袁崇焕为明朝立下了汗马功劳，没想到却遭到了朝臣和崇祯的怀疑和妒忌，最终被捕下狱，最后惨遭磔示。日落西山的明王朝杀了自己的救命恩人，从此失去了这位为了国家不顾生死的大将，加速了衰亡，最后被清朝灭亡。
袁崇焕被捕的消息，对远道驰援京师的辽东将士来说，仿佛晴天霹雳。当天，太监车应祥向他们宣布了崇祯皇帝问罪袁崇焕的圣旨时，在场的辽东将士无不放声大哭。一起被召见、亲眼看到袁崇焕被捕的祖大寿，回到军中，惊魂未定，马上带领部队“叛逃”折回宁远。受袁崇焕直接指挥的副总兵周文郁也护持“督师旗”回到山海关。到了第四天，追击后金兵和分守各州县的15000多名辽东将士人心惶恐，溃不成军，各自逃散。
当时，前任辽东经略孙承宗受命前往安抚，辽东各位将领无不沉浸在悲愤之中，向他哭诉了当时的情形：“主帅被杀（当时军中以为袁崇焕已被处斩），城中自己的军队又用炮火攻打我们，不得已只好远走逃避。”崇祯皇帝的所作所为，令辽东将士心寒。
无奈之下，崇祯皇帝被迫接受孙承宗的建议，让辽东将领自行解散士兵，放这些士兵一条生路。袁崇焕的“威胁”是解除了，但后金八旗兵还没走远，还指望着一举攻下北京。这时，陆续来了一些“勤王”的明军，崇祯皇帝就临时拼凑了三支部队对付后金八旗铁骑，一支是各路援军，由满桂指挥，另两支是刚刚组建的新军，分别由新任总兵申甫、新任兵部右侍郎刘之纶招募统领。几天后，三支部队出城作战，先后全军覆没，满桂、孙祖寿、刘之纶等统兵将领阵亡。满桂挟私愤报复袁崇焕，自己也招致了悲惨下场。申甫本为装神弄鬼的江湖术士，经朝廷官员推荐，竟然得到崇祯皇帝的信任。当其吹嘘可以击退后金围城军队时，崇祯皇帝竟然破格提拔他为副总兵，还下令拨款70万两银子让他造车组军，结果7000名从市井招来的新军，到了战场全部被歼。三支部队22000余人就这样全军覆没了。
崇祯二年腊月时期，中国北方的情形可以说是惨不忍睹。在永平、滦州、迁安、遵化一带的城内和郊外，后金兵的长刀正在砍向每一个汉人，满城都被鲜血染红了，满地都是百姓的尸首。
在通向长城关口的大道上，数十万汉人，有男有女，有老有少。他们哭哭啼啼地行走着，而跟在他们后面的骑在马上的后金兵正挥舞着鞭子在驱赶他们。
辽河大平原上白茫茫的一片冰雪。数万名身经百战、满身累累枪伤箭疤的关东大汉，伏在地下向着北京号啕痛哭，因为他们的督师快要被皇帝杀死了。战马悲嘶，朔风呼啸，绵延数里的雪地里尽是伏着愤怒伤心的豪士，白雪不断地落在他们的铁盔上、铁甲上。
祖大寿撤兵，显然是出于愤怒，但此事一发生，温体仁想到的却是想要趁这个机会除掉自己的政治对手。于是，他立即上疏弹劾东林党魁钱龙锡，称是他唆使祖大寿撤兵的，又令其党羽继续上疏，称当初抓捕袁崇焕的时候，祖大寿也在场，当时他怎么没有说他是冤枉的，而却在两天之后，突然领兵走了，这肯定是钱龙锡和袁崇焕教唆的。两人如此阴谋诡计，他们眼里还有没有皇上，当时朝臣多有惧怕崇祯以及温体仁打击，而不敢为袁崇焕求情、申冤。给事中钱家修、布衣程本直上疏为袁崇焕鸣冤无效，最后程本直鸣冤而死，一时传为美谈。
