辽东实际上有两个战场，一个是山海关及关外宁远锦州一线正面战场，明军与后金的对峙攻防；另一个是鸭绿江入海口的皮岛和辽东半岛金州的游击战场，毛文龙率部在后金后方夹击牵制。
毛文龙，浙江杭州人，文化程度较低，擅长骑马射箭。年轻时没有正当职业，摆地摊测字看相谋生。明万历三十三年（1605）被兵部主事沈光祚看中，推荐到辽东总兵李成梁部下任千总，后来考中武举人，名列第六。天启元年（1621），在辽东巡抚王化贞手下任标下游击（无品级和名额定编，协调驻防地的防守接应援助事宜）。同年三月二十一日，努尔哈赤率军攻下辽阳时，毛文龙奉王化贞之命从海上联络抗后金力量，于七月乘虚攻下位于定辽右卫（凤凰城）东南面、靠近鸭绿江入海口的镇江堡（即九连城），并收编辽东地区的汉族难民十余万人，建立了一支7万余人的部队。明朝上下为之欢呼。毛文龙被王化贞升为副总兵。没过多久，镇江堡又被后金夺回。毛文龙被迫率军撤退到近海的鸭绿江入海口的皮岛上，此后升任总兵。
毛文龙之所以投军，主要原因是他有个舅舅在兵部做官。毛文龙喜欢下围棋，常通宵下棋，爱说：“杀得北斗归南。”捧他场的人，说他的棋友中有一个道人，从围棋中传授了他兵法。如果真有这样的事，毛文龙的棋力一定相当低，因为他的兵法实在是令人汗颜。又有一个传说：他上京去投靠舅舅的前夕，睡在于庙（于谦的庙，在杭州与岳庙并称）里祈梦，梦到于谦写了十六个字给他：“欲效淮阴，老了一半。好个田横，无人做伴。”这十六个字后来果然“应验”了：韩信27岁为大将，毛文龙为大将时52岁；田横在岛上自杀时，有五百士自刎而殉，毛文龙在岛上被杀，只有他一人死了。这当然是好事之徒事后捏造出来的。于谦见识何等超卓，又怎会将他这个无聊同乡去和韩信、田横相比？
毛文龙到达北京之后，因得到了舅舅的推荐，才得以到辽东去投效总兵李成梁，后来在袁应泰、王化贞两人手下，升到了大约相当于团长的职位。他的功绩主要是造火药超额完成任务和练兵，可见毛文龙是一个能干的后勤人员。辽东失陷后，他带了一批部队，在沿海各岛和辽东、朝鲜边境地区混来混去，打打游击。他招纳辽东溃散下来的中国败兵和难民，势力渐渐扩充，终于找到了一个机会，带领了98人，袭击镇江城，俘虏了清军守将。这是明军打败清兵的罕有事件，王化贞大为高兴，极力推荐，升他的官，驻在镇江城。但不久清兵大军反攻，镇江城就失去了。毛文龙将根据地迁到皮岛，自己仍在辽东、朝鲜边境地区打游击。
逃到皮岛上的汉人为数不少。毛文龙作为根据地后，再招纳汉人，声势渐盛。明朝特别为他设立一个镇，叫作东江镇，升毛文龙为总兵。
那时袁崇焕刚出山海关，还未建功。明朝唯一能与后金兵交战的只有毛文龙的军队，所以当时他的名气相当大。当时董其昌曾上奏说：国家只要有两个毛文龙，努尔哈赤便可以擒拿，辽东便可以收复。由此也可见到一般朝臣对毛文龙的好感。毛文龙不断升官，升到左都督，挂将军印，赐尚方剑。天启皇帝提到他时称为“毛帅”，不叫名字。
天启四年五月，毛文龙遣将沿鸭绿江、越长白山，攻入后金的东部，最后被守将击败，全军覆没；五年六月及六年五月，他又曾两次派兵袭击后金城寨，也都丧师败归。毛文龙打仗是不行的，可是连年袭击后金腹地，不失为有牵制作用。那时候明军一见后金兵就望风而遁，毛文龙胆敢主动出击，应当说他确实勇气可嘉。
他在中朝边区打游击时，虽然屡战屡败，却也能屡败屡战。上了皮岛之后，有了大海的阻隔，后金没有水师，安全感大增，加之又上了年纪，很快就腐化起来。
