水土流失不仅造成土地资源的破坏，导致农业生产环境恶化，生态平衡失调，水灾旱灾频繁，而且影响各行业生产的发展，成为我国最重要的环境问题。具体危害如下：
（1）破坏土地资源，蚕食农田。土地是人类赖以生存的物质基础，是环境的基本要素，是农业生产的基本资源。水土流失使有限的土地资源，地形破碎，土层变薄，地表物质沙化、石化，特别是土石山区，由于土层殆尽，基岩裸露。
（2）削弱地力，加剧干旱发展。土壤中含有大量氮、磷、钾等各种营养物质，土壤流失也就是肥料的流失。土地肥力损失巨大，仅黄土高原每年因水土流失带走的氮、磷、钾养分就达3800万吨，相当于全国每年生产的化肥总量。
坡耕地水、土、肥流失后，土地日益瘠薄，田间持水能力降低，加剧了干旱发展。
（3）泥沙淤积抬高河床，加剧洪涝灾害。土壤侵蚀使大量坡面泥沙被冲蚀、搬运后沉积在下游河道，削弱了河床泄洪能力，加剧了洪水危害。
（4）泥沙淤塞水库湖泊，降低其综合利用功能。水土流失不仅使洪涝灾害频繁，而且产生的泥沙大量淤积水库、湖泊，严重威胁到水利设施的安全和效益的发挥。由于水量减少造成的灌溉面积、发电量的损失以及库周生态环境的恶化。
（5）影响交通运输，破坏交通安全。每年汛期，由于水土流失造成公路、铁路沿线山坡塌方而引起的交通中断事故，全国时有发生，不胜枚举。一次较大的事故直接经济损失往往以数十万元计。
（6）生态环境恶化，加剧贫困。水土流失作为载体，将化肥和农药带到江河和水库湖泊中，最终流入海洋。这是造成水质恶化，特别是许多湖泊和海域富营养化的重要原因。