祖大寿一撤军东行，19岁的崇祯开始急了，他想到的是自己的安危，他怕祖大寿一撤军，就没有能征善战的军队来保护他这个皇上了。于是，他急忙召集群臣商议对策，余大成说：“祖大寿惧怕皇上连罪，不得不反，只要袁崇焕写一封手书，就可以把他召回来。”成基命也认为只有这个办法是可行的。崇祯一听，马上派人到监狱里催促袁崇焕给祖大寿写信。袁崇焕刚开始还拒绝说：“祖大寿之所以听从我的命令，是因为那时候我是督师，而现在我只是一个阶下囚，哪里能命令祖大寿呢。”皇上又派余大成来给袁崇焕讲大义，袁崇焕想到此时此刻明朝正处于危亡之际，这时候不能顾及自己的安危了，为了国家，袁崇焕快速写了一封信，朝中立即飞马急追祖大寿。
此时，祖大寿刚出山海关，正打算往锦州走。飞骑追到他，出示了袁崇焕的手书，祖大寿立即下马捧书大哭，全军均泣涕不止。祖大寿是出名的孝子，他每次出军他的母亲都随他左右，此时，他的母亲和孙承宗都劝他奋勇杀敌以赎出袁督师。在辽东将领中，他是营救袁崇焕最卖力的一员，曾请求削职为民，以自己的官阶赠荫换取袁督师性命。但袁崇焕最终还是被他奋勇保卫的人千刀万剐了。之后祖大寿率领袁崇焕旧部，这支大明最精锐的部队，驻守宁远、锦州、大凌河等要塞，抵御清兵的入侵。
如果此时崇祯能够立刻悔悟，放袁崇焕出来带兵，明朝仍然大有击破清兵的机会。但崇祯只是一味急躁求战，下旨分设文武两经略。这又是事权不统一的一个大错误，大概他以为文武分权，总不能两个经略一起造反。文经略是兵部尚书梁廷栋，武经略是满桂。
清兵于十二月初一攻克良乡，得到袁崇焕下狱的消息，皇太极大喜，立即自良乡回军，至卢沟桥，击破明副总兵申甫的车营，迫近北京永定门。
申甫的所谓“车营”，是崇祯在惶急之中所做的许多可笑事情之一。申甫本来是个和尚，异想天开的“发明”了许多新式武器，包括独轮火车、兽车、木制西式枪炮等等，自吹效力宏大。崇祯信以为真，立即升他为副总兵，还发钱给他在北京城里招募了数千名市井流民，成立了新式武器的战车部队。大学士成基命去检阅新军，认为这支部队决不可用，崇祯固执不听。皇太极回师攻来时，这支战车部队出城交锋，一触即溃，木制大炮自行爆炸，和尚发明家阵亡。
满桂身经百战，深知应当持重，不可冒险求战，但皇帝却不停地催促，如果不出战，肯定会落下与袁崇焕一样的下场，无可奈何之下，满桂只得与总兵孙祖寿、麻登云、黑云龙等集骑兵、步兵四万列阵。皇太极令部属冒穿明兵服装，拿了明军旗帜，黎明时分突然攻近。明军不分敌友，顿时大乱，满桂、孙祖寿都战死，黑云龙、麻登云被擒。京师大震。
这时祖大寿、何可纲等人得到袁崇焕狱中手书，又还兵来救。皇太极对袁崇焕的部队始终有忌惮，感到后路所受到的威胁严重，于是并不进攻北京，写了两封议和的信，放在安定门和德胜门城门口，取道冷口而还辽东。
