太史慈眼见得招架不住，又不愿受擒，回头见刘繇已经跑远，就照程普脸上上虚晃一枪，荡开孙贲砍来的长刀，冲出去。
程普等众将赶紧追赶。
孙策督众军往前追杀。刘繇军丢盔弃甲，象逃难的鸭子一样，遍地里乱跑。地上到处是遗弃的旗帜、金鼓、刀枪剑戟。刘繇的营寨由二十多个小寨边成一片。寨中原有军士留守，此刻留守军队见前面军士潮水似溃退下来，也跟着一同四散开去。黄盖、韩当带骑兵不要在后面追杀，穿过溃兵，径直往前拦截最前面的溃军。韩当字义公，辽西令支人。有膂力，善使一把长柄大砍刀。少随孙坚征伐，陷敌擒虏，多有战功。现为孙策的先登校尉。
不多时，刘繇二十多个连成一片的营寨全部被踏破，“孙”字大旗和各将官们的大旗飘扬在各个营寨里。刘繇五万大军有的四散，大部跪下投降。降卒如蚁，死尸遍布。
程普向孙策报告，此战共斩首八千，得降卒三万余。其余的四散逃去。刘繇逃往豫章。太史慈不知何往。先登校尉韩当追上逃命的樊能，一刀将他劈在马下，取了首级。
孙策令将樊能首级号令示众，跟着又豪放地笑道：“哈哈哈！真是大获全胜！这全是公瑾的妙计！我说过了，我得公瑾，大事可成！哈哈哈！”
程普脸上露不快，道：“主公！难道我等浴血奋战、斩将拔旗就没有功劳了？”
孙策一愣，自知失言，亲热地拍拍程普肩膀：“德谋误会了！孙郎并无贬损将军功劳之意！周郎妙袭曲阿，使刘繇军不战自败，功莫大焉！德谋与众将士浴血沙场、血染征袍，当与周郎难分伯仲！本将军失言！还望将军多多包涵！”
程普不吭声了。
孙策又含笑请他督众将士清扫战场，所有降卒，凡愿从军的，就留下。不愿从军的，发给路费，令还乡务农。程普欣然领命，就去布置了。
周瑜占了曲阿后，收得降卒三千，都愿从军，就编入军中。留一千军守曲阿，其余的带到秣陵（今江苏南京）城下与孙策相会。又将张昭引荐给孙策，孙策当即任张昭为长史（将军府中的秘书长）。然后，孙策、周瑜领军攻打秣陵，只半天，就攻下秣陵，秣陵守将、刘繇旧部薛礼被孙家军斩杀。
攻下秣陵后，探子来报，称太史慈逃到泾县（今安徽泾县），招兵买马，自封丹阳太守，驻守泾县，发誓要为刘繇复仇。周瑜和孙策便移兵泾县，去捉太史慈。
大军到了泾县城下，只见太史慈关紧大门，吊起城门吊桥，领人立在城墙上严阵以待。城墙上的士兵，有的盔甲不整，有的没有盔甲，有的穿着当地土人的服装，手里举着枪、戈和木棒。看得出是临时拼凑的军队。
孙策、周瑜立在马上。数万精兵在他们身后。身边，高高地飘扬着“孙”字号大旗与“周”字号大旗。
孙策令部队离城墙一箭之距停下，勒马走出队伍，对太史慈喊道：“子义将军！刘繇无能，不能用你，方有神亭之败！我知足下乃忠义信勇之人！又欣赏足下武艺胆识！何不与我共创江东大业？”
太史慈在城墙上指着孙策、周瑜喝道：“孙郎！周郎！休得废话！某没有找上你等为刘繇复仇，已算便宜你等！你等竟敢挑战！识相的快快给我退兵！”
周瑜提一提马缰绳，上前一步喊道：“子义将军！刘繇昏庸无能！轻人品才华，重门弟等级！此等庸人有何德何能令你效忠？孙将军聪明神武、礼贤下士、武艺绝纶，与足下意气相投，且不打不相识，为何要交臂失之？”
太史慈骂道：“少废话！我既事刘繇，岂可归顺你们？有种的来攻城！若无胆量就给我退兵！”