他在皮岛上开始做起生意来，并且越做越大。不但征收商船通行税，他还派人去辽东和朝鲜挖人参。一方面向朝廷要粮要饷，另一方面又向朝鲜要粮食，理由是帮朝鲜抵抗后金，要收保护费。朝鲜没有办法，只好运粮给他。他升官发财之后，对打仗更加没有兴趣了。当时皮岛驻军有28000，战马3000余匹，皮岛之东的身弥岛驻兵千余，作为皮岛的外围，宁锦大战之时，毛文龙手拥重兵在旁，竟不发一兵一卒去支援，也不攻击后金兵后方作牵制。袁崇焕当然极不满意，但因自己的权力管不到他的头上去，所以，也没有办法，天启年间，毛文龙不断以大量贿赂送给魏忠贤和其他太监、大臣，对朝中当权派的公共关系做得极好。天启五年，御史麦之令弹劾毛文龙，认为他无用，辽东军务不能依靠他。魏忠贤极力袒毛，说麦之令是熊廷弼的同党，将他杀了。这样一来，所有反对魏忠贤的东林党清流派都恨上了毛文龙。
随着势力的不断壮大，毛文龙开始变得飞扬跋扈，不听节制，虚报军饷，俨然成了割据一方的军阀。袁崇焕对此早就有所耳闻。身任钦差大臣，督师蓟辽，兼督登、莱、天津军务后，袁崇焕成了毛文龙的顶头上司。如何避免熊廷弼与王化贞经、抚不和互相掣肘最终导致大败悲剧的重演，集中辽东各方兵力早日实现“五年平辽”的目标，实现精简兵员节省军费，都使袁崇焕不得不对毛文龙东江部队的出路进行慎重思考。
崇祯接位后，毛文龙的作风依旧不改。朝廷觉得皮岛耗费粮饷太多，要派人去核数查账。毛文龙多方推托。
袁崇焕的新任命，理论上是有权管到毛文龙所在的皮岛东江镇的。于是，朝中便有人建议皮岛的粮饷经由宁远转运，意思就是说皮岛的粮饷由袁崇焕控制。甚至有人主张撤退皮岛守军，全部调去宁远。这些主张，都遭到毛文龙的抗拒，而兵部又对毛相当支持。
在关内外防线基本巩固后，袁崇焕先是奏请崇祯皇帝撤销了辽东巡抚和登莱巡抚两个建制；之后，就着手应对东江部门的节制与精简事宜。
其实，早在离开北京赴任前，袁崇焕就确定了这样一个基本态度：如果毛文龙服从指挥，就继续重用，否则就设法除掉。到任之初，袁崇焕立即给毛文龙发出了一个强烈的试探信号——他下令登州所有船只严禁出海，所有运往东江的物资装备，一律先运抵宁远附近的觉华岛（今菊花岛），经过旅顺口，再运到皮岛；原来由天津发送给东江镇部队的粮饷，也一律经过觉华岛，加挂督师衙门的旗号后才允许出海。这样做，既控制了毛文龙的粮饷装备供给渠道，也切断了皮岛原来的海上贸易命脉，从经济上显示了节制权威。
果然不出袁崇焕所料，毛文龙直接向崇祯皇帝告状，说袁崇焕的做法无异于“拦喉切一刀”，想置他和东江镇部队于死地；并说袁崇焕的所作所为，与少数朝中大臣攻击东江镇部队虚报军饷，都是个人意气用事，只逞一时之私愤，弃国家危难于不顾，纯粹是同室操戈搞内耗。
这一告，将辽东两位将帅的矛盾彻底公开化了。崇祯皇帝在安慰毛文龙“从长商榷”的时候，对袁崇焕的态度似乎没有过多考虑，对两人矛盾激化的后果更没有及时采取措施加以预防；袁崇焕也可能据此错误地领会，崇祯皇帝默许了自己的做法。
袁崇焕写信给首辅钱龙锡商量，要杀毛文龙。钱龙锡回信劝他一切慎重。袁崇焕曾在北京的时候，就曾和钱龙锡提起过要杀毛文龙的事，当时袁对钱龙锡说，要恢复辽东，必须从整肃东江镇的军纪开始。
除掉毛文龙的主意一拿定，袁崇焕就立即付诸行动。一方面，他奏请皇上催促户部将10万两军饷早日发给东江镇，缓解毛文龙的怨气，其实这是为了麻痹毛文龙；另一方面报告皇上批准，以面授方略、商议东西夹击后金的军事计划为名，邀请毛文龙离开皮岛到三岔、旅顺之间的双岛见面。武夫出身的毛文龙终究是个大老粗，至死也没有识破这是一个“圈套”，毫无准备地钻了进来。
