在辽东做将帅期间，虽然与我大清为敌，但他忠于自己的国家和守卫边疆的职责，在明朝政局混乱、皇上不辨真假的情况下遭受惨刑而死，实在可惜，令人同情。”乾隆皇帝下令有关官员查明袁崇焕子孙后代的情况向他奏报。一年后，清朝广东巡抚尚安将查明的情况报告了乾隆皇帝。袁崇焕没有儿子，由嫡系堂弟袁文炳的儿子继承香火，到这时已传承五代，有一个叫袁柄的五世孙，略识文字，明白事理。根据尚安的奏请，乾隆皇帝批准按照安置熊廷弼后代的做法，补选袁柄为低等官吏。同时，为袁崇焕及当年冒死替袁收尸埋葬的佘氏修建坟墓，表彰两人的忠义气节。袁崇焕的冤案算是真正得到了平反。
到了民国初年，康有为出面，各界人士在袁崇焕的墓旁建立袁祠。1984年，经佘家传人佘幼芝争取，北京市政府将袁墓、袁祠列为文物保护单位，2002年，耗资500万元迁出其中的居民，全面维修，并于当年11月对外开放。佘家17代人历时372年为明朝杰出将领袁崇焕守墓的感人事迹经媒体披露后，在社会上引起很大反响。