孙策与周瑜相视一下，一时没了主张。
孙策道：“攻城到是可以攻下，只怕伤了他，又连累了城中百姓！”
周瑜道：“正是。依我看，不如先围住，再做商议！”
正说着，城墙上，太史慈张弓搭箭瞄准孙策、周瑜道：“进又不进，退又不退，是何道理？本想一箭射死你们，看你二位还有些义气，且饶了你们！但饶不了你等旗帜！看箭！”
说完，一箭射出。那箭如流星，直冲孙策、周瑜两人头顶掠过，只听叭的一声响，射中两人身后的“孙”字大旗的旗杆，旗杆从中折断。旗下士兵大惊失色，赶紧趴下。
孙策、周瑜也吃了一惊。
孙策后面的陈武、周泰叹道：“真是神人！”
黄盖在后面喊：“主公！周公子！且后退数步，小心中箭！此人臂力非常！”
周瑜道：“伯符！我们先退下再说吧！”
于是，孙策令大军后退二里扎营。
黄昏，周瑜想得活捉太史慈的办法，赶紧出帐去找孙策，还没出去，正遇上孙策进帐来。
周瑜高兴道：“伯符！我已有了办法！”
孙策高兴地：“噢？”
周瑜道：“我等三面攻城，只留下东门不攻！太史慈所领兵都是临时拼凑之人！不习拼杀，也无纪律！故天黑后可以派精干之人摸上城去纵火，火一烧，其军士必然混乱，城可破了。城一破，太史慈必往东门走。我领人埋伏在东门外，只等他来！”
孙策喜道：“此计不错！只是公瑾以为何时攻打为妙？”
周瑜笑道：“伯符既思贤若渴，自然是早些擒他了！现在便攻城！”
孙策笑了，当即令人唤众将来周瑜帐中议事，定好二更时分攻打泾县县城。
夜晚，太史慈的士兵们都疲惫地堆挤在城墙上枕戈待旦。太史慈在城墙上巡查。他的士兵都是临时招募的当地土人，多无盔甲与军服，看上去如同一堆一堆滚在泥土里的玉米。
走近城墙的一个拐角处时，他听见墙后面几个士兵正在一处议论着什么。一个矮个士兵道：“听说孙郎、周郎的军队是仁义之师，不掠民、不抢劫！待降俘也甚好！愿留者留，不愿留者，就发给路费回家务农！”
另一挺瘦小的士兵道：“嗯！我也听说都是他俩都是重信义之人！孙郎还说，平定江东后，定给江东百姓一个安康富贵的日子！”
矮个士兵道：“是啊！那我们还和他打甚！刘繇又并无恩惠于我等百姓，我等何苦为他卖命！”
一个扎着黄头巾象黄巾军打扮的士兵道：“不可这样说！我等是为太史将军卖命！太史将军乃忠义之人！”
矮个士兵白了他一眼，回击道：“忠义？哼！此等忠义实是愚忠！刘繇只重门弟、不重本事，并未善待重用太史将军！这种人有何值得效忠？太史将军也恁地傻！”
瘦小的士兵道：“罢了！等孙郎再攻城时，我们只管降了罢！”
太史慈闪在拐弯处，借着城墙的掩护听了他们的谈话，呆愣半响，他身后的两个亲随要上前去拿下那几个士兵，被他挥手制止住了。然后，他转身离去。若有所思，步履沉重。
就在此时，他听见西门那边传来一片嘈杂声，有士兵喊：“不好啦！孙郎破城了！”只见那里燃起冲天大火。而城下，孙策领着大军举着火把从远处呼喊着往城下杀奔过来。
一个军士在沿着城墙朝他跑过来喊：“报告将军！敌军爬上了西门，放火烧了西门，现从西门攻了进来！”
此时，城里城外都传来喊杀声。除东门外，西、北、南三面都有孙策的军队攻打，而西城门已涌进孙策军，直入城内。原来，孙策、周瑜令陈武、周泰两人领众健卒衔着刀，趁夜悄悄爬上城，砍翻几名抱着矛打盹的太史慈的士兵，其余的士兵一哄而散。陈武、周泰就沿着城墙，一直杀到西门，打开西门，并在西门放起火来。孙策的人马便在程普带领下从西门冲杀进来。