袁崇焕决心要解决这件事。崇祯二年五月二十二日，袁崇焕离开宁远，去和毛文龙会谈，约定了在旅顺附近的一个小岛上相会，这小岛叫做双岛。从宁远经渤海到旅顺，和从皮岛经黄海到旅顺，旅顺是一个中间地点，也可说是中立地带，所以海程大致相等。那时毛文龙对袁崇焕早已心存疑忌，如果邀他到宁远相会，他肯定不会来的。但是如果袁崇焕去皮岛，却又是身入险地。所以，只好找了一个中间的地段。
袁崇焕除座的船之外，还另带了38艘船，出发前，他先试放了西洋大炮，射程远的有五六里，近的有三四里。二十六日到双岛，登州带了兵船四十八艘来会。二十七日到岛山停泊，旅顺的军官前来参见。袁崇焕带众将上山，到龙王庙去拜龙王，对众将训话：“本朝开国，中山王徐达、开平王常遇春诸君起初在鄱阳湖、采石矶大战，后来一直打到漠北，水战固然胜，马步战也胜，才能驱逐胡元，统一中国。现在你们的水师只能以红船在水上自守，后金鞑子不下海，难道能赶他们入海打水战么？所以水师必须也能陆战。”
4天之后抵达距旅顺水路40里的双岛海面。三十日晚上，毛文龙带兵3500人从皮岛赶来，在双岛上扎营。次日，毛文龙上“督师船”拜谒袁崇焕并送上见面礼，随后袁崇焕回访毛文龙的座船。六月三日，袁崇焕登上双岛，毛文龙在临时的营帐内设宴接风，两人秘密交谈了一整天。期间，袁崇焕半开玩笑半认真地请毛文龙告老还乡，原部队由他直接指挥，而毛文龙反唇相讥。上岛的第二天，袁崇焕通过毛文龙的随从向其转达了改编部队、听从节制，在东江、金州设立行政管理机构等要求，毛文龙同意前两项，但拒绝在所镇守的范围内设行政管理机构。
六月五日，袁崇焕在双岛召集毛部将士，按每名官员三至五两、士兵一钱的标准，向3500名官兵补发10万两饷银。毛文龙进入督师营帐内当面致谢。袁崇焕吩咐让其部将一起进入营帐。问起毛文龙部将姓名，个个都姓毛，毛文龙在一旁解释说，这些都是他的子孙部将，百分之百的“毛家军”。袁崇焕发表了一番热情洋溢的讲话，大大地赞赏了东江镇部队将士艰苦作战镇守要地的功劳，令毛文龙的部将们叩头感动不已。
随后，袁崇焕话锋一转，当众宣布了毛文龙的十二条罪状。第一，九年以来，兵马钱粮不受经略、巡抚核管；第二，虚报战功，欺骗朝廷；第三，刚愎自用，嚣张跋扈，不听上级号令；第四，私自侵吞国家边疆海域钱粮；第五，擅自设立马市贸易，私通朝鲜及后金；第六，结党营私，把部将当成私人爪牙，亵渎朝廷赋予的权力；第七，打劫商旅，获赃无数，形同海盗；第八，好色淫秽，奸淫女子，生活作风败坏；第九，动用私刑，拘禁难民，草菅人命；第十，明知故犯，违反边关将领不得交结皇宫内侍人员的禁令，图谋不轨；第十一，邀功请赏，欺骗朝廷，掩盖败绩；第十二，立足皮岛八年多，没能收复辽东寸土。说完这十二条罪状，袁崇焕就命令部下捉住毛文龙，剥去官服，用绳绑住。毛文龙毫无思想准备，虽然不甘心束手就缚，也无可奈何。随从的部将大惊失色，一下也不知所措，无人出来反抗。其实，袁崇焕早已让参将谢尚政（东莞茶山人，后又指证袁崇焕擅杀毛文龙）部署妥当，即使毛的部将反抗也会立即被镇压。
这十二条罪状中，有几条罪状平心而论是不成立的。毛文龙说取登州、南京易如反掌，只不过一时的夸口，并非真的是要造反；他向外国买马，当是军中需要；擅自封官是得到朝廷授权的，部将喜欢姓毛，只是他们在拍主帅的马屁，这些都没有什么大不了；不能恢复寸土，只能说他无能，但这并不能说他有罪，要打败后金兵，恢复失地，谈何容易？在岛上为魏忠贤塑像，更难以算是他有罪。天启年间，魏忠贤权势熏天，各省督抚都为魏忠贤建生祠、塑像而向他跪拜。当时袁崇焕在宁远也建了魏忠贤的生祠。时势所然，人人难免。
