从1996年开展艾滋病防治工作以来，黔西南州1997年检出艾滋病病毒感染者3例，2007年检出艾滋病病毒感染者53例，2008年上半年检出艾滋病病毒感染者42例，累计到2008年6月30日，黔西南州共检出感染艾滋病病毒和病人174例。州政府成立了“州艾滋病协调领导小组”，分管副州长任组长，全州八县（市）也相应成立了各县“艾滋病协调领导小组”，负责协调艾滋病防治工作。2004年州皮防中心和各县（市）疾控中心（皮防中心）分别成立了“高危行为干预工作队”，主要从事艾滋病干预和日常宣传、监测等工作。在开展艾滋病防治工作中，主要采取的防治措施是宣传教育、干预工作和抗病毒治疗。采取广播、有线电视、图片、讲座、咨询、宣传栏、宣传单等形式，将艾滋病防治知识传播到社区、学校、机关、工地、农村广大人民群众中去，为减少艾滋病的传播起到了积极作用。2004年以来相继开展免费咨询检测、娱乐场所干预、清洁针具交换、美沙酮维持治疗等预防工作。截至2008年6月30日，黔西南州累计完成免费咨询检测10798人次，并从中检出26例艾滋病感染者；娱乐场所干预4000余人次；在黔西南州的兴义、普安、安龙、望谟、册亨、晴隆等县市相继开展清洁针具交换；美沙酮维持治疗工作2006年在兴义市开展，2007年普安县美沙酮门诊开诊，至今两个门诊累计人数治疗340人，两个门诊每天约有100人在坚持治疗；黔西南州2007年9月开始开展抗病毒治疗，截至2008年8月底，该州累计开展抗病毒治疗9例。
截至2008年6月底，黔西南州共免费查治麻风病人5307例。各县市每年完成常规线索调查50条、专科门诊检查500人次、疫点调查3个、新发病人疫点2个，现症疫点5个。家属检查500人，受检率99%，单疗病人复查率100%；1986年开始对新发现的病人实施了WHO推广的联合化疗方案，开展残疾防治和康复。黔西南州在中国麻风中心的支援下，在各种社会团体的帮助下，已对麻风性畸残患者开展了各种矫治手术近千例，手术成功率为98%，远期疗效为57%。
根据2000年全国结核病流行病学调查显示，黔西南州有活动性肺结核病人2.1万，患病率6.69‰，涂阳病人患病率1.86‰，绝大部分在农村，其中15到55岁的病人占70%。2002年黔西南州首先在晴隆县开始实施DOTS（现代结核病控制策略），2004年DOTS覆盖全州八县市。到2007年底，黔西南州累计治疗管理肺结核病人939l例，治愈8189例病人，治愈率为87.2%。在防治方面，加强了防治机构能力建设，每年均有针对全州各县乡村医师的培训，各县市配置了X光机，建立了41个乡镇查痰点；加强医疗机构登记、报告、转诊，搞好医防沟通协调，结核病或疑似结核病人的转诊和转诊到位率不断提高；建立和完善追访机制，减少患者丢失；建立全州结核病实验室质量控制体系，实验室管理能力和检验质量不断提高；加强结核病免费治疗药品的管理，及时进行调整和补充，做到了药品保障供应。
黔西南州在地方病地氟（砷）病防治方面也取得了成效。黔西南州政府制定了《禁采高砷煤管理办法》，并专题研究部署防治地方病项目工作，决定每年投入10万元用于地氟病防治工作。投入300余万元在兴仁病区兴建沼气池3000余口，以生物能源代替燃煤，切断砷中毒毒源。1998年兴仁县成立监测站，派出3名卫生医师驻村，负责监测煤窑的煤样含砷量，发现和治疗病人，开展健康教育。解放军44医院、贵阳医学院在监测站收治病人638例。到2002年再次收治547例，多数病例中毒症状缓解。二是积极开展健康教育活动。发放《小学生地砷病防治手册》8500本、《中学生地砷病防治手册》4500本、《干部地砷病防治手册》4500本、相关宣传资料33223册（张），“燃煤型砷中毒的危害及预防”光碟20套，防治地砷病宣传展板18套，防治地方性氟中毒健康教育宣传资料24465册（张），实施项目的病区学校均开设防治地氟（砷）病健康教育课。三是改良炉灶、控制污染。