崇祯四年，祖大寿奉孙承宗之命坚守大凌河城，八月，大凌河城才修到了一半，皇太极再次以倾国之师，将大凌河城团团围住。祖大寿突围不得，援军又被击退，只能闭城坚守。皇太极不断地送信劝他投降，他都不予理睬。就这样坚守了3个月，最后无论如何都没有办法再守下去了，所有的将领，除了副将何可纲，都认为只有投降一条路可走了。于是祖大寿长叹一声：“人生岂有不死之理？但为国为家为身，三者并重。今既尽忠报国，惟惜此身命。”于是杀了誓死不从的副将何可纲，与皇太极在城外设坛盟誓，算是正式投降了。然后，他向皇太极献策，说愿意带一支兵马去锦州，在城里当内应，皇太极满心欢喜。但祖大寿进锦州城后就抵抗清军。皇太极恼羞成怒，两次御驾亲征攻打锦州、宁远，都无功而返。祖大寿又为明朝守了10年的城，直到崇祯十四年四月，清兵再次倾国而来，包围了锦州城。这一次整整围了一年，洪承畴的14万援军在松山被击溃，洪承畴投降；祖大寿粮尽援绝，只好再次投降。这样的情况下，皇太极仍没有杀他，只是没有给他部队，也没再重用他。
当清兵围城时，崇祯又开始张皇失措，这不单表现在将袁崇焕下狱一事上，此外，因为这事受牵连的大臣还有不少。崇祯认为兵部尚书王洽处置不善，下狱。王洽相貌堂堂，魁梧威猛，当时是很出名的。崇祯当初用他做兵部尚书，就是看中了他的相貌，说他像个“门神”。当时北京百姓私下说，门神是一年一换，这个王门神的兵部尚书一定做不长久。果然不到过年，门神就除下来了。围城时一切混乱，监狱中的囚犯乘机大举越狱，于是崇祯又将刑部尚书和侍郎下狱。崇祯又“发觉”北京的城墙不大坚固，似乎挡不住清兵猛攻，其实，那时城墙就算坚固之极，他也会觉得还不够坚固，于是将工部尚书和工部几名郎中一起在朝廷上各打八十棍再下狱。三个郎中两个年老、一个体弱，都在殿上当场被活活打死了。至于那个蓟辽总督刘策，他负责的长城防线被清兵攻破，崇祯将他处死，更是不在话下。
当时各地来北京勤王的部队确实不少，本来由袁崇焕统一指挥，大可发挥其威力。但袁崇焕一下狱，各路兵马便开始军心大乱，再加上欠饷和指挥混乱，山西和陕西的两路援军都溃散回乡，成为“流寇”。“流寇”本来都是饥民，只会抢粮，不会打仗，这些溃兵一加入，有了军事上的领导，情形完全不同了。就从那时开始，“流寇”真正成为明朝的心痛。
袁崇焕蒙冤下狱，朝中群臣大都知道他是被冤枉的。内阁大学士周延儒、成基命和吏部尚书王来光都上疏解救袁崇焕。总兵祖大寿也上书说愿削职为民，为皇帝死战尽力，为袁崇焕赎罪。袁崇焕的部属何之壁率领全家四十几口人，到宫外申请，愿意全家入狱，将袁崇焕换出来。崇祯一概不准。崇祯一定也清楚地知道，单凭杨太监从清军那里听来的几句话，就此判定袁崇焕有罪，那是不能令人信服的，何况这“群英会蒋干中计”的故事，人人皆知。皇帝现在则变成了大白脸曹操，他也觉得羞耻。这时宫中发生了一件奇怪的事情：御史曹永祚忽然捉到了七名奸细，他们自称是奉袁崇焕之命去送信给清军的。这七名奸细交给锦衣卫押管。崇祯命诸大臣会审，不料到了第二天辰时，诸大臣会齐审讯的时候，锦衣卫却报称说：七名奸细都逃走了。众大臣相顾对视，心中自然雪亮雪亮的，皇上是下决心要杀袁崇焕了。锦衣卫又是皇帝的御用兵，放走这七名“奸细”，自然是出于皇帝的密旨。猜想起来，那御史曹永祚本来想附和皇帝，安排了七名假奸细来诬陷袁崇焕，但不知如何，部署无法周密，预料众大臣会审一定会露出马脚。崇祯就吩咐锦衣卫将七名奸细放了，更可能是悄悄杀了灭口。
