福柯的理论另一个基调是对启蒙理性质疑。他对康德的《纯粹理性批判》一书极为重视，认为它是对理性的第一次质疑。他写道：“破天荒第一次，理性的思想不仅在它的本质、基础、力量和权利方面，而且在它的历史和地理，它的最近经历和当前实际，它的时间和地点诸方面，都受到了质疑。”“注释1”
福柯认为，直到文艺复兴之前，道德世界还基本上是平静的，有一种“悲剧的同一性”。但在18世纪，这种同一性几乎无可挽回地被摧毁了，“被理性和非理性之间的明确划分破坏了。道德世界的危机即由此开始，它以理性与非理性之间不可调和的冲突，加倍地强化了善恶之间的重大冲突。”非理性被“逐出教门”之后，便沦为“这样一种体验领域——它因过于隐秘而无法用清晰的语言来叙述，也因在从文艺复兴时期到当今时代这一期间受过太多的责难，而不得享有表达的权利”。“注释2”癫狂、同性恋及其他种类的所谓“性反常”同不道德行为、同关于精神病的科学认识联系在一起，成了一种“人类事实”，成为一种特殊的社会类型。福柯研究癫狂史和性史，就是要发掘这些被“逐出教门”的非理性，还非理性以表达自身的权利。
对非理性经验的重视是福柯特别重视萨德的原因之一。他认为，萨德作品中所表现出来的“欲望的野蛮发泄”代表了“一种神秘思维”的复苏，它处于一种新思维方式的入口处。“在他之后，暴力、生与死、欲与性，将在表象的下面延展出一块广袤的阴影，而这阴影，正是我们现在力图用我们的论述、我们的自由和我们的思想加以阐明的东西。”“注释3”这一阴影就是非理性，就是酒神的精神，它在长达几个世纪的时间里，被理性遮蔽，被日神阿波罗的耀眼光辉遮蔽。
福柯认为，萨德是一个关键人物，是一个时代转换的标志——在他身上，同时体现着理性时代的终结和当今时代的开端。在萨德之后，“所有作品中任何在现代世界看来具有决定性的东西，都有非理性因素”，在接触这些作品时，“人可以同他内心最深处、最孤独的东西进行交流”，发现“最内在的，同时又是最自由奔放的力量”。“注释4”
从萨德身上，福柯不仅看到了“当今时代”的开端，而且发现了一种怀旧情绪。他认为，萨德的作品是对现代文化的全面抗议，是对古代以人为祭品的“牺牲社会”、对“凶暴、独裁、甚至血腥权力”的怀旧情绪的表达，认为这些作品“归根结底是一种‘回顾’”。“注释5”
在萨德那里，性是世界上最自由奔放、最随心所欲、最不受拘束的力量，“性爱没有任何可以从它自身的性质来加以系统表述的规范或内在规则。”此外，性与死亡联系在一起。“现在，浮士德式的契约（它的诱惑已透过性能力的部署渗入了我们的肌体）表现为如下形式：用整个生命去换取性爱本身，换取真实和性爱的统治权。性爱是值得为它去死的。正是在这个（具有严格历史性的）意义上，性爱的确感染上了死亡本能。”（XJ，第113页）
在西方文化中，如果说土（固体的大地）常常同理性联系在一起，那么水一直被当作非理性的象征。福柯的传记作家米勒是这样说的：穿过大海，这个非理性的象征，就是以一些新的方式在体验的混乱状态中航行，就是冒险向捉摸不定的目的地进行一次前途叵测的旅行，就是探讨由萨德首次探测过的那片广袤无垠的阴影。“注释6”
福柯认为，正是萨德色情狂想的暴烈性证实了一些基本冲动的力量的存在，而这些基本冲动，大多数现代社会都力图斥之为反常。正如福柯在1954年所说，就连现代文化中最文明的人们都“能够而且必须把人变成一种消极体验，让他在仇恨和侵犯的形式中存活”。“注释7”
在透视人性中的非理性因素方面，尼采与萨德共同拥有一种重要的直觉：快乐和痛苦是相互渗透的，在狄俄尼索斯式的销魂状态中体验从痛苦到快乐、从恨到爱的转变，乃是智慧的开端。德勒兹说：“我们事实上已知道权力意志就是受苦受难，但权力意志还是未知的喜悦，未知的幸福，未知的上帝。”“注释8”福柯在1966年说：“最令我们这些‘冷冰冰的’分类者快乐的作家，便是萨德和尼采，即那些实际上就是在谈论‘人身上的邪恶’的人。难道他们不也是最富于情感的作家吗？”“注释9”