2005年，投资387.62万元在兴仁、安龙、兴义3个县市、9个乡镇32个村246个村民组实施炉灶改良项目任务l0004户，完成改灶2582台，发放回风铁炉7422台，发放烟管7422套，48575人免受燃煤污染问题，有效地控制了地砷病的发生；2006年，投入资金156.6万元在兴仁县新龙场镇17个村实施防治地方性氟中毒项目炉灶改良任务5000户，完成改灶3929台，发放回风铁炉1071台。2007年，投入资金76.50万元在兴仁县潘家庄镇11个村3000户实施防治地方性氟中毒项目炉灶改良。四是实行补贴、巩固防治成果。为巩固防治成果，解决病区群众炸封高砷煤窑后远距离用煤费用过高问题，政府拨出专项资金，对病区群众实行每年200～300元的补贴。几年来，补助生活用煤经费20万元，烤烟用煤经费29万元。
黔西南州从1983年开始进入计划免疫时期，2008年，全州以乡镇为单位计划免疫接种率达到90%以上，实现无脊灰状态。法定传染病发病率由改革开放初期的29%，下降到2007年的4.39‰，下降5.6倍。现全州已实现传染病疫情网络直报。儿童计划免疫由季节性预防接种发展为全年性计划免疫。1990年以县为单位，1995年以乡为单位实现了儿童计划免疫接种率达到85%的目标。2008年儿童计划免疫由原5苗防7病扩大到9苗防13病的目标。地方病防治实现基本消除碘缺乏病阶段性目标，地氟（砷）病防治扎实开展。艾滋病、麻风病、结核病等重大疾病控制取得显著成效。
妇幼保健体系
“妇幼保健体系”是1949年后贵州省民族自治州内各种妇女儿童保健队伍（妇幼保健站或所或院）逐步发展起来构成的体系。这个体系也包括在边远农村、城镇建立民族妇幼保健站、妇幼保健所和妇幼保健院。目前，黔东南苗族侗族自治州、黔南布依族苗族自治州和黔西南苗族布依族自治州（市）各有一个州级妇幼保健院。
1953年，黔东南州的镇远、炉山、丹寨、榕江、三穗、剑河、天柱、施秉8县妇幼保健站先后成立，其中天柱、榕江县称民族妇幼保健站。1991年，黔东南州有县、市妇幼保健站（院）16所，设病床151张，有医职人员263人，其中卫技人员225人，占85.55%。
1952年，黔南州各县开始培训接生员，普及新法接生。当年，共培训接生员775人，建立接生站459个（其中少数民族地区87个）。1953年，黔南州已建立10个县妇幼保健站，857个区乡接生站，其中少数民族地区469个，占总数的54.7%；有接生员2198人，新法接生队伍，从县到区、乡已初步形成网络。1984年，黔南州在贵定县昌明区开展普及新法接生试点，各县也同时在该县选定一个区、乡进行试点。当年全州的试点区、乡新法接生率上升到82.4%，新生儿破伤风发病率下降到4.6‰，孕、产妇死亡率下降到0.2%。1985年，黔南州采取分片包干，实行目标管理办法，定人、定点、定任务，使完成任务与经济奖惩挂钩，全州新法接生率上升到59.7%。同年推广孕妇建卡管理，对育龄妇女情况及新法接生情况都进行了卡片登记，使县、区、乡育龄妇女人数、新婚夫妇数、孕产妇数、新法接生数以及卫生员人数等质量情况做到一目了然。部分县、区、乡还实行了孕产妇挂牌制度。1990年，黔南州新法接生率已达77.79%。进入21世纪以后，黔南州认真贯彻执行《母婴保健法》及《黔南州妇女儿童发展规划实施方案》促进全州妇女儿童两个系统管理，提高住院分娩率，全州新法接生率保持在90%以上。2005年，黔南州新法接生率为94.86%，婴儿死亡率为36.58‰，孕产妇死亡率1.0592‰，全州已有爱婴医院（卫生院）44家。
黔西南州内妇幼保健机构基本健全，为妇幼卫生事业发展提供了重要保障。积极推进预防艾滋病母婴传播工作；创建了黔西南州医院、兴义市医院、兴仁县医院三家爱婴医院。2008年，7个项目县实施“降消”项目。从2009年初开始，黔西南州将“降消”项目、新农合、计划生育三者有机结合起来，政策统一协调，资金统筹使用，多渠道解决农村妇女住院分娩救助资金。