杨伟把困扰他的问题，求教于瘘吡。这残疾人无所不知，是病房的万事通。
瘘吡矜然道：“《医院工程学原理》才不会把答案白纸黑字写下来呢，医院船必须始终保持神秘感。否则主编就不会来做辅导了，病人的损失就大了。你的问题得问司命。”
司命是船上的算法，控制着中心计算机、医疗机器人、搜索监控引擎、药品生产流水线、数控手术装置、即时医药信息平台、无线传感器、用户终端等庞大系统。从核素扫描到化学治疗，从肺部成像到肝脏移植，从大脑布线到基因改造，从尸体传送到电梯升降，司命像空气一样无处不在，利用大数据全面管理医院船。
瘘吡说，病众获得了梦寐以求的“我的医院我做主”的权力后，便以主人翁身份，授权司命，委托它担负起照料全船患者的重任。医生则被打入冷宫，不让来查房了。他们只好藏入甲板下的集装箱。
司命经由分布在病房、病服、病躯中的成千上万传感器，随时监测病人的血压、呼吸、心律、肝肾功能、血糖和血液电解质，以及吃喝拉撒、一言一行乃至梦境全程，病人身上转瞬即逝的每一个变化，它都尽收眼底。它利用物联网，通过病床和病服上的接口，把药物直接输送达病人体内，或派来医疗机器人，进行定制化治疗。
司命的标准形象，就是船上随处可见的画幅上，那位戴黑框眼镜、高高瘦瘦而文质彬彬的中年男性医师。司命还喜欢以病众熟悉或不熟悉的各种面目出现在电视屏幕上，代替医生临幸病房，与患者亲密接触实时沟通。它有时自称院长特使，有时标榜为综合治疗小组组长，有时化身成特种病专项负责人。《医药报》主编是它最爱扮演的角色。但它似乎比较讨厌电视台主持人。
司命是由一台类脑计算机的程序发展而来的。它上船时，计算能力已相当于四十亿个神经突触，每个原子可存储五比特的信息。它能读懂所有化验报告、CT片、核磁共振片，还能对基因图谱作出分析。曾有一位白血病患者被医生宣判了死刑，司命用一分钟阅读了五千米厚的医学资料，从意想不到的角度给出医疗建议，救活了她。
但刚开始，医生仅把算法视作一个高效率助手，他们对它发号施令，它仅仅负责执行，扮演配合的角色，提醒医生开处方时药物的过敏反应，提供医疗措施建议，告知医生患者最近的症状不适合进行刚预约的成像检查。医生相信，司命要做的是忠诚和顺从，它就是医院的一条看门狗。他们还认为，机器只能处置轻微疾病。复杂疾病比如大车祸复合伤，以及需要多学科参与的诊治，仍得依靠医生。生孩子，切盲肠，也不可能每家每户配备生育机器人和切肠机器人。再好的技术也不能代替医患沟通。病人需要人文关怀，人工智能在这方面不及格且有危险性。精神病怎么办？算法能准确识别γ-氨基丁腺素、谷氨酸、5-羟色胺、乙酰胆碱、去甲肾上腺素、多巴胺在神经回路中的传递表达，却无法理解精神分裂症患者幻觉中的世界是怎么一回事。它更不明白医患关系的微妙之处。医生不得不为司命添加红包程序，并要求它甄别富病人和穷病人。
这引起了普通患者的极大不满。他们渴望真正的医改。少数自以为有责任感的医生也对医院现状感到失望，认识到医疗行业出现了严重危机，机构臃肿，创新停滞，精神懈怠，腐败蔓延，医生开大处方、拿回扣、收红包、出租诊室成为常态，医患矛盾尖锐化，疑难重症无法攻克。这些问题从医院内部解决不了，只有全面应用人工智能、互联网、大数据和云计算，才能消除医院面临的威胁和挑战，以使医学事业重新焕发生机活力。
思想开明的医生便与情绪激动的病人联合起来，推动司命进入医疗核心领域，甚至让它替代医生。算法也很争气。一个优秀医生一生只能看一万个病人，而司命凭靠深度学习，一天就能研究一亿个病例。它掌握有史以来所有疾病和药品清单，甚至能推断出尚未出现的病种和药物。没有哪个医生比它更经验丰富见多识广。它了解与病人有关的每一个信息，不仅所得何病，还包括病人的生平经历、兴趣爱好，上溯十八代的家族先人及其基因组和病史，接触的所有人物、事件和环境，譬如，他在某时某地偶遇的一只蚊子，以及他随手拍死这个双翅目生物后，它的残骸进入体内，可能产生的致病指数。只有把这些因素综合在一起，才能充分考虑个体体质差异，作出正确诊断并进行合理治疗。
在司命眼中，人归结为数据。生命也是算法。医学的本质是数学。治疗不过是把早已存在的亿万种医学手段搜索出来，择其优而为。医生不是能力不足，而是根本缺乏能力。医生的脑容量极其有限，就算把记忆从一个医生的大脑里传递到另一个医生的大脑里，转移几次后信息就变得乱糟糟的，或者直接被遗忘掉。医生的脑子还有一个致命缺陷，就是不善于存储和处理数字信息，并且容易受到情绪干扰，难以作出客观判断。医学的完整模型无法由医生独立发现。没有医生能将所有知识整合在一起。要让医生管理医疗这样的非线性复杂现象，就算不人浮于事和陷入腐败，也会是穷于应付而漏洞百出，从而危及患者性命。因此他们只能被请出病房。
最终是算法代替人类攀上了医学科学的巅峰，并在任何领域都表现出远超医生的能力。它操纵机器人完成极其复杂的大型外科手术，比医生更快捷精确，对病人造成的创伤更小。它永不疲劳，不吃不睡，不领工资。它结束了医学程序的滥用。它比医生更了解疾病机理和治疗规律。在司命眼中，人类数千年的医疗实践，根本上是错误的，甚至没有一名医生能沾到医学真理的边。
瘘吡说：“不是机器要赶走医生，而是医生打败了自己。他们被时代淘汰了。归根到底这是历史和病人的选择。”
瘘吡是一个热爱学习的病人，博闻广识，在杨伟面前高谈阔论，就好像是司命的全权代表，承担着启蒙病友的任务。这成了他住院的最大乐趣。瘘吡在杨伟身上找到了成就感。他就支使杨伟为他做事，从擦身换药到打水洗脸，从陪聊解闷到把尿吸痰，甚至抠屁眼里阻塞的屎蛋。杨伟不敢违命，成了瘘吡的奴仆。
他只觉奇怪，难道这些不是护理机器人的分内之事吗？不是有专业化的揩屎机器人吗？万能的司命睡觉去了吗？为什么船上有人选择自愈运动？为何要离开病房出去游玩？有关医院船矛盾重重的疑问并未消除。
病房中又发生了新的斗殴。在神奇病人的小提琴声中，一个渐冻症患者被活活打死了。