除了尼采和萨德这两位崇尚非理性的作家之外，还有两位非学院派学者对福柯有重大影响，一位是乔治·巴塔耶，另一位是莫里斯·布朗肖。这两人也是特别看重人性中非理性方面的人物。
巴塔耶像尼采一样，终其一生对兴奋、幻想、癫狂、陶醉和销魂这样一些狄俄尼索斯时刻，对所有“从恶魔存有的根源处激动我们、使我们有足够的力量去放任自然本性的纵欲时刻，一直高唱着赞歌”。“注释10”
福柯是如此为巴塔耶的观点定位的：“色欲越界是一种含有极限意义的行为”，它猛烈地冲决了习俗加在性行为上的种种限制，并使那种曾被萨德极其生动想像过的“非自然化的”性欲活跃起来。福柯指出：“在色欲越界中毫无消极的东西”，通过让自己痛苦的冲动在一种残酷的色情剧中自由驰骋，一个人可能会“第一次认识自己”。这些行为方式，“能把罪行变成喜悦、把痛苦变成快乐、把折磨变成销魂，以及（这最不可思议）把死的愿望变成压倒一切且不可言状的爱的情感……并体验一种神秘的狂喜。”“注释11”
巴塔耶提出了“异质成分”这一概念，他指的是一切抗拒资产阶级生活方式和常规生活方式的社会集团，包括离经叛道的艺术家，也包括被规范社会所排斥的各种边缘人，如社会贱民、妓女、流氓无产者、疯人、造反者、革命者等等。他曾鼓吹“激烈的流血革命”，摧毁“同质社会”，解放人被异化的原始天性。他“力图冲破现代性的牢狱，冲破在世界历史范围凯歌高奏的西方理性主义的封闭宇宙”。“注释12”
福柯特别推崇的另一位学者布朗肖是阐释和推动了法国的新小说运动的人。布朗肖认为：“现在世人崇尚的是目的、分寸、严肃、秩序，是科学、技术、国家，是价值的意义和可靠性，是真与善的理想。艺术则‘适得其反’：无目的、无分寸、轻浮、无知、邪恶、荒谬，这广大的领域都属于艺术。”他认为，真正动人的艺术作品不仅在于形式，而且更重要的是由于它们出自于谵妄、梦幻和激情。“注释13”正如福柯所说：“自萨德与戈雅之后，非理性一直是现代世界艺术作品的一个决定性因素。”“注释14”
曾令福柯坠人情网的音乐家巴拉盖在1952年宣称：“就其美学必要性而言，创造性总是不可理解的。”“注释15”福柯这个人就是一个有着充沛的创造性的人，他的创造性虽然没有表现在美学和艺术方面，而是表现在历史、哲学方面，但是，各个领域中的创造性肯定是相通的。这也应当说是福柯迷恋于非理性的一个原因吧。
在理性的拘谨和严苛之外，我们至少应当为想像和幻想留下一些空间。福柯极力主张，幻想“应当摆脱我们强加于它们的各种约束，摆脱真与假、存有与非存有的两难处境……它们必须有权跳它们自己的舞蹈”。“注释16”几百年来，在日神阿波罗所放射的垄断的理性光辉之下，幻想和非理性受到严重的压抑，它们被剥夺了表达的权利。在摆脱了束缚之后，它们的舞蹈想必是美丽动人的。
福柯喜欢贝克特的戏剧，他的《等待戈多》的演出是当时巴黎知识界的一个重大事件，人们是把这个戏剧当作海德格尔哲学的戏剧解说来看的，“这出类似一种哲学寓言的戏剧，因其令人着迷地暗示着深奥而重要的、正等待着破解的神秘事物，吸引了巴黎的观众。”“注释17”这个戏在其他国家包括中国都引起过同样的轰动。
根据格里耶的解读，所谓等待戈多就是在等待上帝；就是在等待一种关于更美好的社会的世俗理想的实现；就是等待死亡；就是在追寻自我。福柯在临终时说过这样一段话：“我属于这一代人，他们作为学生，眼前曾有过一道由马克思主义、现象学和存在主义构成的地平线，这道地平线限制了他们的眼界。就我而言，是贝克特《等待戈多》的首次演出使我实现了突破——那真是一场激动人心的演出。”“注释18”
福柯所谓的突破在相当大的程度上是从理性领域向非理性领域的突破，是从所谓正常领域向反常领域的突破，是从符合规范的领域向违反或超越规范的领域的突破。福柯的同学、科学史专家康吉兰在1943年指出：“正是变态（不合规范的）引起人们对常态（合规范的）的理论兴趣。规范只有透过犯规才能得到名副其实的承认。功能只有透过故障才能得到显示。生命只有透过不适应、失败和痛苦才能上升到意识和生命科学。”“注释19”福柯在这一问题上与康吉兰怀有同感，因此他一直十分注重被认为“变态”、“失常”、“反常”、“疯狂”、“犯罪”现象的研究。他是这样概括他终身的研究兴趣之所在的：“癫狂、死亡、性、犯罪——这些才是最吸引我注意力的题目。”“注释20”