对于这件事情，负责监察、查核军务的兵部给事中钱家修向皇帝进行了严重责问。崇祯难以辩驳，只好敷衍他说，等将袁崇焕的事情审问明白之后，便将他派到边疆去办事立功，还准备升他的官。崇祯这个答复，其实已等于是承认了袁崇焕无罪。
兵部职方司主管军令、军政，对军务内情再清楚不过了。职方司郎中余大成极力为袁崇焕辩白，而兵部尚书梁廷栋却反对，为了这事，他们俩几乎天天为了袁崇焕的事情争执。当时朝廷加在袁崇焕头上的罪名无非就只有两条，一是“叛逆”，二是“擅主和议”。所谓叛逆，唯一的证据是擅杀毛文龙，去敌所忌。袁崇焕擅杀毛文龙，在手段上固然有错，可是，在杀了毛文龙之后，崇祯已经明令公布毛文龙的罪状，又公开嘉奖袁崇焕杀得对，就算真的不该杀，可是当时他已经说袁崇焕做得对，现在追究起责任来，责任也是在皇帝了，这已经不能算作是袁崇焕的罪名了。
嘉靖年间，曾有过一个类似的例子：在徐阶的主持下，终于扳倒了大奸臣严嵩、严世蕃父子。严世蕃十分工于心计，在狱中设法放出空气，说别的事情我都不怕，但如说我害死沈炼、杨继盛，我父子就难逃一死。三法司听到了，果然中计，便以此定为他的主要罪名。徐阶看了审案的定稿之后，说道：“这道奏章一上去，严公子就无罪释放了。”三法司忙问原因。徐阶解释理由：杀沈杨二人，是嘉靖皇帝下的特旨，你们说沈杨二人杀错了，那就是指责皇上的不是。皇上怎么可能认错？结果当场释放严世蕃，以证明皇帝永远是正确的。三法司这才恍然大悟，于是胡乱加了一个“私通倭寇”的罪名，就此杀了严世蕃。
但崇祯对于这样性质相同的事情却全然不顾。至于说袁崇焕“擅主和议”，无非也就是进行了和平性的试探而已，并非像他说的那样“擅缔和约”。袁崇焕当时提出的缔和建议当场就被朝廷否决，崇祯如果觉得他“擅主和议”是过失，那么，他当时又干什么去了？如果真的是有过失，当时就应加以惩处，为什么当时没有惩处他，反而还加他太子太保的官衔，自二品官升为从一品，又赐给他蟒袍、玉带和银币。又升又赏，“擅主和议”这件事当然就不算罪行了。这时关外的将吏士民不断到总督孙承宗的衙门去号哭，为袁崇焕呼冤，愿以身代之。孙承宗深信袁崇焕是无罪的，极力安抚祖大寿，劝他立功，同时上书崇祯，盼望以祖大寿之功来赎袁崇焕之“过”。崇祯却不予理睬。
一个没有任何功名职位的布衣程本直，在此时却显示了罕有的侠义精神。这样的事情，就算是在轻生重义的战国时代，也足以哄传天下。
程本直与袁崇焕素无渊源，曾三次求见袁崇焕都没有见到，到后来终于见到了，他对袁崇焕可以算得上是钦佩至极，于是便投在袁崇焕的部下为他办事，并拜袁崇焕为老师。袁崇焕被捕后，程本直上书皇帝，列举种种事实为袁崇焕辩白，请求释放袁崇焕，让他带兵卫国。这道白冤疏写得怨气冲天，最后申请愿意代袁崇焕去死。崇祯大怒，将他下狱，后来终于将他杀了，完成他的志愿。