看到现场没出大乱子，袁崇焕对毛的部将说：“毛文龙罪大恶极，你们认为当斩不当斩？如果有人认为我冤枉了他，就请上来杀了我！”说完这话，袁崇焕真的摆出引颈就戮的架势来。
隔了一会，众将知道是怎么回事后，纷纷叩头哀求刀下留人。袁崇焕还是厉声数落毛文龙的大逆不道，并强调实现“五年平辽”的目标，靠的就是军法严明，令行禁止。像毛文龙这样无法无天的人如果不正法，如何能服军心。并说当日皇上赐给自己尚方宝剑正是为了严肃军纪。毛文龙一听，以为袁崇焕是奉了皇上之命前来处斩自己，连忙承认自己罪该万死，但哀求从宽赦免。袁崇焕不为所动，手托尚方宝剑，朝着京城的方向行“请旨礼”，说：“为了严肃军纪国法，微臣今天诛杀毛文龙。今后，如果再有将领像毛文龙这样不听号令无法无天，一律斩首。五年之内我不能平定辽东，到时也请求皇上像今日处斩毛文龙一样将我处斩！”说完此话，袁崇焕就将尚方宝剑交给旗牌官（钦差大臣被授给写有令字的蓝旗和圆牌，是拥有先斩后奏便宜从事特权的标志。掌管这类“旗”与“牌”的官就被称为旗牌官），立即将毛文龙在营帐前斩首。
处死毛文龙后，袁崇焕立即稳定毛文龙部将的军心，他说：“今天我只斩毛文龙一人，其他将领无罪，原职带兵。希望大家不要受毛文龙的影响，继续全力报效国家。”接着，袁崇焕宣布改编命令，将东江镇部队分为四支，分别由毛文龙的儿子毛承禄、旗鼓中军徐敷奏、游击刘兴祚、副将陈继盛统率。皮岛及金州的行政事务暂时由陈继盛代管。第二天，袁崇焕为毛文龙举行祭礼，并声称，处斩毛文龙是出于维护纲纪国法之公心，拜祭毛文龙是出于朋友私交之情谊。
毛文龙死后，有些不服气的部将渐渐离去，其中重要的叛将有孔有德、耿仲明、尚可喜。这三人投降后金，为清朝出了很大力气，后来都封王。清初四大降王，除吴三桂外，其余孔、耿、尚三人都是毛文龙的旧部。不过这也不能说是袁崇焕的过失。
对于“杀毛事件”，当时舆论大都是同情毛文龙的。一般朝臣认为，毛文龙即使有罪，也不该袁崇焕杀。毛文龙是一个镇的总兵，也只能由皇帝才能下旨诛杀。皇帝的统治手段，主要只是赏与罚。袁崇焕擅杀大将，严重地侵犯了君权。
袁崇焕随即犒赏军士，尽除皮岛毛文龙的虐政。回宁远后上奏禀报，最后说：毛文龙是大将，不是臣有权可以擅自诛杀的。臣犯了死罪，谨候皇上惩处。
对于毛文龙，是用是杀，袁崇焕实际上处于两难境地。袁崇焕深知，要在五年内征服后金平定辽东，单靠西线明军的力量显然不够，只有争取到东线明军的有力夹击才可增加胜算。依照毛文龙的个性和一贯作风，听从节制协同作战的可能性又极小。在明朝财政日趋困难、军费开支庞大紧张的形势下，袁崇焕提出精简兵员节省军费的建议，得到崇祯皇帝的高度评价并推行到其他各个军事重镇。毛文龙虚报兵员人数冒领军饷，抵制精简，既增加了军费负担，也滋长了军中的腐败；既不利于明军战斗力的提高，也有碍辽东精简兵员节省军费方针的贯彻。加上毛文龙曾投靠阉党，而袁崇焕本来就痛恨阉党腐败，还曾身受阉党的迫害辞官归乡，杀毛文龙之举无疑也夹杂了这种感情。基于上述复杂的原因，不得不杀毛文龙。然而，杀了毛文龙，东线军心严重动摇，袁崇焕能不能如愿实现统一指挥，更好地发挥牵制夹击作用，也是一个疑问。
袁崇焕杀毛文龙之举，恰恰犯了“欲速则不达”的错误，出现了事与愿违的结果。后来的种种情况表明，杀掉毛文龙，给袁崇焕个人乃至整个辽东战局都种下了祸根。