所谓正常与反常、符合规范与违反规范，在不同的文化中有着不同的定义。福柯说：“每一个文化都有自己的一套自成系统的划分方式……但它们在划出一个界限的同时，也创造了一种可能发生的越界的空间……这一空间既不能等同于非法的领域，也不能等同于犯罪的领域；既不能等同于革命的、凶险的领域，也不能等同于反常的领域，甚至不能等同于所有这些异常形式的总体；但这些术语中的每一个，又至少能够标示它的一个方面。”“注释21”“非法”、“犯罪”、“革命”、“反常”、“异常”，这就是福柯最关注的领域，它们是越轨的、犯规的和非理性的。
福柯的传记作家谢里登指出：“科学和哲学具有共同的理性渊源，而理性已自封为精神的无可争辩的统治者，并摈弃了一切形式的非理性……福柯为自己规定的任务是：超越笛卡尔和17世纪中叶，回到人们在理性和愚蠢的对话里纵情欢娱的时代。”“注释22”
福柯说：“我们应当怎样将这种理性同权力的机制、程序、技巧和影响分开？理性通常都是由权力的这些要素所界定着的，而这些要素，我们如今已无法接受了……我们难道不能认定，正是越来越多地侵越着自由的地盘的理性本身的统治，破坏了启蒙或透过运用理性来实现自由的希望？”“注释23”在这里，福柯断言：启蒙的许诺，即通过理性的运作而实现自由，已经被理性本身的统治所推翻，理性已经逐渐篡夺了自由的位置。换言之，在当今社会，理性已经成了自由最大的障碍。如果我们还想追求自由，那么我们所面临的主要敌人就是理性。
福柯对启蒙理性的批判并不是绝对的，它遇到了它的限度，那就是法西斯主义。福柯是这样看待人类内心深处的残酷本性的：他对人内心的非理性成分予以充分的肯定，将残酷的外在化列为最佳方案；残酷的内在化是次佳方案；将完全丧失残酷视为最差状态。尽管如此，他还是把最后的界限设在了法西斯主义那里。他忧心忡忡地说：“人们怎样才能避免沦为法西斯主义者，甚至（尤其是）当人们自以为是革命斗士的时候？我们怎样才能使我们的言论和行动、我们的心灵和乐趣摆脱法西斯主义？我们怎样才能将根深蒂固地存在于我们行为之中的法西斯主义驱逐出去？”“注释24”
福柯的理论兴趣的核心就是希望了解和探明每一个人内心对权力和“法西斯主义”的渴求。在这里，他指的不是历史上的法西斯主义，希特勒和墨索里尼的法西斯主义，而是尼采的“权力意志”，是“我们所有人心中和日常行为中的法西斯主义”，是“我们的言论和行动、我们的心灵和乐趣中的法西斯主义”，它深埋在人的“肉体”之中，“正是这种法西斯主义导致我们喜爱权力，希求那种现在正统治和压榨着我们的东西。”“注释25”如果对启蒙理性的批判矫枉过正，就会坠入法西斯主义的陷阱。也许界限应当划在是否伤害他人。只要不伤害他人，人的非理性的一面可以尽情地舞蹈；而如果伤害了他人，那么人就不得不为这种伤害人的行为受到惩罚。
“注释1”转引自米勒，第86页。
“注释2”同上书，第182页。
“注释3”同上书，第250页。
“注释4”转引自米勒，第182～183页。
“注释5”同上书，第407页。
“注释6”米勒，第253页。
“注释7”转引自米勒，第136～137页。
“注释8”同上书，第140页。
“注释9”同上书，第246页。
“注释10”同上书，第135页。
“注释11”转引自米勒，第137～139页。
“注释12”转引自刘北成，第45～46页。
“注释13”同上书，第43～44页。
“注释14”转引自刘北成，第83页。
“注释15”转引自米勒，第127页。
“注释16”同上书，第379页。
“注释17”同上书，第93页。
“注释18”转引自米勒，第94页。
“注释19”同上书，第87页。
“注释20”同上书，第256页。
“注释21”同上书，第188页。
“注释22”谢里登，第8页。
“注释23”转引自米勒，第581页。
“注释24”转引自米勒，第401页。
“注释25”同上书，第641～642页。