大学士韩爌是袁崇焕考中进士时候的主考官，是袁崇焕名义上的老师，因此他也被迫辞职。御史罗万爵申辩袁崇焕并非叛逆，因而被削职下狱。御史毛羽健曾和袁崇焕详细讨论过五年平辽的可能性，因此而罢官充军。
当时朝臣之中，大约有七成的人是同情袁崇焕的，其余三成则只是附和皇帝的意思罢了，皇上说是对的，他们就跟着说是对的。其中主张杀袁崇焕的有首辅温体仁和兵部尚书梁廷栋。
温体仁是浙江乌程（吴兴）人，他和毛文龙本是同乡，袁崇焕杀了毛文龙，所以他一心想为毛文龙报仇。梁廷栋和袁崇焕是同年（万历四十七年）的进士，又曾在辽东共事。当时袁崇焕是他的上司，曾得罪过他。他小肚鸡肠，一直记恨着，这次既能报仇，又能讨好皇帝，他当然是何乐而不为了。
随着时间的推移，阉党的余部和朝中的奸臣都开始助纣为虐，陷害袁崇焕。其中，用心最毒的有四人：礼部尚书、大学士温体仁，内阁首辅、大学士周延儒，兵部尚书梁廷栋和吏部尚书王永光，他们都是崇祯皇帝身边的红人，也是当时朝中位高权重的奸臣。崇祯皇帝生性多疑，刚愎自用。人人都说“伴君如伴虎”，崇祯皇帝恐怕是最凶狠恶毒最难侍候的一只“虎”了。
崇祯身边掌权的太监，大都是在北京城郊有庄园、店铺私产的，后金兵攻到的时候，在郊区焚烧劫掠，众太监的损失很大，大家都说是袁崇焕将敌兵引进来的。毛文龙在皮岛当东江镇总兵之时，每年饷金数十万，其中有一大部分根本就不运出北京，而是分给了京城在皇帝身边的用事太监们。袁崇焕把毛文龙一杀，众太监的这些收入都断绝了。所以，他们都记恨着袁崇焕。此外还有几名御史高捷、袁弘勋、史范土等人，也主张杀袁崇焕，他们却另有私心。当袁崇焕下狱之时，首辅是钱龙锡，他虽曾批评袁崇焕相貌不佳，但一向都很支持袁崇焕。高捷等人在天启朝附和魏忠贤。惩办魏忠贤一伙奸党的案子叫做“逆案”，高捷、史等案中有名，只不过罪名不重，还是有官做。钱龙锡是办理“逆案”的主要人物之一。高捷一伙想把袁崇焕这案子搞成一个“新逆案”，把钱龙锡攀进在内。因为袁崇焕曾与钱龙锡商量过杀毛文龙的事，钱并不反对，只劝他慎重处理。“新逆案”一成，把许多大官诬攀在内，老逆案的臭气就可冲淡了。结果新逆案没有搞成，钱龙锡却丢官下狱，被定了死罪，后来减为充军。
满桂部队最初败退到北京时，军纪不佳，在城外扰民，北京百姓不分青红皂白，把罪名都加在袁崇焕头上。
党派的冲突和谣言，个人的私怨和妒忌，最终都交织成了一张诬陷的罗网，而最令人感到痛心的是：袁崇焕小时候的好伙伴加亲信谢尚政也诬陷他。谢尚政是东莞人，武举，袁崇焕到山海关、第一次上奏章就保荐他，说他是自己平生所结的“死士”，可见谢尚政是袁崇焕年轻时就结交的好朋友。他在袁崇焕的提拔下才得以升到参将。袁崇焕当时杀毛文龙，就是这个谢参将带兵把毛部士卒隔在围外。兵部尚书梁廷栋正因为想杀袁崇焕而找不到理由，于是，便授意谢尚政诬告袁崇焕，并答应他袁崇焕的罪名一旦成立，就升他为福建总兵。谢尚政竟然利欲熏心，不顾多年照顾他的袁崇焕，竟然答应了梁廷栋的要求。出头诬告了这个平生待他恩义最深的主帅。