太史慈大惊，从亲随手中抓过枪大喝道：“随我前去迎战！”
几个亲随赶紧拉着他道：“来不及了！将军！还是走为上！”
与此同时，身后拐角处几个方才议论的士兵赶紧扔了兵器往城墙下跑，边跑边喊：“不打了！我们不打了！”而城墙外，孙策的兵如潮水涌来。
太史慈知道大势已去，一跌脚，令亲随牵过马来，上了马，提着枪，领身边几个亲随往下面跑去。
刚跑到大街十字口处，远远传来一阵呐喊声，斜刺里冲出程普。程普挺矛大喝：“太史慈！还不下马受擒？”
太史慈见对方人多，不敢恋战，纵马往东门奔去。身边的亲随都跪地投降了。
太史慈奔出东门，只往前面小路上奔跑。跑了约二里多路，只见周瑜匹马单枪、银盔银甲、威风凛凛地拦在前面，见他奔来，喊道：“子义！事到如今，还不下马？”
太史慈大怒，挺枪拍马冲过去，直刺周瑜。
没跑两步，只听一阵呐喊，两边树林里拉起绊马索，将太史慈的坐骑绊翻。两边涌出一片孙策的军士，将太史慈按住绑得严严实实。然后，周瑜令押往城里。
泾县城已被孙策的人马占领。张昭已令人在全城张贴了安民告示。一队队维护军纪的军士已上街巡逻了。周瑜令人押着太史慈直入县庭大厅。孙策早已坐在里面了。见将太史慈被押进来，孙策赶紧起身，亲自给太史慈松了绑，又令取来座椅给他坐。太史慈不坐，昂然而立。
孙策含笑道：“子义！足下忠义之士，武艺高强！孙郎甚为钦佩！刘繇已亡，你何必还苦苦支撑？”
周瑜也笑道：“子义将军！孙郎所过之处，鸡犬不惊、人民皆悦，想必你该听说了！足下既为忠义之士，何不加入仁义之师，共创江东大业？我听说子义将军事母至孝！令堂大人听说将军效力孙郎帐下，定会为将军欣然称善！”
太史慈似乎听进了两人的话，直直地盯着两人，眉头微蹙，若有所思。
“凡大丈夫无不思建功立业，何况本领无双的忠勇之士？惜乎时运不挤，将军竟误投刘繇之辈，以致不见重用，误了年华！孙将军英明神武、不拘门弟、豪爽大度、智勇双全，实是江东之明主！凡有识有为之士莫不踊跃投奔，将军还要耽误年华到何时？”周瑜又道。
太史慈看了看孙策、周瑜，低头沉吟。孙策、周瑜满含期待地看着他。半响，缓缓地跪了下去。
孙策赶紧起身上前，扶起他，哈哈大笑：“欢迎子义与我等共创大业！”
周瑜也笑道：“我知道子义是深明大义之人，必会与孙将军握手言欢的！”
孙策又挽着他的手笑道：“足下可记得神亭一战？若那日捉到孙郎，会不会杀孙郎？”
太史慈直视着孙策，认真地回答：“未可知也！”
孙策、周瑜等众将都哈哈大笑起来。
当下，孙策署太史慈为门下督，拜为折冲中郎将，又令设宴款待了他。
第二日，太史慈主动请樱，称愿赴各地收降刘繇的残兵，孙策应允。程普等人担心太史慈去而不返。孙策道：“太史慈乃信义之士！岂会言而无信！”周瑜也道：“太史慈忠勇之人，又渴望建功立业！此前未遇明主，误了年华，今日遇上伯符，当自珍惜！诸君放心好了！”没过几天，太史慈带着数千刘繇的残兵归来。
