那时，魏忠贤的势力庞大，朝里有一批阿谀无耻之徒去奉承他，而且魏忠贤渐渐掌握了皇帝的权力。官员们称熹宗是“万岁”，有些官员见了魏忠贤叫“九千岁”，表示他只比皇帝差了那么一丁点儿。到后来，个人崇拜更是大张旗鼓，搞得如火如荼，全国各地为魏忠贤建生祠。本来，人死了才入祠堂，可是他“九千岁”老人家活着的时候就起祠堂，祠中的神像用真金装身，派武官守祠，百官进祠要对他神像跪拜，这可是货真价实的个人崇拜。
魏忠贤本来是个无耻之徒，年轻时爱和人赌钱，输的什么都没有，欠了赌账他也不还，最后，给人侮辱追讨，他实在是吃不消了，才跑到宫里做了太监。他虽然不识字，但记性特别好，是个完全没有受过教育的赌棍。但是谁又能想到，就是这样一个赌棍，却掌握了当世第一大国的军政大权。
魏忠贤自从窃夺权柄之后，相继贬斥东林，控制阁部，提督东厂，广布特务，恣意抢掠，刀锯忠良，祸及封疆，败坏辽事。客氏和魏忠贤擅权，内结宫闱保证自己的权力不受侵犯，外纳朝臣而淫威作福。而天启帝则成了他们的傀儡。他们怕妃子们说出他们的罪状，便下旨赐泰昌帝选侍赵氏自尽，幽禁并谮（zèn）杀怀有身孕的天启帝裕妃张氏，设计堕皇后张氏胎，又杀冯嫔、禁成妃，以及谋害宫嫔冯贵人等，将天启帝妃嫔女侍尽为控制，以擅权柄，残害东林。他们为使“内外大权，一归忠贤”，安插率先附己的顾秉谦和魏广微等入阁，又将东林党的阁臣、六部尚书和卿贰以及科、道次第罢黜。天启四年即天命九年（1624）六月，正当孙承宗、袁崇焕营筑宁远、日复辽土的时候，副都御史杨涟劾魏忠贤罪疏奏上。阉党气焰更嚣，中官聚围首辅叶向高府第。后逐吏部尚书赵南星等。东林党首辅叶向高、次辅韩爌（kuànɡ或huànɡ）等先后罢去，阉党顾秉谦、魏广微柄政。魏忠贤夺取了朝廷内外大权。
魏忠贤专权后，因为孙承宗功高权重，德劭资深，声誉满朝野，魏忠贤就想把他据为己用，让他跟随自己。于是令刘应坤等人去向孙承宗申明自己的意思，并且还送了些金银。没想到孙承宗刚直不阿，拒绝了他。魏忠贤见孙承宗不从自己，心里非常生气。孙承宗疾恶如仇，杨涟疏劾魏忠贤二十四大罪，孙承宗诗赞其“大心杨副宪，抗志万言书”。御史李应昇奏疏弹劾阉竖，魏忠贤看其与孙承宗同党。十一月，魏忠贤尽逐左副都御史杨涟、吏部尚书赵南星、左都御史高攀龙、左佥都御史左光斗等。孙承宗正西巡蓟、昌，欲抗疏阉党，请以“贺圣寿”入朝，面奏机宜，疏论魏忠贤罪端。魏广微得报，奔告魏忠贤：“承宗拥兵数万，将清君侧，兵部侍郎李邦华为内主，公立齑（jī）粉矣！”魏忠贤惶惧，到熹宗前，绕御床哭。天启帝为之心动，命内阁拟旨。次辅顾秉谦奋笔书曰：“无旨离信地，非祖宗法，违者不宥（yòu）！”午夜，开大明门，召兵部尚书入，命以三道飞骑，阻止孙承宗入觐。又矫旨命守九门宦官：“承宗若至齐化门，反接以入！”孙承宗抵通州后，闻命而返。孙承宗在《高阳集》中记载请入觐不果时写道：“要入欲并杀予，曰杨、左辈将以谋清君侧。”
孙承宗返回之后，天启五年即天命十年（1625）五月，高第为兵部尚书，阉党控制枢部。七月，魏忠贤诬杀杨涟、左光斗等于狱。时东林“累累相接，骈首就诛”。正值魏忠贤要借机削夺孙承宗兵权时，八月发生马世龙柳河之败。
马世龙，宁夏人，由世职举武会试，历游击、副总兵。马世龙人长得不错，孙承宗也觉得他是个人才，便推荐他当总兵官。一次，孙承宗出镇办事，又推荐马世龙为山海总兵。马世龙非常感恩孙承宗知遇之恩，非常效力，并与孙承宗定计出守关外诸城。天启四年即天命九年（1624），马世龙偕巡抚喻安性及袁崇焕东巡广宁，又与袁崇焕、王世钦航海抵盖州海滨，相度形势，扬帆而还。其时，孙承宗统士马10余万，用将校数百人。马世龙自信势强，遣师轻袭，兵败柳河：总兵马世龙遣前锋副将鲁之甲、参将李承先，率小股军队，从娘娘宫渡口过河，夜袭后金耀州（今辽宁省营口县岳州村），败于柳河，鲁、李战殁，死士400人，丢马670匹，弃甲600余副。言官交章劾奏，抨劾马世龙，并及孙承宗，参劾章疏，达数十道。圣旨严厉切责，令其戴罪图功。孙承宗气急，连上二疏，进行自辩，并请罢官。魏忠贤拟由阉党高第代孙承宗。高第性情懦弱，不敢接受，“叩头乞免”，魏忠贤不听。十月，孙承宗以患病为由上疏告假获准而去。孙承宗离职前，袁崇焕深感“边事不可为”，见到孙承宗时，痛哭流涕。明以兵部尚书高第代孙承宗为辽东经略。孙承宗罢去，阉党分子兵部尚书高第代为经略，辽东形势，急剧逆转。
柳河兵败，实际上是马世龙轻敌冒进的结果。但当时朝中魏中贤势力日炽，阉党与东林党争斗日盛，东林党首领、大学士韩爌被迫去职，孙承宗深得天启帝的赏识，自然会惹魏忠贤妒忌，他本想贿赂孙承宗，将他笼络为自己人，没想到孙承宗不吃他这套。魏贤忠大为恼火，于是，他便想趁柳河之败铲除孙承宗。最后，孙承宗被迫请辞离去。
袁崇焕知道孙承宗一走，很难再找到与自己战略思想如此相同的人了，边防必然随之难守。所以，当他看到孙承宗时，便痛哭流涕，请求一起离职，天启帝没有批准。