以袁崇焕知人之明，但最终还是看错了谢尚政。要了解一个人，那是多么的困难！袁崇焕对崇祯的糊涂与奸臣的诬陷，或许并不痛恨，因为崇祯与众奸臣本来就是那样的人，但对于谢尚政的忘恩负义，一定是耿耿于怀吧！或许，他也曾想到了，就算是岳飞，也被部下大将王贵所诬告，因而构成了风波亭之狱。只是王贵诬告，是由于秦桧、张俊的威迫，而不是自愿的。谢尚政却是受了利诱，比较起来，谢尚政比王贵更卑鄙一些。可是谢尚政枉作小人，他的总兵梦并没有做成，不久梁廷栋以贪污罪垮台，查到谢尚政是贿赂者之一，所以他也没能逃脱，因此革职。
袁崇焕的罪名终究因为谢尚政的诬陷成立了，是所谓的“谋叛”。崇祯自始至终都没有叫杨太监出来作证。“擅杀毛文龙”和“擅主和议”两件事情的理由都不充分，崇祯无论如何都难以自圆其说，终于也不再提了。本来定的处刑是“夷三族”，意思就是说要将袁崇焕全家、母亲的全家、妻子的全家都满门抄斩。余大成知道后，就去威吓主理这个案子的兵部尚书梁廷栋说：“袁崇焕并非真的有罪，你我都清楚。只不过是后金兵围城，皇上震怒。我在兵部做郎中，已换了六位尚书，亲眼见到没一个尚书会有好下场。你现在做兵部尚书，你能保证今后后金兵不再来犯吗？今天如果你诛灭了袁崇焕三族，造成了先例，那么，后金兵若是再来，梁尚书，你还是先顾及一下你自己的三族吧。”梁廷栋给这番话吓怕了，于是和温体仁商议设法减轻处刑，改为袁崇焕凌迟，其七十几岁的母亲、弟弟、妻子和几岁的小女儿流放两千里。母家、妻家的人就不牵累了。
“凌迟”规定是要割一千刀，要到第一千刀上才能将人杀死，否则刽子手就会被判为有罪，这就是所谓的“千刀万剐”。所以骂人的时候，“杀千刀”是最恶毒的咒骂。这是袁崇焕个人的悲哀，更是专制统治下不辨是非黑白、只知盲从的全体民众的悲哀。
袁崇焕在临死之前还写了一首《绝命诗》。
绝命诗
一生事业总成空，半世功名在梦中。
死后不愁无勇将，忠魂依旧守辽东。
如果说，熊廷弼被处死并传首“九边”示众让明朝边关将士感到寒心的话，那么袁崇焕的惨死就让所有明军将士都彻底绝望了。难怪此后无论是对后金，还是对李自成农民军，明军都士气低落，节节败退。袁崇焕死后，后金八旗兵沿着第一次攻战路线，多次深入北京周边地区，攻城略地，抢劫粮食财物。辽东明军将领洪承畴、祖大寿等人最后都投降了，用叛变行为回答了崇祯皇帝的薄恩寡义与残酷无情。人心向背已发生根本变化，这都是崇祯皇帝自己一手造成的，亡国丧命是顺理成章的事。自从袁崇焕死后，明朝边防更缺乏能征善战的将帅了，明朝灭亡的迹象在此时已经暴露无遗，这就是《明史》对袁崇焕所作的不失公允的“盖棺定论”。
崇祯规定袁崇焕死后任何人都不能帮他收尸，袁崇焕死后，骸骨弃在地下，无人敢去收葬。只有他的一个叫佘三的义士，顺德马江人，半夜里去偷去了骸骨，收葬在广渠门内的广东义园。隔一道城墙，广渠门外的一片广场之上、城壕之中，便是八个半月之前袁崇焕率领将士大呼酣战的地方。他拼了性命击退来犯的十倍敌军，保卫了皇帝和北京城中百姓的性命却落得如此可悲的结局！