有机农业的概念于20世纪20年代首先在法国和瑞士提出。从80年代起，随着一些国际和国家有机标准的制定，一些发达国家才开始重视有机农业，并鼓励农民从常规农业生产向有机农业生产转换，这时有机农业的概念才开始被广泛接受。
尽管有机农业有众多定义，但其内涵是统一的。有机农业是一种完全不用人工合成的肥料、农药、生长调节剂和家畜饲料添加剂的农业生产体系。有机农业的发展可以帮助解决现代农业带来的一系列问题，如严重的土壤侵蚀和土地质量下降，农药和化肥大量使用给环境造成污染和能源的消耗，物种多样性的减少等等；还有助于提高农民收入，发展农村经济。据美国的研究报道，有机农业成本比常规农业减少40％，而有机农产品的价格比普通食品要高20％～50％。同时有机农业的发展有助于提高农民的就业率，有机农业是一种劳动密集型的农业，需要较多的劳动力。另外有机农业的发展可以更多地向社会提供纯天然无污染的有机食品，满足人们的需要。
对有机农业的理解，容易产生以下几方面的误解：
第一，有机农业就是指不用化学合成物质的农业。如果把有机农业简单地说成为"在生产过程中，不使用人工合成的肥料、农药、生长调节剂和饲料添加剂的农业"是不正确的。有机农业强调持续生产体系的建立。不采取任何管理措施的农业生产体系是不能持续发展的，因此不是有机农业生产。
第二，有机农业就是传统农业，发展有机农业是在走回头路。这一点是绝大多数人初次接触有机农业概念时最易产生的误解，也是首先必须澄清的事实。有机农业是由一些科学家、哲学家为了保护我们赖以生存的土壤，生产健康的作物和食品提出来的，在世界经历了"石油农业"带来的能源、环境和食品安全危机之后得以大力提倡和发展，并超越现代农业思想的一种农业生产模式。它只有在生物学、生态学发展到一定程度，在人们认识到人与自然的关系只有协调起来才能促进人类进步与发展之后才可能得到认同和推广。因此可以说有机农业是人们在高度发达的科学技术基础上重新审视人与自然关系的结果，而不是复古和倒退。有机农业拒绝使用农用化学品，但决不是拒绝科学，相反它是建立在应用现代生物学、生态学知识的基础上，应用现代农业机械、作物品种，采用现代良好的农业生产管理方法和水土保持技术，以及良好的有机废弃物和作物秸秆和处理技术，生物防治技术。人们听到作物生产不用农药、化肥就觉得不可思议，正是现代农业过分依赖化学和工业技术，忽略了环境和生态的体现。
第三，有机方法种植的作物产量肯定比现代种植的产量低。应该承认，在有机农业生产体系建立期间（有机转换期间），有机作物的产量通常会比常规作物的产量低。但从长远来看，旦建立良性的有机农业生产体系，有机农业生产的作物产量并不一定会比常规作物产量低，整个有机体系的生产力一定高于常规体系的生产力。而且产量高低也是一相对的概念，通过超过系统可承受的外部物资的投入来获得过高的产量并不是有机农业追求的目标。