灵谷景区位于钟山（紫金山）东南坡，中山陵以东约1.5公里处，是钟山风景区三大景区中的一个，游客比另两个景区中山陵、明孝陵少，加上景区里古木参天，有“灵谷深松”的美誉，让人有清幽的感觉。
明朱元璋为建明孝陵把原南朝名刹迁于现址，后毁于战火，清同治年间重建，偏居一侧，不复昔日规模，民国年间又在此修建了国民革命军阵亡将士公墓。所以灵谷寺景区由古寺和陵园相互融合组成，中轴线南北走向长1公里，是原灵谷寺旧址所在，现在中轴线上的主体是国民革命军阵亡将士公墓的一系列建筑。
国民革命军阵亡将士牌坊
正门红山门开在南端，门外是一个挺大的放生池万工池，夏日可赏池中莲花。进门北行，首先见到国民革命军阵亡将士牌坊，五门六柱，顶覆绿色琉璃瓦，气势非凡，坊前置一对石兽。再往前，便是景区最具特色的建筑无梁殿。
无梁殿
无梁殿是明代灵谷寺仅存的一座建筑，建于明洪武十四年（公元1381年），如此大的殿堂却不用一根梁柱，全部用砖石造成。殿堂内是公墓的祭堂，正中的墙上写着“国民革命烈士之灵位”，两边是《民国国歌》和孙中山的《国父遗嘱》，四周墙壁上嵌着一块块“国民革命阵亡将士名单”。现在辛亥革命名人蜡像馆也设在无梁殿内。殿外西南边有一尊巨大的明代石龟趺，龟背上的石碑已不知所踪。
阵亡将士第一公墓
无梁殿北侧是阵亡将士第一公墓，竖着淞沪抗战阵亡将士纪念碑，其东西300米处分别为第二公墓和第三公墓，这些公墓中埋葬着在北伐战争和抗日战争中牺牲的将士。东边的第二公墓后来改建为农工民主党创始人邓演达墓。第一公墓的弧形墓墙后是松风阁，原来是公墓的纪念馆，现在阁内出售特色小吃和小纪念品。松风阁东有深松居素菜馆，可以吃素斋。
三绝碑
灵谷寺最初是南朝梁武帝为纪念宝志和尚（济公的原型）而建的开善寺，松风阁西边的宝公塔和三绝碑即源于该寺，石碑因后代有吴道子作画、李白作诗、颜真卿题字，所以名“三绝”。可惜后来塔与碑皆毁，清同治时复建，三绝碑现在嵌在塔身上，字画已模糊，附近的志公殿后还有一块清晰的新三绝碑。灵谷塔即国民革命军阵亡将士纪念塔坐落在中轴线的最北端，高9层，是景区地标，可登高观景。
灵谷寺
无梁殿东边是现在的灵谷寺，寺前有一方池水八功德水。寺内有大雄宝殿、观音宝阁、藏经楼、弥勒殿、祖堂等建筑。大雄宝殿的东跨院为玄奘院，正厅大道觉堂（玄奘纪念堂）供奉的迷你金塔内安放着玄奘顶骨舍利，非常珍贵，平时看不到，灵谷寺举办展览时才能有幸一睹真容。
在灵谷寺景区里，还有几处较偏僻的景点，但也值得一看。从灵谷寺东侧的“灵谷松深”石碑向北走，或者从灵谷塔往东行，能见到曾任民国政府主席的谭延闿墓，那里的汉白玉牡丹花坛和祭台据说是圆明园的原物。从灵谷塔西行，穿过万株桂园能见到桂林石屋，石屋遗迹上镶嵌着各种明清石雕，有一种残破的美感。