其一，东江明军力量迅速弱化。东江镇明军的大部分将官，多年跟随毛文龙出生入死，心甘情愿做毛文龙的子孙部将，与毛文龙的关系非同一般。毛文龙被杀时，他们无可奈何，但当他们回到原来的位子上统兵作战时，不满情绪日趋强烈。由袁崇焕任命、统率毛文龙的一部分旧部并代管东江行政事务的副将陈继盛，不久就被东江部分叛乱将士杀害。毛文龙的子孙部将孔有德、耿仲明愤然离开东江，投奔山东孙元化，担任登、莱参将。即使是袁崇焕被朝廷千刀万剐，也没能消解他俩因毛文龙被杀对朝廷的怨恨。崇祯六年（1633），当他们接到援助辽东的命令后，竟然自封元帅，发动武装叛乱，所向披靡，危害山东。不久，干脆渡海向对手投降，后来成为清军入关南下的主力。
其二，后金少了东江的顾忌后，对明军迅速采取攻势。毛文龙部能够长期立足后金后方，说明了他们具有相当的战斗力。后金对东江部队的游击战的牵制也有所顾忌，因而不敢倾力进攻宁远明军，是两军形成对峙局面的因素之一。毛文龙一死，东江部队失去了灵魂，加上内讧不断，一下子很难对后金构成威胁，后金终于去掉一个心病。时隔不久，后金就挥师直驱明朝京城，说明诛杀毛文龙是一件不理智的事情。
其三，加深了崇祯皇帝对袁崇焕的不信任。这从崇祯获悉毛文龙被杀后的震惊与无奈中可以看出来。
在有关事宜安排停当后，当年的六月九日，袁崇焕启程返抵宁远。当日立即写了一道数千字的奏章，原原本本报告了处斩毛文龙的原因与过程。
接到毛文龙被杀的消息，崇祯皇帝非常震惊。将在外君命有所不受，况且袁崇焕手里有尚方宝剑，被赋予先斩后奏的特权。辽东战局全权既然已交付给袁崇焕，而毛文龙被杀已成事实，想到这些，崇祯也就无可奈何了。为了不影响袁崇焕一心平辽，崇祯皇帝在六月十八日批复了袁崇焕的奏章，强调毛文龙罪有应得，杀之以正国法理所当然。为了封住朝廷大臣议论口舌，崇祯皇帝还专门就此事给兵部发了一道圣旨，重申了支持袁崇焕的态度。然而，从崇祯皇帝不声不响铲除魏忠贤及阉党骨干分子的作风推测，他打心眼里非常恼火袁崇焕擅自斩杀边关大将的行为。后来，崇祯皇帝中了后金的反间计冤杀袁崇焕的事实也充分说明了这一点。
杀了毛文龙以后，袁崇焕重新编定了辽东的兵员，山海关内外、山东登莱二州、天津、东江四处的部队定编153000人、8万多匹马，每年军费480万两，比原来节省了120万两，崇祯皇帝对此表示满意。
当时大名士陈眉公对“杀毛事件”抨击甚烈。另一个大名士钱谦益是毛文龙的朋友，对朝野舆论当然也有影响。《明季北略》甚至说：袁崇焕捏造十二条罪名来害死了毛文龙，与秦桧以十二道金牌来害死了岳飞完全一样。却又是过分地批评了。
推测袁崇焕所以用这样的断然手段杀毛，首先是出于他刚强果决的性格。其次，文人带兵，一定熟读孙子兵法，对于孙子杀吴王爱姬二人、因而使得宫中美女尽皆凛遵军法的故事，对于“将在外，君命有所不受”的军法观念，一定印象十分深刻。那时候宁远、锦州、蓟州各处军事要地都曾发生兵变，如不整饬军纪，根本不能打仗。袁崇焕明知这样做不对，还是忍不住要杀毛，推想起来，也有自恃崇祯奈何他不得的成分。最后，毛文龙接近魏忠贤，袁崇焕接近东林清流，其中也难免有些党派成见。
这时候朝廷又欠饷不发了。袁崇焕再上奏章，深深忧虑又会发生兵变，更忧虑兵卒哗变后不再接受安抚，从此变为“大盗”。他说一定要发生一次兵变，才发一次欠饷，而发了欠饷之后，又一定将负责官员捉去杀了一批，这样下去，永远是“欠饷——兵变——发饷——杀官——欠饷”的循环。这道奏章，当然只会再度加深崇祯对他的憎恨。