之后，孙策同周瑜一道，领数万精兵攻打江东各地，或分兵，或合兵。兵锋所至，无坚不摧。所过之处，安民抚众，鸡犬不惊。有些县城，百姓并未见过孙策之军，听说孙策兵至，皆丧胆而走，官吏也弃城而去。未几，见孙策军队军纪严明，鸡犬菜茹，一无所犯，堪称仁义之师，就又都回来了，并赍牛酒到军营中劳军。而孙策、周瑜也以金帛还礼。所俘降卒，愿从军者就从军，不愿从军者给赏为农。敌方部曲来投诚的，也一律善待，毫无门户之见。一时间，江东百姓无不称颂孙策之德，无不庆幸江东有了明主。而士人名流，争相归附，一时有了虞翻等众多名士加入。老百姓见孙策、周瑜年轻英俊，仁厚信义，又抚恤民众，皆不呼他们为将军，而亲切地以“孙郎”、“周郎”相称呼。这情景让周瑜感叹不已，使他想起在袁术牢中，季原对他说过的那些话，内心常叹道：“旨哉斯言！对天下黎民百姓而言，江山是否姓刘并不重要！他们要的只是明主明君、仁义之师和富足安康啊！”
这年冬，江北传来消息：袁术称帝了，国号“仲氏”。孙策、周瑜闻知，拍案大怒。他们实在没有想到袁术竟敢如此冒天下之大不韪！尽管各路豪杰都相互兼并，各创事业，与皇帝并无二样，但名义上都得奉汉室为正统的，都不敢公然称帝，而袁术竟如此狂妄，实在是可笑又可恨！
孙策怒道：“袁绍地方千里、带甲之兵百万；曹操兵精将足，挟有天子，此二人尚不敢称帝，而他竟然如此胆大妄为！”
周瑜也冷笑道：“此人想必是发了疯了！此举必遭天下人所共愤，实在是自取灭亡！”
孙策问周瑜该如何办？周瑜想了想，道：“伯符不是素欲摆脱此人么！正好回他一书，斥其无道，就此绝交！玉玺是要不回了，由它去！如何？”
孙策连连点头道：“公瑾的主意甚好！这就使张昭写绝交书好了！”
于是唤来张昭。张昭笔走龙蛇，不一刻就写好书信，痛数袁术称帝的不当。孙策、周瑜看了，当即封了，令人送往江北袁术处。
不久江北传来消息，称：袁术看了孙策的信，勃然大怒，对众大臣道：“孙策小儿！借我兵马在江东起事！今日羽翼丰满、占有江东，竟如此狂妄！我定要踏平江东！”众大臣赶紧劝住，称北有曹操、袁绍、吕布、刘备诸强，不宜南下江东与孙策较量。袁术才恨恨作罢。
孙策、周瑜领兵呼啸江东、纵横三江之间，因兵精粮足、将士用命、百姓拥戴，到建安三年（198年）初春，已先后攻占了吴郡、会稽等二郡全境共四十余县，另有丹阳郡江南片十多县，清除了严白虎、王朗、笮融等割据一方的豪强。不久，豫章太守华歆慑于孙策势力，送来降书。至此，东南半壁江山四郡六十二县，除武陵山等山地为一些未归顺的越夷和盗贼盘据之外，俱归孙策所有。此时距他俩率军过江尚不足一年。孙策自领会稽太守。以舅舅吴景为丹阳太守，驻曲阿，管辖丹阳江南一片的数县。以朱治为吴郡太守。从豫章郡中分出庐陵郡，以孙贲为豫章太守，以孙贲之弟孙辅为庐陵太守。定曲阿为自已的将军府所在地，将太夫人及诸弟妹从江都接到曲阿。然后分拔将士，守住各处隘口。又写表申报朝庭，结交曹操，派张紘赴许都办理此事。张紘是严陵人，少时曾游学京都，回本郡后，被举茂才，推荐为官，不就。后避难江东，与孙策友善。孙策在寿春寄居袁术处时，将住在江都的太夫人和诸弟妹委托他照料。现为正议校尉，和张昭一道，被委以政事。
曹操得到张紘送来的表，知孙策平定江东，连获四郡，分为五郡，既惊讶又钦佩，连叹：“狮儿难与争锋！”。他有心交好孙策，就表奏献帝，授孙策以讨逆将军之职，封为吴候。至此，孙策跻身诸豪杰之列。